\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\date{\today}
\title{}
\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Daniela Zanelato}{Daniela Zanelato}}
\label{sec:daniela_zanelato}


\raggedleft\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/dsc02509}
Iniciei meu mestrado em Ecologia neste ano, pelo LabTrop, com o título \textbf{ ,,Demandas conflitantes entre sobrevivência e crescimento em ambientes com diferentes disponibilidades de recurso e sua interação com a micro-biota do solo”}. Minha área de estudo são duas florestas de restinga, na Ilha do Cardoso, litoral sul de São Paulo.

Link para minha página no LabTrop: \href{http://ecologia.ib.usp.br/labtrop/doku.php?id=labtrop:03_equipe:daniela:daniela}{Dani\_LabTrop}

\subsection{\texorpdfstring{Meus Exércícios}{Meus Exercicios}}
\label{sec:meus_exercicios}


\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/danielazanelato_1_f.r}{Exercício 1}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/danielazanelato_2_f.r}{Exercício 2}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/danielazanelato_3_p.r}{Exercício 3\_parcial}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/daniela_zanelato_3_f.r}{Exercício 3\_final}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/danielazanelato_4_p.r}{Exercício 4\_parcial}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/daniela_zanelato_4_f.r}{ Exerc´cio 4 final}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/daniela_zanelato_5_f_.r}{Exercício 5}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/daniela_zanelato_6_p.r}{Exercício 6\_parcial}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/daniela_zanelato_7_p.r}{ Exercício 7 parcial}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/daniela_zanelato_8_p.r}{Exercício 8 parcial}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/daniela_zanelato_9_p.r}{ Exercício 9 parcial}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/daniela_zanelato_9_f.r}{Exercício 9}

\subsection{\texorpdfstring{Proposta de Trabalho Final}{Proposta de Trabalho Final}}
\label{sec:proposta_de_trabalho_final}


\subsubsection{\texorpdfstring{Plano A}{Plano A}}
\label{sec:plano_a}


\subparagraph{\texorpdfstring{Contextualização}{Contextualizaao}}
\label{sec:contextualizaao}


O sucesso reprodutivo final das plantas depende de uma série de fases consecutivas (Nathan \& Muller-Landau 2000), sendo que o fluxo de sementes e o estágio de plântula os estágios mais críticos no ciclo de vida das plantas, (Terborgh 1990). Além disso, estudos sobre o recrutamento de plântulas permitem aprofundar o entendimento dos fatores que geram a diversidade em florestas tropicais (Harms et al 2000).

Neste contexto, descrever a comunidades de plântulas de em diferentes áreas, e para uma mesma área em diferentes intervalos de tempo é o primeiro passo para se procurar explicações sobre quais fatores atuam sobre a estruturação de plântulas destas áreas. Alguns parâmetros básicos para se descrever a comunidade de plântulas são: n° de indivíduos, nº de espécies, e n° médio de espécies por amostra, além do índice de diversidade de Shannon. Além disso, para comparação da diversidade de plântulas entre diferentes é bastante útil a construção de diagramas de Whitaker. 

\subparagraph{\texorpdfstring{Proposta}{Proposta}}
\label{sec:proposta}


Desse modo, minha proposta é construir uma função que gere esta descrição básica (n° de indivíduos, nº de espécies e n° médio de espécies por amostra) da comunidade de plântulas de uma determinada área, para cada intervalo de tempo, permitindo a comparação entre diferentes áreas. E ainda que gere diagramas de Whitaker para cada intervalo de tempo. 

Uma função com estas características é bastante útil, principalmente porque as planilhas de entrada de dados contém milhares de linhas (indivíduos) e várias colunas (re-censos), e a cada re-censo (geralmente realizados a cada 6 meses) aumenta muito a quantidade de dados. No LabTrop já temos planilhas de acompanhamento de parcelas de plântulas arbóreas com 4 intervalos de tempo, para duas áreas de floresta de restinga, geradas por Faria (2008), e uma parte do meu mestrado pretende continuar estes censos. 

\subparagraph{\texorpdfstring{Exemplo}{Exemplo}}
\label{sec:exemplo}


Exemplo da estrutura das planilhas de entrada de dados ( 1: viva; 0: morta; NA: o indivíduo ainda não existia em um determinado tempo)
\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/exemplo_tabela}


\subparagraph{\texorpdfstring{Bibliografia}{Bibliografia}}
\label{sec:bibliografia}


Nathan, R. \& Muller-Landau, H. C. 2000. Spatial patterns of seed dispersal, their determinants and consequences for recruitment. Trends in Ecology and Evolution 15(7):278 285.

Terborgh, J. 1990. Seed and Fruit dispersal – Commentary. In: Bawa, K. S. Hadley, M (eds.). Reproductive Ecology of Tropical Forest Plants. Volume 7. Pp. 181-190. Paris: UNESCO

Harms, K. E., Wright, S. J., Calderón, O., Hernández, A. \& Herre, E. A. 2000. Pervasive density-dependent recruitment enhances seedling diversity in a tropical forest. Nature. 404:493-495.

Faria, M. B. B. C. 2008. Diversidade e regeneração natural de árvores em Florestas de Restinga na Ilha do Cardoso, Cananéia, SP, Brasil. Dissertação de mestrado. Instituto de Biociências. Universidade de São Paulo, São Paulo, SP.

\subparagraph{\texorpdfstring{Comentários PI}{Comentarios PI}}
\label{sec:comentarios_pi}


Muito boa. Só não ficou claro quais seriam as saídas. Isto é importante pq há um monte de possibilidades (gráficos, resumos numéricos, etc), cada uma delas com muitos formatos possíveis (p.ex. vários gráfico em uma paǵina, etc). Então, antes de começar, certifique-se que vc tem clareza do que quer retornar ao usuário.

\subparagraph{\texorpdfstring{Resposta DZ}{Resposta DZ}}
\label{sec:resposta_dz}


As saídas são resumos numéricos (,,tabela" com os parêmatros retornados em cada linha e as colunas sendo os intervalos de tempo) e gráficos (acho que é melhor um em cada página, porque se forem muitos vai ficar ruim de ler).

\paragraph{\texorpdfstring{Plano B}{Plano B}}
\label{sec:plano_b}


\subparagraph{\texorpdfstring{Comentários PI}{Comentarios PI}}
\label{sec:comentarios_pi2}


Cadê o plano B?

\subparagraph{\texorpdfstring{Resposta}{Resposta}}
\label{sec:resposta}


É verdade, faltou. Acho que uma versão simplificada do plano A... que não retorne os gráficos por exemplo.

\subsubsection{\texorpdfstring{Página de Ajuda}{Pagina de Ajuda}}
\label{sec:pagina_de_ajuda}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

descr.basica        package:bie5782_curso2010       R Documentation

                 Descrição Básica da Comunidade de Plântulas 


Description:

      Produz uma matriz com a descrição básica (número de indivíduos, 
      número espécies, número médio de indivíduos e número médio de 
      espécies) para cada intervalo de tempo, além de Diagramas de 
      Whittaker.

Usage:

     descr.basica(x) 


Arguments:

 x:data.frame em que cada linha representa um indivíduo;
	a primeira coluna contém a data em que o 
indivíduo apareceu pela primeira vez;
	a segunda coluna contém a identificação 
da parcela dentro da Parcela Permanente;
	a terceira coluna contém o número da parcela;
	a quarta coluna contém o número da subparcela;
	a quinta coluna contém o número do indivíduo;
	a sexta coluna contém o nome da espécie;
	a sétima coluna contém o nome da família;
	a oitava coluna em diante contém um número que 
indica presença ou ausência do indivíduo em cada intervalo
de tempo (censo);  


Details:

     Usar 1 para indivíduo vivo, 0 para morto, NA para 
     quando o indívíduo ainda não existia
     num determinado intervalo de tempo 


Value:

     Uma matriz e uma série de gráficos são gerados. 
     Na matriz as colunas representam cada intervalo de 
     tempo e as linhas representam: o número de indivíduos, 
     número de espécies, número médio de indivíduos e desvio 
     padrão, número médio de espécies e desvio padrão. 
     O gráfico de cada intervalo de tempo é salvo em 
     um arquivo .jpg

Warning:

  In xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) :
  N y values <= 0 omitted from logarithmic plot
  
  (sendo N o número de zeros omitidos em cada gráfico, 
  devido à escala logarítimica)


Author
     Daniela Zanelato


References:

     Faria, M. B. B. C. 2008. Diversidade e regeneração 
     natural de árvores em Florestas de Restinga na Ilha do
     Cardoso, Cananéia, SP, Brasil. Dissertação de mestrado.
     Instituto de Biociências. Universidade de São Paulo, 
     São Paulo, SP.  
     

Examples:

read.table("plra.txt",header=T,sep="\t")->plantula
head(plantula)
descr.basica(plantula)
\end{lstlisting}



\paragraph{\texorpdfstring{Código da Função}{Codigo da Funao}}
\label{sec:codigo_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

descr.basica<-function(x)
	{
	x[x==0]<-NA  # substitui zeros por NAs, isso facilita lá na frente
	resultados<-list()  # crio objeto onde vão resultados de objetos intermediários
	resul.final<-matrix(NA,nrow=4, ncol=dim(x)[2]-7) # matriz de saída
	colnames(resul.final)<-paste("Censo",0:(dim(x)[2]-8),sep="")
	rownames(resul.final)<-c("Nº total de Indivíduos","N° total de Espécies","N° Médio de Indivíduos","N° Médio de Espécies")
	
	for(i in 8:dim(x)[2])
		{
		resultados[[i-7]]<-table(x$Espécie,x[,i])
		}


		resultados2<-list()    ## calcula nº total de indivíduos para cada tempo
		for(i in 1:(dim(x)[2]-7))
			{
			resultados[[i]]->f
			soma.f<-sum(f)
			resultados2[[i]]<-soma.f
			}


		resultados3<-list()   ## calcula nº total de sp para cada tempo
		for(i in 1:(dim(x)[2]-7))
			{
			resultados[[i]]->f
			f[f>1]=1
			soma.f<-sum(f)
			resultados3[[i]]<-soma.f
			}
		

		resu<-data.frame(par=aggregate(x[,8], by=list(x$Parcela),sum,na.rm=T)[,1]) # nº médio ind. em cada tempo
		for(i in 8:dim(x)[2])
			{
			resu[,i-6]<-aggregate(x[,i], by=list(x$Parcela),sum,na.rm=T)[,2]
			}
			resu2<-data.frame(med=(resu)[1,2])
			for(i in 2:dim(resu)[2])
				{
				resu2[,i]<-round(mean(resu[,i]),digits=2)
				}
		resu2<-resu2[,-1]


		resu.sd<-data.frame(med=(resu)[1,2])  ## desvio padrão do n° médio ind. em cada tempo
		for(i in 2:dim(resu)[2])
			{
			resu.sd[,i]<-round(sd(resu[,i]),digits=2)
			}
		resu.sd<-resu.sd[,-1]

		resu3<-list()  ##  N° médio sps em cada tempo
		for(i in 8:dim(x)[2])
			{
			resu3[[i-7]]<-table(x$Espécie,x$Parcela,x[,i])
			}
			resu4<-list()
			for(i in 1:(dim(x)[2]-7))
				{
				m<-resu3[[i]]
				m[m>1]=1
				s<-apply(m,2,sum)
				resu4[[i]]<-s
				}
			resu5<-list()  
			for(i in 1:(dim(x)[2]-7))
				{
				n<-resu4[[i]]
				s2<-mean(n)
				resu5[[i]]<-round(s2,digits=2)
				}

		resu6<-list()    ## desvio padrão do nº médio de sps em cada tempo
			for(i in 1:(dim(x)[2]-7))
				{
				n<-resu4[[i]]
				s3<-sd(n)
				resu6[[i]]<-round(s3,digits=2)
				}		

		for(i in 1:(dim(x)[2]-7)) # substitui objetos intermediários no objeto de saída
			{
			resul.final[1,i]<- resultados2[[i]][1]
			}

		for(i in 1:(dim(x)[2]-7))
			{
			resul.final[2,i]<- resultados3[[i]][1]
			}
		
		for(i in 1:(dim(x)[2]-7))
			{
			resul.final[3,i]<-paste(resu2[,i],"dp",resu.sd[,i])
			}

		for(i in 1:(dim(x)[2]-7))
			{
			resul.final[4,i]<-paste(resu5[[i]][1],"dp",resu6[[i]][1])
			}

		n.col=dim(x)[2]     ### Gráficos!
		n.lin=dim(x)[1]
		resultados=data.frame(sp=aggregate(x[,8],by=list(x$Espécie),sum,na.rm=T)[,1])
		for(i in 8:dim(x)[2])
			{
			resultados[,i-6]<-aggregate(x[,i],by=list(x$Espécie),sum,na.rm=T)[,2]
			}
			resultados[,dim(resultados)[2]+1]<- seq(1:dim(resultados)[1])
			vetor0<-resultados[,dim(resultados)[2]]
			res<-data.frame(resultados)
			for(i in 1:dim(resultados)[2])
				{
				res[i]<-sort(resultados[,i],decreasing=T)
				}
				jpeg(filename="graf%02d.jpg")
				for(i in 2:(dim(res)[2]-1)) # como faço pra ciclar fazendo vários gráficos?
					{
					par(bty="l",pch=16)
					plot(res[,i]~vetor0,log="y",xlab="Espécies", ylab="Nº de Indivíduos",type="b",main=paste("Censo",i-2))
					}
				dev.off()
	
	cat("\t","ATENÇÃO:Os gráficos de cada censo estão salvos em um arquivo .jpg, dentro do seu diretório de trabalho\n","\t","Como há espécies com nenhum indivíduo em algum dos censos\n","\t", "e os eixos y estão em log: podem aparecer as seguintes mensagens warning\n\n\n" )
	return(resul.final)  ### Avisos
		
	}

\end{lstlisting}



\paragraph{\texorpdfstring{Arquivo da Função}{Arquivo da Funao}}
\label{sec:arquivo_da_funao}


\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/função_final_6_abr_2010.r}{Função}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniela.zanelato/plra.txt}{Arquivo\_para\_teste}

\end{document}
