\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\section{\texorpdfstring{Course Material}{Course Material}}
\label{sec:course_material}


\subsection{\texorpdfstring{1a. Aula}{1a Aula}}
\label{sec:1a_aula}


Local da aula: Sala Multimídia do Centro Didático

\subsubsection{\texorpdfstring{Apresentações}{Apresentaoes}}
\label{sec:apresentaoes}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_1_am_deterministic_models.pptx}{day\_1\_am\_deterministic\_models.pptx}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_1_am_intro_to_bayes.pptx}{day\_1\_am\_intro\_to\_bayes.pptx}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_1_pm_statistical_distributions.pptx}{day\_1\_pm\_statistical\_distributions.pptx}

\subsubsection{\texorpdfstring{Arquivos para aula prática}{Arquivos para aula pratica}}
\label{sec:arquivos_para_aula_pratica}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_1_pm_lab_probability.pdf}{day\_1\_pm\_lab\_probability.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_1_probability_2015.txt}{Respostas dos exercícios}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/hmtab43.txt}{hmtab43.txt}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/sapling_growth.txt}{sapling\_growth.txt}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/distribution_cheat_sheet.pdf}{distribution\_cheat\_sheet.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/distribution_cheat_sheet_2.pdf}{distribution\_cheat\_sheet\_2.pdf}

\subsubsection{\texorpdfstring{Material para leitura}{Material para leitura}}
\label{sec:material_para_leitura}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/chapter_4_bolker_2007_probability.pdf}{chapter\_4\_bolker\_2007\_probability.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/moment_matching_from_hobbs_and_hooten.pdf}{moment\_matching\_from\_hobbs\_and\_hooten.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/pages_from_hobbs_and_hooten_v15.pdf}{pages\_from\_hobbs\_and\_hooten\_v15.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/yackulic_et_al._2011_ecolapp.pdf}{yackulic\_et\_al.\_2011\_ecolapp.pdf}

\subsection{\texorpdfstring{2a. Aula}{2a Aula}}
\label{sec:2a_aula}


Local da aula: Sala de Anatomia do Centro Didático

\subsubsection{\texorpdfstring{Apresentações}{Apresentaoes}}
\label{sec:apresentaoes2}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/primer-on-bbmle2.pdf}{primer-on-bbmle2.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/beans_in_a_can.ppt}{beans\_in\_a\_can.ppt}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_2_am_likelihood_probability.pptx}{day\_2\_am\_likelihood\_probability.pptx}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_2_pm_bayes_made_simple.pptx}{day\_2\_pm\_bayes\_made\_simple.pptx}

\subsubsection{\texorpdfstring{Arquivos para aula prática}{Arquivos para aula pratica}}
\label{sec:arquivos_para_aula_pratica2}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_2_likelihood_mle.pdf}{lab\_2\_likelihood\_mle.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_3_bayes_law.pdf}{lab\_3\_bayes\_law.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/likelihood_calculus.pdf}{likelihood\_calculus.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/hemlock-light-data.csv}{hemlock-light-data.csv}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/hemlock_light_likelihood.xls}{hemlock\_light\_likelihood.xls}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/reef_fish.txt}{reef\_fish.txt}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_2_likelihood.r}{Solução dos exercícios de likelihood}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_bayes_law.r}{Solução dos exercícios de Bayes}

\subsubsection{\texorpdfstring{Material para leitura}{Material para leitura}}
\label{sec:material_para_leitura2}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/canham_et_al_2001_windthrow_cjfr.pdf}{canham\_et\_al\_2001\_windthrow\_cjfr.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/clark_ecol_letters_2005.pdf}{clark\_ecol\_letters\_2005.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/chapter_6_bolker_2007_likelihood.pdf}{chapter\_6\_bolker\_2007\_likelihood.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/statistical_distributions_bda_appendix_a.pdf}{statistical\_distributions\_bda\_appendix\_a.pdf}

\subsection{\texorpdfstring{3a. Aula}{3a Aula}}
\label{sec:3a_aula}


Local da aula: Sala Multimídia do Centro Didático

\subsubsection{\texorpdfstring{Apresentações}{Apresentaoes}}
\label{sec:apresentaoes3}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_3_am_priors_and_conjugacy.pptx}{day\_3\_am\_priors\_and\_conjugacy.pptx}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_3_pm_mcmc.pptx}{day\_3\_pm\_mcmc.pptx}

\subsubsection{\texorpdfstring{Arquivos para aula prática}{Arquivos para aula pratica}}
\label{sec:arquivos_para_aula_pratica3}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_5_mcmc.pdf}{lab\_5\_mcmc.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/mothdata.txt}{mothdata.txt}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/needlelifespan.txt}{needlelifespan.txt}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/exercise_1_metropolis_3_parameters_normal_with_product_likelihood_decomp_model.r}{Respostas exercício 1}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/exercise_2_metropolis_beta_3_parameters_with_log_likelihood.r}{Respostas exercício 2}

\subsubsection{\texorpdfstring{Material para leitura}{Material para leitura}}
\label{sec:material_para_leitura3}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/link_et_al_2002.pdf}{link\_et\_al\_2002.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/moment-matching-from-hobbs-and-hooten.pdf}{moment-matching-from-hobbs-and-hooten.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/bda_distributions_appendixa.pdf}{bda\_distributions\_appendixa.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/statistical_distributions_bda_appendix_a.pdf}{statistical\_distributions\_bda\_appendix\_a.pdf}

\subsection{\texorpdfstring{4a. Aula}{4a Aula}}
\label{sec:4a_aula}


Local da aula: Sala Multimídia do Centro Didático

\subsubsection{\texorpdfstring{Apresentações}{Apresentaoes}}
\label{sec:apresentaoes4}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_4_am_jags_intro.pptx}{day\_4\_am\_jags\_intro.pptx}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_4_pm_bayesian_regression.pptx}{day\_4\_pm\_bayesian\_regression.pptx}

\subsubsection{\texorpdfstring{Arquivos para aula prática}{Arquivos para aula pratica}}
\label{sec:arquivos_para_aula_pratica4}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/logistic-data-ii.csv}{logistic-data-ii.csv}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/fertility_data.csv}{fertility\_data.csv}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/island-data.csv}{island-data.csv}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/jags-functions-and-distributions.pdf}{jags-functions-and-distributions.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/jags_manual_pop_example_2014.r}{jags\_manual\_pop\_example\_2014.r}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/jags-test-script_transmission.r}{jags-test-script\_transmission.r}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/logistic_example_jags.r}{logistic\_example\_jags.r}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_6_using_jags.pdf}{lab\_6\_using\_jags.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/islands_2014.r}{Resposta exercício 2}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/island_jags.r}{Jags model exercício 2}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/exercise_1_logistic_example_centered_2014.r}{Resposta exercício 1}

\subsubsection{\texorpdfstring{Material para leitura}{Material para leitura}}
\label{sec:material_para_leitura4}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/a_primer_on_jags_for_ecological_modelers_2014.pdf}{a\_primer\_on\_jags\_for\_ecological\_modelers\_2014.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/bolker_et_al._2009.pdf}{bolker\_et\_al.\_2009.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/nagawaka_and_schielteze_2013_mee_r2_lmer.pdf}{nagawaka\_and\_schielteze\_2013\_mee\_r2\_lmer.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/schielzeth_2010_standardizing_covariates.pdf}{schielzeth\_2010\_standardizing\_covariates.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gelman_hill2007_data_analysis_using_regression_and_multilevel-hierarchical_models.pdf}{gelman\_hill2007\_data\_analysis\_using\_regression\_and\_multilevel-hierarchical\_models.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/jags_user_manual.pdf}{jags\_user\_manual.pdf}

\subsection{\texorpdfstring{5a. Aula}{5a Aula}}
\label{sec:5a_aula}


Local da aula: Sala de Anatomia do Centro Didático

\subsubsection{\texorpdfstring{Apresentações}{Apresentaoes}}
\label{sec:apresentaoes5}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_5_am_hierarchical_models.pptx}{day\_5\_am\_hierarchical\_models.pptx}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/day_5_pm_model_evaluation_and_selection_2014.pptx}{day\_5\_pm\_model\_evaluation\_and\_selection\_2014.pptx}

\subsubsection{\texorpdfstring{Arquivos para aula prática}{Arquivos para aula pratica}}
\label{sec:arquivos_para_aula_pratica5}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/invasive_count_data.csv}{invasive\_count\_data.csv}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/invasive_road_data.csv}{invasive\_road\_data.csv}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_7_hierarchical_modeling_in_jags.pdf}{lab\_7\_hierarchical\_modeling\_in\_jags.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/exercise_1_invasive_species_complete.r}{Resposta do exercício hierarchical model}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/invasive_jags.r}{Jags Model - hierarchical modeling}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_8_evaluation.pdf}{lab\_8\_evaluation.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/call_ticks.r}{call\_ticks.r}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/invasive_jags_post_predchecks.r}{ Jags Model - Model evaluation}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/invasive_posterior_predcheck.r}{ Resposta do exercício model evaluation}

\subsubsection{\texorpdfstring{Material para leitura}{Material para leitura}}
\label{sec:material_para_leitura5}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/carlin_chp1_hbbook_2006.pdf}{carlin\_chp1\_hbbook\_2006.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/cressie-et-al1.pdf}{cressie-et-al1.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gelfand_biometrika_1998.pdf}{gelfand\_biometrika\_1998.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gelman_and_rubin_avoiding_model_selection.pdf}{gelman\_and\_rubin\_avoiding\_model\_selection.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gelman_exp_data_analyses.pdf}{gelman\_exp\_data\_analyses.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gelman_pardoe_pred_checks.pdf}{gelman\_pardoe\_pred\_checks.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gelman_2004_jcgs_exp_data_analyses.pdf}{gelman\_2004\_jcgs\_exp\_data\_analyses.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gelman_bayesanalysis_2006.pdf}{gelman\_bayesanalysis\_2006.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gelman_jasa_2004.pdf}{gelman\_jasa\_2004.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/hobbs_et_al._2012_ecology.pdf}{hobbs\_et\_al.\_2012\_ecology.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/hooten_and_hobbs_2014_ecolmon.pdf}{hooten\_and\_hobbs\_2014\_ecolmon.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/kass_statistician_1993_bayesfactors.pdf}{kass\_statistician\_1993\_bayesfactors.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/link_ecology_2006.pdf}{link\_ecology\_2006.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/linkbarker_2006.pdf}{linkbarker\_2006.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/ogle_newphyt_2009.pdf}{ogle\_newphyt\_2009.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/price_ecolett_2009.pdf}{price\_ecolett\_2009.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/spiegelhalter_jroystatsoc_2002_dic.pdf}{spiegelhalter\_jroystatsoc\_2002\_dic.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/shmueli_2010_to_explain_or_to_predict.pdf}{shmueli\_2010\_to\_explain\_or\_to\_predict.pdf}

\subsection{\texorpdfstring{6a. Aula}{6a Aula}}
\label{sec:6a_aula}


Local da aula: Auditório 1 do Centro Didático

\subsubsection{\texorpdfstring{Apresentações}{Apresentaoes}}
\label{sec:apresentaoes6}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/occupancy_models._2014.pptx}{occupancy\_models.\_2014.pptx}

\subsubsection{\texorpdfstring{Arquivos para aula prática}{Arquivos para aula pratica}}
\label{sec:arquivos_para_aula_pratica6}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/lab_occupancy_models.pdf}{lab\_occupancy\_models.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/willow-tit-with-detection_p-data.csv}{willow-tit-with-detection\_p-data.csv}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/willow_tit_conditioning_and_model.pdf}{willow\_tit\_conditioning\_and\_model.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/willow_tit_code_scaled_final.r}{Resposta do Exercício}

\subsubsection{\texorpdfstring{Material para leitura}{Material para leitura}}
\label{sec:material_para_leitura6}


\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/calder-et-al.-2003.pdf}{calder-et-al.-2003.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/chen_et_al._2012_.pdf}{chen\_et\_al.\_2012\_.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/chen_et_al_appendix.pdf}{chen\_et\_al\_appendix.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gilksrobertschapter.pdf}{gilksrobertschapter.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/gilroy_et_al_2012.pdf}{gilroy\_et\_al\_2012.pdf}

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\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/martin_et_al._2005.pdf}{martin\_et\_al.\_2005.pdf}

\href{media/bie5782/00_curso_avancado/uriarte/patrick_pce_2009.pdf}{patrick\_pce\_2009.pdf}

\end{document}
