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\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Camila de Barros}{Camila de Barros}}
\label{sec:camila_de_barros}


\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/página}


Doutoranda em Ecologia, Departamento de Ecologia Universidade de São Paulo

\subsection{\texorpdfstring{Meus Exercícios}{Meus Exercicios}}
\label{sec:meus_exercicios}


Linque para a página com os meus exercícios resolvidos

Exercício 1:   \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/camila_barros_1_f.r}{F}

Exercício 2:   \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exercício_2_camila_barros_f.r}{F}

Exercício 3:   \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exercicio_3_camila_barros_f_3.txt}{F}

Exercício 4:   \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exercicio_4_camila_barros_f.r}{F}

Exercício 5:   \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exercício_5_camila_barros_f.r}{F}

Exercício 6:   \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exercícios_6_camila_barros_f.r}{F}

Exercício 7:   \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exercício_7_camila_barros_f.r}{F}

Exercício 8:   \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exercício_8_camila_barros_f.r}{F}

Exercício 9:   \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exercicio_9_camila_barros_f.r}{F}

\subsection{\texorpdfstring{Trabalho final}{Trabalho final}}
\label{sec:trabalho_final}


\subsubsection{\texorpdfstring{Plano A}{Plano A}}
\label{sec:plano_a}


Os registros dos dados de estudos populacionais de captura-marcação-recaptura (CMR) de animais são geralmente feitos em uma planilha onde nas linhas estão anotados os registros de cada captura e nas colunas as diferentes variáveis medidas. Cada captura de um animal possui um número de registro com todas as informações coletadas nesse evento registradas nessa linha. Esta planilha é excelente para a armazenagem dos dados brutos, contudo, para a análise desses dados é necessário um arquivo no formato de 0 e 1, conhecido por calendário de capturas. Nesse arquivo cada linha corresponde a um indivíduo e cada coluna a uma data de captura. Desta forma, é possível visualizar o histórico de capturas da espécie ao longo do tempo, podendo-se estimar, por exemplo, o tamanho da população, taxa de sobrevivência e taxa de recrutamento. Um dos métodos mais simples para estimativa de tamanho populacional é o \emph{Minimum number know alive} (MNKA), que nada mais é do que a contagem dos indivíduos capturados em uma campanha somados aos indivíduos que foram coletados antes e depois desta campanha. Para tanto, assume-se que a população era fechada e estes indivíduos estavam presentes e apenas não foram capturados. Apesar de simples e talvez um pouco ingênuo, este método é uma boa ferramenta quando não há capturas suficientes para a utilização de estimadores mais precisos. Esta ampla utilização gera uma estimativa que, no mínimo, é uma boa exploração dos dados.

O objetivo do meu trabalho final é, portanto, criar uma função que faça a transformação da planilha de registros dos dados de campo de um estudo de CMR em um calendário de capturas, o que facilitaria enormemente a vida de quem utiliza CMR já que a transformação manual leva vários dias, o que além do tempo perdido aumenta consideravelmente a possibilidade de erros.  Junto com a função de transformação da planilha quero também incluir um cálculo de MNKA para ser utilizado como análise exploratória dos dados. 

Exemplo de planilha de registro de dados brutos:

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exemplo_dados_brutos.xls}{ Exemplo de Registro de Dados Brutos}

Exemplo de planilha de calendários de captura (planilha de 0 e 1, onde 1 indica captura do indivíduo)

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exemplo_cc.xls}{Exemplo de Calendário de Capturas}

\paragraph{\texorpdfstring{Comentários PI}{Comentarios PI}}
\label{sec:comentarios_pi}


Ótimo desafio! Comece com uma função que atenda ao tipo específico de planilha que vc tem, e depois pense em como tornar a função mais geral. Vamos nos falando à medida que vc trabalha.

\subsubsection{\texorpdfstring{Plano B}{Plano B}}
\label{sec:plano_b}


Análises de padrões de reprodução de uma população animal parte da análise gráfica de dados temporais como indivíduos reprodutivos ou não por campanha, razão sexual da população e classes etárias da população. Esses gráficos ficam mais informativos quando contrastados com quantidade de chuva ou quantidade de recursos alimentares. 

O objetivo do meu trabalho final será a criação de uma função exploratória de dados que crie todos esses gráficos a partir dos dados fornecidos pelo usuário.

\paragraph{\texorpdfstring{Comentários PI}{Comentarios PI}}
\label{sec:comentarios_pi2}


Também muito boa. Ainda prefiro a primeira, mas se a coisa enroscar esta aqui não afz feio não.

\subsubsection{\texorpdfstring{Página de Ajuda}{Pagina de Ajuda}}
\label{sec:pagina_de_ajuda}


\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}

\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

MNKA	               package:nenhum                R Documentation



Estimativa de tamanho populacional de dados obtidos por captura-marcação-recaptura utilizando o estimador MNKA (//Minimum number know alive//).
 
Description:

A partir de um data.frame contendo as sessões de captura (primeira coluna) e indivíduos capturados (segunda coluna), cria uma tabela com número de capturas de cada indivíduo por sessão de amostragem e estima o tamanho populacional por sessão através do método MNKA .


Usage:

     MNKA(a)


Arguments:

 a: dados no formato csv. 

 
Details:

Os dados da tabela original devem ter a primeira coluna com a sessão de amostragem e na segunda coluna o número da marcação de cada indivíduo. Essa planilha é transformada através da função table na e depois é estimado o valor de MNKA.

Value:

Uma tabela com o número de capturas de indivíduos por sessão é criada no diretório atual. Na tela retorna o tamanho populacional estimado por sessão. 


Author(s):

Camila Barros

camiladebarros@usp.br


References:

 Krebs, C. J. 1999. Ecological Methodology, 2 edition. Benjamin Cummings.624 pages.


See Also:

'table' pacote base


Examples:
dados = read.csv("exemplo.csv", sep=";", header=T, as.is=T, na.strings=" ")

MNKA (dados)


\end{lstlisting}



\subsubsection{\texorpdfstring{Código da Função}{Codigo da Funao}}
\label{sec:codigo_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}


####Função Trabalho Final Camila Barros #############


###COMEÇA A FUNÇÂO######

MNKA=function(a)  ##a é o data frame com as sessões na coluna 1 e as tags capturadas na coluna 2
{
x = unique(a[,1]) #sessões
y = sort(unique(a[,2])) #tags
tab=(t(table(a)))
write.csv(tab, "Calendário de captura_sessão.csv")
resulta= matrix(NA, ncol=length(x), nrow=length(y),dimnames=list(y,x)) 
	for(i in 1:length(y))
	{
		for (j in 1:length(x))
		{
			if ((tab[i,j]!=0)==T)   
			{
			resulta[i,j]=1
			}
			
			if     
			((tab[i,j]==0 & (sum(tab[i,(1:j)])>=1) & (sum(tab[i,(j:length(x))])>=1))==T)
			{
			resulta[i,j]=1
			}
			
		}
	}
cat("\n Um calendário de capturas por sessão foi salvo no diretório. \n\n Valores das estimativas de MNKA (segunda linha) por sessão (primeira linha): \n ")
return(apply(resulta,2, FUN=sum,na.rm=T)) 
}
###FINAL DA FUNÇÂO######
\end{lstlisting}



\subsubsection{\texorpdfstring{Teste da função}{Teste da funao}}
\label{sec:teste_da_funao}


\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/exemplo.csv}{exemplo.csv}

dados = read.csv(,,exemplo.csv", sep=,,;", header=T, as.is=T, na.strings=,, ")

MNKA (dados)

\subsubsection{\texorpdfstring{Arquivo da função}{Arquivo da funao}}
\label{sec:arquivo_da_funao}


\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camiladebarros/função_camila_barros.txt}{funcao\_camila\_barros.txt}

\end{document}
