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\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Sheila Cardoso-Silva}{Sheila CardosoSilva}}
\label{sec:sheila_cardososilva}


\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso2009/alunos/trabalho_final/eu.jpg}


\textbf{Doutoranda em Ecologia, Laboratório de Limnologia,IB, USP}

\subsection{\texorpdfstring{Proposta}{Proposta}}
\label{sec:proposta}


\textbf{Principal}
\emph{Determinação do índice de estado trófico (IET)}

O processo de eutrofização é caracterizado pelo aporte excessivo, permanente e contínuo de nutrientes num corpo d’água, que pode trazer como conseqüência diversos danos ao ecossistema. Existem diversos métodos para que seja avaliada a trofia de um corpo d’água, entre estes destacam-se o IET de Carlson modificado por Toledo (1983) e o IET de Carlson modificado por Lamparelli (2004). Ambos baseados numa série de equações a partir das concentrações de fósforo total, clorofila ‘a’ e medida da profundidade do disco de Secchi (medida de penetração de luz). Conforme os valores obtidos os corpos hídricos partem de uma condição ultra-oligotrófica à hipereutrofica. 
A proposta deste trabalho é elaborar uma função que calcule o IET e a partir deste traçar um gráfico que plote a condição trófica dos pontos amostrados.

\paragraph{\texorpdfstring{Comentários}{Comentarios}}
\label{sec:comentarios}


\subparagraph{\texorpdfstring{Paulo}{Paulo}}
\label{sec:paulo}


Legal e bem dimensionada. Minha única dúvida é sobre o gráfico: qual tipo? A idéia é que ele sirva para comparar a condição trófica de vários pontos?

\textbf{Plano B}
\emph{Modelo Streeter-Phelps}

A equação de Streeter-Phelps prevê o déficit de oxigênio no caso de poluição por matéria orgânica biodegradável. O modelo só é válido para processos aeróbios. O seu uso em corpos hídricos anaeróbios é desconsiderado. O equacionamento de Streeter-Phelps foi um marco na análise de qualidade da água. Apesar de ser pouco preciso através dele é possível ganhar a capacidade de previsão do processo de autodepuração dos rios. 
No plano B a proposta é elaborar uma função que calcule o modelo Streeter-Phelps.

\paragraph{\texorpdfstring{Comentários}{Comentarios}}
\label{sec:comentarios2}


\subparagraph{\texorpdfstring{Paulo}{Paulo}}
\label{sec:paulo2}


Não consigo avaliar, pois não conheço o modelo. Se é paenas uma questão de dar valores a uma equeção, me parece muito simples. Se há muitos passos intermediários, aí pode ser interessante

\subsection{\texorpdfstring{Página de Ajuda}{Pagina de Ajuda}}
\label{sec:pagina_de_ajuda}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

IET (função)                                                          package:nenhum                R Documentation

IET (Índice de Estado Trófico)- Cálculo e Plotagem

Descrição

Função que calcula o IET de Carlson, modificado por Lamparelli (2004) para reservatórios, e plota em gráficos o nível trófico dos pontos amostrados. 

Usage

IET (data.frame x, iet.S, iet.P, iet.Cla, iet.M, plot)

Arguments

data.frame x      Um  data.frame com os dados da medida da transparência do disco de Secchi em metros, concentrações de
                  clorofila “a" em μg/L e Fósforo total em  μg/L, respectivamente.

iet.S	     Cálculo do IET Disco de Secchi

iet.P        Cálculo do IET Clorofila “a"

iet.Cla      Cálculo do IET do Fósforo total

iet.M	     Cálculo do IET Médio

plot         plota gráfico x,y para o IET do Disco de secchi, clorofila  “a",  fósforo total e médio

Details

Necessariamente o data.frame deve conter nas colunas os valores para disco de Secchi, Clorofila “a" e fósforo total, respectivamente. 

Para o plot foram utilizados:
abline (h, x): traça linha horizontal
cex: tamanho da fonte 
pch:  tipo de símbolo
main:  título do gráfico
tck:  especifica o comprimento dos marcadores dos eixos
text (x,y): textos no plot
xlab,  ylab:  legendas dos eixos x e y
xlim, ylim:  limites dos  eixos x e y

Warning

A função plota valores para o IET entre 40 e 80. O número máximo de pontos de amostragem é de 20. A função não é capaz de corrigir dados faltantes.

References

LAMPARELLI, M.C. Graus de trofia em corpos d’água de estado de São Paulo: avaliação dos métodos de monitoramento. (Tese). IB, USP, São Paulo. 2004. 238p.

See Also

Para mais detalhes sobre os argumentos do plot verifique o help.

Author:

Sheila Cardoso-Silva

Examples

Teste<- read.table("x.csv",header=T,sep=",",dec=".",as.is=T)
IET(Teste) 

x1=x[,1]
x2=x[,2]
x3=x[,3]

ind=data.frame(c(x1,x2,x3), ncol=3)

iet.S = ()
iet.Cla= ()
iet.P = ()
iet.M= ()

plot (iet.S)
plot (iet.Cla)
plot (iet.P)
plot (iet.M)
\end{lstlisting}



\subsection{\texorpdfstring{Código da Função}{Codigo da Funao}}
\label{sec:codigo_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

IET= function(x)

	{

{  	
	#Seleção das colunas com os valores do disco de Secchi, clorofila "a" e fósforo total, respectivamente

x1=x[,1]
x2=x[,2]
x3=x[,3]

ind=data.frame(c(x1,x2,x3), ncol=3)
str(ind)
dim(ind)
head(ind)
}

	#Fazendo cálculo para o IET Do disco de Secchi, Clorofila"a", Fósforo Total e o IET médio
{	
	
	iet.S = 10 *(6-((log(x1,base=exp(1))) /log(2, base=exp(1))))
	iet.Cla= 10 *(6-((0.92-0.34*log(x2,base=exp(1)))/log(2,base=exp(1))))
	iet.P = 10 *(6-((1.77-0.42*log(x3,base=exp(1)))/log(2,base=exp(1))))
	iet.M= (iet.S+(2*(iet.P + iet.Cla)))/5


	#Plotando os gráficos

par(mfrow = c(2,2))
par(family="serif")

			# a média de pontos analisados na maioria dos trabalhos no Lablimno-IB-USP, oscila entre 10 e 15
			# o IET para os reservatórios estudados pelo Lablimno  varia entre 40 e 80

	plot(iet.S, pch=20,cex=0.8, xlab="Pontos amostrados", ylab="IET",ylim=c(40,80),xlim=c(0,30),tck=0.009,main="IET Disco de Secchi")
		abline (h=47)
      	abline(h=52)
		abline(h=59)
		abline(h=63)
		abline(h=67)
			text(25,43, "Ultraoligotrófico",cex=0.8)
			text(25,50, "Oligotrófico",cex=0.8)
			text(25,56, "Mesotrófico",cex=0.8)
			text(25,61, "Eutrófico",cex=0.8)
			text(25,65, "Supereutrófico",cex=0.8)
			text(25,73, "Hipereutrófico",cex=0.8)


 	plot(iet.Cla, pch=20,cex=0.8, xlab="Pontos amostrados", ylab="IET",ylim=c(40,80),tck=0.009,xlim=c(0,30), main="IET Clorofila a")
		abline (h=47)
		abline(h=52)
		abline(h=59)
		abline(h=63)
		abline(h=67)
			text(25,43, "Ultraoligotrófico",cex=0.8)
			text(25,50, "Oligotrófico",cex=0.8)
			text(25,56, "Mesotrófico",cex=0.8)
			text(25,61, "Eutrófico",cex=0.8)
			text(25,65, "Supereutrófico",cex=0.8)
			text(25,73, "Hipereutrófico",cex=0.8)


	
	plot(iet.P,  pch=20,cex=0.8, xlab="Pontos amostrados", ylab="IET",ylim=c(40,80),xlim=c(0,30),tck=0.009, main="IET Fósforo Total")
		abline (h=47)
      	abline(h=52)
		abline(h=59)
		abline(h=63)
		abline(h=67)
			text(25,43, "Ultraoligotrófico",cex=0.8)
			text(25,50, "Oligotrófico",cex=0.8)
			text(25,56, "Mesotrófico",cex=0.8)
			text(25,61, "Eutrófico",cex=0.8)
			text(25,65, "Supereutrófico",cex=0.8)
			text(25,73, "Hipereutrófico",cex=0.8)

 	plot(iet.M, pch=20,cex=0.8, xlab="Pontos amostrados", ylab="IET", ylim=c(40,80),xlim=c(0,30),tck=0.009,main="IET Médio")
      	abline (h=47)
      	abline(h=52)
		abline(h=59)
		abline(h=63)
		abline(h=67)
			text(25,43, "Ultraoligotrófico",cex=0.8)
			text(25,50, "Oligotrófico",cex=0.8)
			text(25,56, "Mesotrófico",cex=0.8)
			text(25,61, "Eutrófico",cex=0.8)
			text(25,65, "Supereutrófico",cex=0.8)
			text(25,73, "Hipereutrófico",cex=0.8)
			
	return (iet.S,iet.Cla, iet.P,iet.M) 
}
 
		}
IET (x)
\end{lstlisting}



\subsection{\texorpdfstring{Arquivo da Função}{Arquivo da Funao}}
\label{sec:arquivo_da_funao}


\href{media/bie5782/01_curso2009/alunos/trabalho_final/iet.r}{iet.r}

\end{document}
