diurnality                package:unknown                R Documentation

CÁLCULO DO ÍNDICE DE DIURNALIDADE

Description:

    Função para calcular o índice de diunalidade (Hoogenboom, 1984) usado em estudos de ritmos biológicos. A função   pode calcular o índice de diurnalidade usando dados de nascer e pôr-do-sol fornecidos pelo usuário ou calcular esses horários automaticamente pelas coordenadas geográficas do local de coleta. Além disso, produz um gráfico para visualização dos resultados.

Usage:

    diurnality(datetime, activity, interval = 1, lat = NULL, lon = NULL, sunrise = NULL, sunset = NULL, graph = TRUE)

Arguments:

    datetime: Um vetor da classe POSIXct que corresponde a data e o horário das coletas de dados.
  
    activity: Um vetor numérico que corresponde a atividade exibida em cada ponto de coleta de dados.
  
    interval: Número >= 1 que corresponde ao intervalo no qual o indíce de diurnalidade devera ser calculado. Como padrão o índice é calculado diariamente.
  
    lat: Latitude em valor numérico para cálculo automático da duração do dia.
  
    lon: Longitude em valor numérico para cálculo automático da duração do dia.
  
    sunrise: Caracter em formato HH:MM. Horário de nascer do sol para cálculo da duração do dia. Caso 'sunrise' e 'sunset' sejam fornecidos a duração do dia se manterá a mesma ao longo do tempo.
  
    sunset:  Caracter em formato HH:MM. Horário de pôr-do-sol para cálculo da duração do dia. Caso 'sunrise' e 'sunset' sejam fornecidos a duração do dia se manterá a mesma ao longo do tempo.
  
    graph: Logical. TRUE para exibição do gráfico. FALSE para não exibir o gráfico. 

Details:

    O índice de diurnalidade é calculado de acordo com a atividade exibida durante o dia ou durante a noite. Em casos onde a coleta de dados se extenda por um longo período de tempo, a duração do dia pode ser calculada automaticamente caso os argumentos 'lat, 'lon' sejam fornecidos. Caso a coleta de dados seja feita em ambiente de laboratório com luminosidade controlada, a duração do dia pode ser fornecida manualmente usando os argumentos 'sunrise' e 'sunset'. Somente um desses conjuntos de argumentos deve ser fornecido.

Value:

    Um vetor numérico com os valores dos indíces calculados.

    Gráfico de pontos com os valores dos indices de diunalidades calculados em função do tempo.

Warning:

    Se algum dos argumentos não for inserido corretamente a função não será executada, retornando uma mensagem de erro para identificação do problema.
     
Author(s):

    Jefferson Silvério
    jt.silverio@usp.br

References:

    Hoogenboom, I., Daan, S., Dallinga, J.H. et al. Oecologia (1984) 61: 18. https://doi.org/10.1007/BF00379084

See Also:

    suncalc
    suncalc::getSunlightTimes

Examples:

    datetime = seq(ISOdate(2018,7,1), ISOdate(2019,7,1), "5 min") # Gera dados de Julho/2018 até Julho/2019 com intevalos de 5 minutos
    activity = rpois(length(datetime), 5) # Gera dados de atividade 
    
    diurnality(datetime = datetime, activity = activity, lat = -23.5489, lon = -46.6388) # Coordenadas de SP
    diurnality(datetime = datetime, activity = activity, interval = 5, lat = -23.5489, lon = -46.6388) # Coordenadas de SP, calculado a cada 5 dias
    diurnality(datetime = datetime, activity = activity, interval = 30, lat = -23.5489, lon = -46.6388) # Coordenadas de SP, calculado a cada 30 dias 
    diurnality(datetime = datetime, activity = activity, interval = 2, lat = -28.8, lon = -66.934) # Coordenadas de La Rioja, Argentina. Calculado a cada 2 dias
    diurnality(datetime = datetime, activity = activity, interval = 5, sunrise = "07:00", sunset = "18:00") # Horário dos crespuculos se mantém constante, calculado a cada 5 dias