\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Usando o R}{Usando o R}}
\label{sec:usando_o_r}


\subsubsection{\texorpdfstring{Explore a Página Oficial do R}{Explore a Pagina Oficial do R}}
\label{sec:explore_a_pagina_oficial_do_r}


Esta é a referência básica para usuários de R, que inclui programas para download, listas de discussão, e muita documentação e ajuda: \url{http://www.r-project.org/}.

Explore as seções, começando pelas FAQ. Leia atentamente a seção 2 (\textbf{R Basics}) das FAQ.

A página tem uma grande lista de documentação, na seção ,,Documentation". Há um wiki em construção com boas seções, como a de dicas. Além disso, há excelentes manuais introdutórios feitos por vários voluntários na seção de \href{http://cran.r-project.org/other-docs.html}{"Contributed documentation"}. 
Veja também o \textbf{Task Views} que são documentações com revisões das ferramentas disponíveis por área. No caso da Ecologia o Task View  \href{https://cran.r-project.org/web/views/Environmetrics.html}{Environmetrics}
 ajuda muito a quem está buscando ferramentas e tem pouca experiência com o R. 

\subsubsection{\texorpdfstring{Instale o R em seu Computador de Trabalho}{Instale o R em seu Computador de Trabalho}}
\label{sec:instale_o_r_em_seu_computador_de_trabalho}


Ao fim de cada aula teórica você receberá uma lista de tutoriais e exercícios que serão discutidos na aula seguinte. Por isso, providencie um computador de trabalho e instale o R nele.

Na página principal do R clique no link para o CRAN (o que é isto? veja \href{http://cran.r-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.html\#What-is-CRAN_003f}{no wiki!}), e escolha o repositório mais próximo de você para baixar arquivos de instalação.

Siga as instruções das FAQS para baixar e instalar a versão mais recente do R para seu sistema operacional.

Vá à seção de pacotes adicionais do R, que te enviará para uma lista e breve descrição dos pacotes disponíveis para baixar \footnote{mais de 10.400 em abril de 2017!}. Nela você pode ter uma ideia da quantidade e diversidade de aplicações que a comunidade de usuários do R já desenvolveu. Uma visão temática destes pacotes é fornecida nas ,,Task Views", cujo link está na página de pacotes.

Veja a Task view ,,Environmetrics" , que descreve as aplicações disponíveis para ecologia. Escolha um dos pacotes e instale em seu computador.

Para aqueles que utilizam o sistema operacional Linux há um bom tutorial para instalação do R disponível em \href{http://labtrop.ib.usp.br/doku.php?id=dicas_mat_apoio:programas:instalarunbutu}{ dicas Labtrop Instalar o R no Linux}

\subsubsection{\texorpdfstring{Familiarize-se com o R}{Familiarizese com o R}}
\label{sec:familiarizese_com_o_r}


Abra o R em seu computador. Você verá um \texttt{prompt} de comando em forma de sinal de maior (\texttt{\textgreater }). Digite no \texttt{prompt} cada linha do código abaixo e tecle \texttt{enter} para executar. Cuidado com erros de digitação, que possivelmente gerarão erros de sintaxe, o que resultará em uma mensagem de erro.

\emph{\textbf{\underline{Preso no R}}}
Um erro comum é teclar \texttt{enter} antes de finalizar corretamente o comando (falta de '\textbf{, }' , '\textbf{)}'...). 

Nesse casos o \texttt{prompt} ficará esperando a finalização do comando e não aparecerá mais o sinal de \texttt{\textgreater } na linha. Nesses casos use a tecla \texttt{Esc} para abortar o comando e voltar ao \texttt{\textgreater }.

Tente inferir o que cada comando faz a partir do resultado obtido, mas não se preocupe com detalhes. O objetivo é apenas familiarizar-se com o ambiente do R. 

Discutiremos os detalhes e dúvidas nas aulas ou pode postar dúvidas no fórum da disciplina\footnote{link na barra lateral à esquerda}.\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

area <- c(303, 379, 961, 295, 332, 47,  122, 11, 53, 2749)
riqueza <- c(3, 10, 20, 7, 8, 4, 8, 3, 5, 23)
area
riqueza
summary(area)
summary(riqueza)
mean(x=area)
varea <- var(area)
varea
sqrt(varea)
sd(x=area)
mean(riqueza)
var(riqueza)
sd(riqueza)
plot(x=area, y=riqueza, xlab="Area (ha)", ylab="Número de Espécies")
modelo1 <- lm(riqueza~area)
summary(modelo1)
previsto <- fitted(modelo1)
riqueza - previsto
residuals(modelo1)
par(mfrow=c(2,2))
plot(modelo1)
par(mfrow=c(1,1))
plot(x=area, y=riqueza, xlab="Area (ha)", ylab="Número de Espécies")
abline(modelo1)
plot(x=area, y=riqueza, xlab="Log Area (ha)", ylab="Log Número de Espécies", log="xy")
modelo2 <- lm(log(riqueza,base=10)~log(area,base=10))
summary(modelo2)
par(mfrow=c(2,2))
plot(modelo2)
par(mfrow=c(1,1))
plot(riqueza~area, xlab="Log Area (ha)", ylab="Log Número de Espécies", log="xy")
abline(modelo2)
# O que este comando faz?
## Fim!
\end{lstlisting}



\end{document}
