\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article} \usepackage[english]{babel} \usepackage[unicode]{hyperref} \usepackage[utf8x]{inputenc} \usepackage{listings} \usepackage{graphicx} \graphicspath{{media/}} \date{\today} \title{} \author{} \begin{document} \section{\texorpdfstring{Bárbara Maria de Andrade Costa}{Barbara Maria de Andrade Costa}} \label{sec:barbara_maria_de_andrade_costa} \includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/photo_barbara} Doutoranda em Genética e Biologia Evolutiva, Instituto de Biologia, USP. O título da minha tese é: ,,Evolução e integração morfologica dos roedores da subfamília Sigmodontinae Wagner, 1843 (RODENTIA, CRICETIDAE)", orientada pelo professor Gabriel Marroig. \subsection{\texorpdfstring{Exercicios}{Exercicios}} \label{sec:exercicios} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/tafinha_1_f.r}{exercicio1\_F} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio2.r}{exercicio2\_F} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio3.r}{exercicio3\_F} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio4.r}{exercicio4\_F} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio5.r}{exercicio5\_F} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio6.r}{exercicio6\_F} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio7.r}{exercicio7\_F} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio8.r}{exercicio8\_F} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio9.r}{execicio9\_F} \subsubsection{\texorpdfstring{Trabalho Final}{Trabalho Final}} \label{sec:trabalho_final} Meu projeto de doutorado tem como objetivo analisar a integração morfológica dos roedores da subfamília Sigmodontinae. Na coleta de dados, registro 21 pontos de referência nos crânios dos roedores utilizando um digitalizador Microscribe 3D MX . Com base nesses pontos calculo 35 distâncias lineares que descrevem a morfologia craniana dos indivíduos. Todos os especimes sao medidos duas vezes, o que permite calcular a repetibilidade, a fim de avaliar o erro das medidas. A repetibilidade é definida como sendo a porcentagem da variação total das medidas que é “real” e não está associada, portanto, ao erro de observação (diferença entre a primeira e a segunda medição). Este cálculo costuma ser realizado através de Análise de Variância, em que os indivíduos representam a variável independente e cada distância representa a variável dependente. Isso acaba se tornando um processo lento, uma vez que deve ser realizada uma ANOVA para cada uma das 35 distâncias. Dessa maneira, pretendo criar uma funçao no R que calcule de uma só vez a repetibilidade de todas as distâncias em todos os indivíduos medidos . Pretendo escrever essa função a partir de um data frame (individuos e distancias). \paragraph{\texorpdfstring{Comentários PI}{Comentarios PI}} \label{sec:comentarios_pi} Ótima proposta! Perfeita para aprofundar-se na partição de variância que uma ANOVA faz, e também em como extrair estas informações de um objeto \texttt{lm} ou \texttt{aov} no R. Veja também as funções que já existem para partição de variância. Talvez seja mais fácil obter delas a informação que vc precisa. Tente fazer a função o mais genérica possível, e não apenas para seus ratinhos ok? \subsection{\texorpdfstring{Código da Função}{Codigo da Funao}} \label{sec:codigo_da_funao} \lstset{frame=single} \begin{lstlisting} repet<-function(dados) { ID<-as.factor(dados$ID) distancias<-dim(dados)[2] repetibilidade = c() for(i in 2:distancias) { result.1=lm(dados[,i]~ID) result.2=anova(result.1) Ve=result.2[1,3] repetibilidade[i-1]=Ve/sum(result.2[,3]) } names(repetibilidade)<-colnames(dados)[2:distancias] return(repetibilidade) } \end{lstlisting} \subsection{\texorpdfstring{Arquivo da Função}{Arquivo da Funao}} \label{sec:arquivo_da_funao} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/arquivofuncao.r}{repetibilidade} \subsection{\texorpdfstring{Página de Ajuda}{Pagina de Ajuda}} \label{sec:pagina_de_ajuda} \lstset{frame=single} \begin{lstlisting} repet{} package:repetibilidade R Documentation Calculo da repetibilidade das amostras Description: A função calcula a repetibilidade das amostras para cada variável tomada. Usage: repet(x) Arguments: x um data frame. Objeto contendo os dados para a análise de repetibilidade Details: no objeto (x) a primeira coluna deve conter a variável independente e as seguintes as variáveis dependentes. No exemplo, os indivíduos podem ser considerados como a variável independente e as medidas (distâncias) são as variáveis dependentes. Value: A função retorna um vetor numérico que informa a repetibilidade das variáveis dependentes presentes no objeto inicial. Cada variável aparecerá com o seu nome associado para identificação do leitor. Warning: A função está adequada para receber um data.frame no qual a primeira coluna contem a variável independente e está identificada como ID. A função criada transforma essa primeira coluna em fator para análise. Os objetos de entrada da função, portanto, devem estar nesse formato (título: ID). Caso o título da variável da primeira coluna seja diferente deve-se alterar na função. Exemplo, o nome da primeira coluna do novo objeto criado é INDIVIDUOS. Onde consta na função o código: ID<-as.factor(dados$ID), deve ser alterado para INDIVIDUO <- as.factor(dados$INDIVIDUO). Para as colunas seguintes (variáveis dependentes) a função não tem problemas quanto a modificação dos nomes e da quantidade das variáveis. Author(s): Bárbara Maria de Andrade Costa Guilherme Garcia Harley Sebastião da Silva Gabriel Marroig References: Falconer,D.S. & Mackay TFC (1996). Introduction to Quantitative Genetics. Fourth edition. Addison Wesley Longman, Harlow, Essex, UK. Sokal, R. R. and F. J. Rohlf. 1995. Introduction to the analysis of variance. In: Biometry: the principles and practice of statistics in biological research. 3rd edition. W. H. Freeman and Co.: New York. 887 pp. ISBN:0-7167-2411-1. Examples: #Exemplo simples de um data.frame com cinco indivíduos e apenas uma variável dependente (distancia ISPM): ID<-c(1,1,2,2,3,3,4,4,5,5)#5 indivíduos medidos duas vezes ID ISPM<-c(1.78039231926814,1.80526479797148,1.8181259854412, 1.738829393,1.713498071,1.655614264,1.879311396, 1.785834126,1.777409623,1.883790524) # distancia (ISPM), #duas para cada individuo ISPM morcegos<-data.frame(ID,ISPM) morcegos repet(morcegos) #Exemplo com o arquivo "dados" (link logo abaixo) usado como modelo para criar a função de repetibilidade. Nesse caso, o numero de variáveis dependentes é maior. Dica: para facilitar, salve o arquivo dados, como csv (e nao txt). O cabeçalho do arquivo da função está como csv,separado por ";" (ou seja: ".csv2" no R) \end{lstlisting} \href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/caluromys.csv}{dados} \end{document}