\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\usepackage[utf8x]{inputenc}
\usepackage[english]{babel}
\date{\today}
\title{}
\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Arquivos de Apoio}{Arquivos de Apoio}}
\label{sec:arquivos_de_apoio}


Aqui a equipe da disciplina deixará arquivos para os alunos baixarem, à medida que forem necessários. Consulte sempre esta página.

\subsection{\texorpdfstring{Reunião Síncronas}{Reuniao Sincronas}}
\label{sec:reuniao_sincronas}


Para o curso remoto, quando as reuniões do Google Meet forem gravadas, deixaremos os links disponíveis aqui:

\subsection{\texorpdfstring{Slides das Aulas}{Slides das Aulas}}
\label{sec:slides_das_aulas}


Os slides aulas versão 2017
\begin{enumerate}
  \item \href{media/01_curso_atual/material/aula1_2017.pdf}{ Introdução ao R}
  \item \href{media/material/aula2_2017.pdf}{ Funções Algébricas e Probabilísticas}
  \item \href{media/material/analise_exploratoria_de_dados_2019.pdf}{Análise Exploratória}
  \item \href{media/material/aula5graf.pdf}{ Gráficos}
  \item \href{media/material/aula6testhipotese.pdf}{Teste de Hipóteses}
  \item \href{media/material/aula7lm.pdf}{Modelos Lineares}
  \item \href{media/material/aula8.pdf}{Modelos Lineares II}
  \item \href{media/material/aula09_rand.pdf}{ Reamostragem e permutação}
  \item \href{media/material/aula10_program.pdf}{ Programar}
\end{enumerate}




\subsection{\texorpdfstring{Apostila Online}{Apostila Online}}
\label{sec:apostila_online}


Veja apostila no link: \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=03_apostila:start}{apostila on-line}.
Caso queira uma cópia em pdf, baixe \href{media/01_curso_atual/material/apostilacursor.pdf}{apostilacursor.pdf}
Como esse wiki é dinâmico e a apostila em pdf é estática e nem sempre atualizada, pode haver diferenças de conteúdo.

\subsection{\texorpdfstring{Códigos Apresentados em Aula}{Codigos Apresentados em Aula}}
\label{sec:codigos_apresentados_em_aula}


Os códigos estarão disponíveis ao longo do curso
\begin{itemize}
  \item \href{media/01_curso_atual/material/aula1_2012.r}{Aula 1 - Introdução ao R}

  \begin{itemize}
    \item \href{http://143.107.246.248/aulasAAO/EcoR/aula1.html}{Aula 1 - Introdução ao R  (html)}
  \end{itemize}
  \end{itemize}

      \begin{itemize}
  \item \href{media/01_curso_atual/material/scriptaula2.r}{Aula 2 - Funções matemáticas}

  \begin{itemize}
      \item \href{http://143.107.246.248/aulasAAO/EcoR/aula2.html}{Aula 2 - Funções matemáticas  (html)}
    \end{itemize}
  \item \href{media/material/grafico_qui2.r}{Aula 2a - Gráfico da distribuição de Qui-quadrado} do \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial2:start\%23qui-quadrado_na_unha}{Tutorial 2}
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item \href{media/01_curso_atual/material/scritptrauladado2012.r}{Aula 3 - Leitura e manipulação de dados}

  \begin{itemize}
      \item \href{http://143.107.246.248/aulasAAO/EcoR/aula3.html}{Aula 3: Leitura e manipulação de dados (html)}
    \end{itemize}
  \item \href{media/01_curso_atual/material/aula_analise_exploratoria_2019.r}{ Aula 4 - Análise exploratória de dados}
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item \href{media/01_curso_atual/material/script_aula2017.r}{Aula 5 - Gráficos}

  \begin{itemize}
      \item \href{http://143.107.246.248/aulasAAO/EcoR/aula5.html}{Aula 5: Gráficos (html)}
    \end{itemize}
    \end{itemize}

          \begin{itemize}
  \item \href{media/01_curso_atual/material/scriptaula06estat2012.r}{Aula 6 - Teste t e Anova}

  \begin{itemize}
      \item \href{http://143.107.246.248/aulasAAO/EcoR/aula6.html}{Aula 6: p-valor e Anova (html)}
    \end{itemize}
    \end{itemize}

          \begin{itemize}
  \item \href{media/material/aulaaleregressao2015.r}{Aula 7a - Modelos Lineares}

  \begin{itemize}
      \item \href{http://143.107.246.248/aulasAAO/EcoR/aula7.html}{Aula 7a: Modelos Lineares II (html)}
    \end{itemize}
    \end{itemize}

          \begin{itemize}
  \item \href{media/material/aulaaleregressao2_2015.r}{Aula 7b - Modelos Lineares II}

  \begin{itemize}
      \item \href{http://143.107.246.248/aulasAAO/EcoR/aula8.html\#/}{Aula 7b: Modelos Lineares II (html)}
    \end{itemize}
    \end{itemize}

          \begin{itemize}
  \item \href{media/01_curso_atual/material/aula_reamostragem2015.r}{Aula 8 - Reamostragem e simulação}

  \begin{itemize}
      \item \href{http://143.107.246.248/aulasAAO/EcoR/aula9.html\#/}{Aula 8: Reamostragem e simulação (html)}
    \end{itemize}
    \end{itemize}

          \begin{itemize}
  \item \href{media/01_curso_atual/material/scriptprograma2016.r}{Aula 9 - Programação}
\end{itemize}




\subsection{\texorpdfstring{Tutoriais}{Tutoriais}}
\label{sec:tutoriais}


Linques para a seção de tutoriais da apostila \emph{on line}. Acessível também pela barra de navegação deste wiki, à esquerda.
\begin{itemize}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial1:start}{Aula 1a - Introdução ao R}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial1b:start}{Aula 1b - Introdução ao R}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial2:start}{Aula 2 - Funções matemáticas}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial3:start}{Aula 3 - Leitura e manipulação de dados}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial4:start}{Aula 4 - Análise exploratória}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial5:start}{Aula 5a - Criação e edição de gráficos simples}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial5b:start}{Aula 5b - Procedimento para a construção de gráficos }
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial6:start}{Aula 6 - Testes de significância}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial7:start}{Aula 7a - Regressão linear simples }
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial7b:start}{Aula 7b - Regressão linear múltipla}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial9:start}{Aula 8 - Reamostragem e Simulação}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial8:start}{Aula 9 - Construção de funções simples}
\end{itemize}


\subsection{\texorpdfstring{Exercícios}{Exercicios}}
\label{sec:exercicios}

\begin{itemize}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exercicios1}{Aula 1 - Introdução ao R}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exercicios2}{Aula 2 - Funções matemáticas}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exercicios3}{Aula 3 - Leitura e manipulação de dados}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exercicios4}{Aula 4 - Análise exploratória}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exercicios5}{Aula 5 - Criação e edição de gráficos}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exercicios6}{Aula 6 - Testes de significância}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exercicios7}{Aula 7a - Regressão linear simples}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exercicios8}{Aula 7b - Regressão linear múltipla}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exerpermuta}{Aula 8 - Reamostragem e simulação}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:exercicios9}{Aula 9 - Construção de funções simples} 
\end{itemize}


\subsection{\texorpdfstring{Soluções dos Exercícios}{Soluoes dos Exercicios}}
\label{sec:soluoes_dos_exercicios}


Dois dias após o prazo de entrega colocaremos aqui códigos com as soluções dos exercícios.

Se o seu código for diferente, não quer dizer necessariamente que errou. Compare os dois resultados! Como qualquer linguagem, o R é criativo: em geral há mais de uma maneira de solucionar um problema.

\subsection{\texorpdfstring{Conjuntos de Dados}{Conjuntos de Dados}}
\label{sec:conjuntos_de_dados}

\begin{itemize}
  \item \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=dados:start}{Seção de conjuntos de dados} deste wiki, acessível também pelo linque ,,Arquivos de dados" da barra de navegação à esquerda.
  \item \href{http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/statcomp/datafiles.htm}{Arquivos de dados} do site de apoio ao livro de Mike Crawley \footnote{Crawley, M. J. The R Book. New York: Wiley, 2007}.
\end{itemize}


\subsection{\texorpdfstring{Outros}{Outros}}
\label{sec:outros}


\subsubsection{\texorpdfstring{Bibliografia Básica}{Bibliografia Basica}}
\label{sec:bibliografia_basica}


A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante. 

Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de \href{https://www.coursera.org/course/rprog}{programação em R} no Coursera oferecido pela \href{https://www.coursera.org/jhu}{Johns Hopkins University}. 

\paragraph{\texorpdfstring{Livros}{Livros}}
\label{sec:livros}


\textbf{William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.}
Conhecido na comunidade R como \emph{,,The Book"}, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o \texttt{MASS}\footnote{este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN}, que faz parte da instalação básica do R. Visite o \href{http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/}{site} do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

\textbf{John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.}
Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, \texttt{car}, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o \href{http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html}{site} do livro.

\textbf{John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman \& Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.} Derivado de manual \href{http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf}{disponível gratuitamente} no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o \href{http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/}{site} do livro, e o pacote \textbf{usingR}.

\textbf{Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.} Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o \href{http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/}{site} do livro.

\paragraph{\texorpdfstring{Documentação On Line}{Documentaao On Line}}
\label{sec:documentaao_on_line}


\textbf{NOTA:} Selecionamos aqui alguns manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção \href{http://cran.r-project.org/other-docs.html}{Contributed Documentation} do site do R.

\textbf{Venables, W.; Smith, D.M; \& R Development Team  }  \href{http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf}{An Introduction to R. Manual online}. Manual oficial de introdução ao R.

\textbf{Carlos Alzola and Frank E. Harrell \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf}{An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries}” } O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

\textbf{Petra Kuhnert and Bill Venables \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip}{An Introduction to R: Software for Statistical Modelling \& Computing}.} Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

\textbf{Alex Douglas, Deon Roos, Francesca Mancini, Ana Couto and David Lusseau \href{https://intro2r.com/}{An Introduction to R}.} Apostila introdutória com alguns outros assuntos além o R, como versionamento via git.

\paragraph{\texorpdfstring{Veja também}{Veja tambem}}
\label{sec:veja_tambem}


Duas dicas do monitor Vitor Rios:
\begin{itemize}
  \item \href{http://www.computerworld.com/article/2497143/business-intelligence-beginner-s-guide-to-r-introduction.html?null}{ Beginner's guide to R} - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online \emph{ComputerWorld}. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
  \item\href{http://adv-r.had.co.nz}{ Advanced R}. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do público alvo, pelo autor: \emph{,,The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language."} 
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{Outros Recursos}{Outros Recursos}}
\label{sec:outros_recursos}

\begin{itemize}
  \item \href{https://swirlstats.com/}{swiRl}: pacote com curso interativo no próprio console do R.
  \item \textbf{\emph{\href{https://cran.r-project.org/web/views/}{Taskviews}}}:  são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN}\footnote{Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R}. Para nossa área, p.ex, há os \emph{views} \emph{Environmetrics}, \emph{Multivariate}, \emph{Genetics}, \emph{Spatial}. Todo espelho de \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN} mantém uma cópia dos \emph{taskviews}. Para o espelho da FMV-USP o link é \url{http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/}.
  \item \href{http://journal.r-project.org/}{The R Journal}: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
  \item \href{http://www.jstatsoft.org}{Journal of Statistical Software}: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v22}{uso do R em ecologia}, e outro sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v24}{análises de redes} (com ênfase para dados de ciências sociais).
  \item \href{http://www.statmethods.net/index.html}{Quick R}, de Rob Kabakoff: um guia rápido \emph{on line} muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
  \item \href{http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming}{The R Wikibook}: manual muito completo na coleção de \href{http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page}{Wiki Books}.
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{RCard}{RCard}}
\label{sec:rcard}


\emph{Reference card} com principais funções indexadas por tipo de tarefa, disponivel no \href{http://www.r-project.org}{site oficial do R}. Tenha sempre em mãos!
\begin{itemize}
  \item \url{https://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf}
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Interfaces para o R}{Interfaces para o R}}
\label{sec:interfaces_para_o_r}


Para trabalhar mais eficientemente com o R vocẽ vai precisar de uma interface, ou de um ambiente de desenvolvimento (\href{http://en.wikipedia.org/wiki/Integrated_development_environment}{IDE}). 

São ambientes de programação que combinam ferramentas para escrever e executar seu código de maneira mais fácil e eficiente. 

Há muitas opções. Experimente até encontrar a que lhe agradar mais. Abaixo algumas dicas e linques que fomos acumulando em função de nossa experiência.

\paragraph{\texorpdfstring{Guia de GUIs para o R}{Guia de GUIs para o R}}
\label{sec:guia_de_guis_para_o_r}

\begin{itemize}
  \item Uma revisão sobre interfaces para o R \href{http://labtrop.ib.usp.br/doku.php?id=dicas_mat_apoio:programas:guir}{no site do LABTROP}.
  \item Uma pesquisa de popularidade de interfaces de usuários para R \url{https://www.r-bloggers.com/the-popularity-of-point-and-click-guis-for-r/}
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{R Studio}{R Studio}}
\label{sec:r_studio}


Primeiro IDE criado especificamente para R. Seu ponto forte é a organização das janelas em um arranjo fixo e de fácil acesso. 

Simples e intuitivo, é uma das melhores opções para começar: \url{http://www.rstudio.org}

\paragraph{\texorpdfstring{ESS}{ESS}}
\label{sec:ess}


O aluno da turma de 2009 e monitor das turmas de 2011 e 2012 Daniel Caetano ,,Musgo" criou um guia muito bom para quem quer usar o ESS como editor de comandos do R. 

\href{media/alunos/guia_para_ess.pdf}{Guia.pdf}

Detalhes no tópico do bRog criado por ele: \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:blog:usando_o_ess_dica}{05_curso_antigo:blog:usando_o_ess_dica}.

Para quem quiser utilizar o ESS, vale a pena dar uma olhada no \href{http://ess.r-project.org}{site oficial do ESS}, e baixar o cartão de referência, que contém todos os comandos válidos dentro de cada tipo de buffer associado ao ESS. Se você for usar o ESS, imprima este cartão e o tenha sempre em mãos!

\url{http://ess.r-project.org/refcard.pdf}

E se você achou interessante utilizar o GNU Emacs como editor de texto para propósitos variados, é interessante dar uma conferida no site oficial, onde você encontra o manual online do programa, entre outras coisas:

\url{http://www.gnu.org/software/emacs/}

Além disso, vale imprimir e guardar um cartão de referência, que contém os comandos básicos do Emacs. Há vários disponíveis na rede, que você pode encontrar buscando na nternet ,,emcas refcard". Dois deles:
\begin{itemize}
  \item \url{http://www.cs.jhu.edu/~joanne/emacsRC2.pdf}
  \item \url{http://refcards.com/docs/gildeas/gnu-emacs/emacs-refcard-a4.pdf}
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{Tinn-R}{TinnR}}
\label{sec:tinnr}


O Tinn-R é um editor de códigos de R para Windows, \emph{made in Brazil!}. Ele é uma boa alternativa ao Rgui já que tem uma série de facilidades de destaques de elementos do script como: parênteses, funções, números, entre outros. Mais informações em:
\begin{itemize}
  \item \url{https://nbcgib.uesc.br/tinnr/pt/}
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Recursos na Rede}{Recursos na Rede}}
\label{sec:recursos_na_rede}


\paragraph{\texorpdfstring{Distribuicoes de Probabilidade}{Distribuicoes de Probabilidade}}
\label{sec:distribuicoes_de_probabilidade}

\begin{itemize}
  \item Distribuições interativas \emph{on-line} do Statistics Online Computational Resource da UCLA: \url{http://www.socr.ucla.edu/htmls/SOCR_Distributions.html}
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Capítulo sobre variáveis aleatórias do \emph{e-book} de Probabilidade e Estatística da UCLA: \url{http://wiki.stat.ucla.edu/socr/index.php/EBook\#Chapter_IV:_Probability_Distributions}
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item \href{http://cmq.esalq.usp.br/wiki/doku.php?id=biometria:verossim:start}{Página} da disciplina ,,Modelagem estatística em Ecologia e Recursos Naturais" (vários tutoriais sobre modelos probabilísticos).
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{A Vida, o universo e tudo mais}{A Vida o universo e tudo mais}}
\label{sec:a_vida_o_universo_e_tudo_mais}

\begin{itemize}
  \item \href{http://en.wikipedia.org/wiki/Answer_to_Life,_the_Universe,_and_Everything\#Answer_to_the_Ultimate_Question_of_Life.2C_the_Universe.2C_and_Everything_.2842.29}{42 na Wikipedia}
    \item \href{media/28_petit_gateau.pdf}{Receita de Petit Gateau de Chocolate}
    \item \href{http://www.youtube.com/watch?v=if0YH_PC02Y}{Del rigor de la ciencia}, a triste história de um modelo sem graus de liberdade, por J.L. Borges. Veja também o \href{http://www.madrimasd.org/cienciaysociedad/poemas/poesia.asp?id=247}{Texto em espanhol}
    \item \href{http://www.rhsmith.umd.edu/faculty/gshmueli/web/html/explain-predict.html}{Prever ou explicar?} Eis a questão ao construir modelos! Veja também o \href{http://arxiv.org/pdf/1101.0891}{paper} da autora.
    \item \href{http://xkcd.com/378/}{Real programmers use EMACS!}
  \end{itemize}


\end{document}