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\date{\today}
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\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Bárbara Maria de Andrade Costa}{Barbara Maria de Andrade Costa}}
\label{sec:barbara_maria_de_andrade_costa}


 \includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/photo_barbara}


Doutoranda em Genética e Biologia Evolutiva, Instituto de Biologia, USP. O título da minha tese é: ,,Evolução e integração morfologica dos roedores da subfamília Sigmodontinae Wagner, 1843 (RODENTIA, CRICETIDAE)", orientada pelo professor Gabriel Marroig.

\subsection{\texorpdfstring{Exercicios}{Exercicios}}
\label{sec:exercicios}


\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/tafinha_1_f.r}{exercicio1\_F}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio2.r}{exercicio2\_F}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio3.r}{exercicio3\_F}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio4.r}{exercicio4\_F}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio5.r}{exercicio5\_F}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio6.r}{exercicio6\_F}

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\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio8.r}{exercicio8\_F}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/exercicio9.r}{execicio9\_F}

\subsubsection{\texorpdfstring{Trabalho Final}{Trabalho Final}}
\label{sec:trabalho_final}


Meu projeto de doutorado tem como objetivo analisar a integração morfológica dos roedores da subfamília Sigmodontinae. Na coleta de dados, registro 21 pontos de referência nos crânios dos roedores utilizando um digitalizador Microscribe 3D MX . Com base nesses pontos calculo 35 distâncias lineares que descrevem a morfologia craniana dos indivíduos. Todos os especimes sao medidos duas vezes, o que permite calcular a repetibilidade, a fim de avaliar o erro das medidas.

A repetibilidade é definida como sendo a porcentagem da variação total das medidas  que é “real” e não está associada, portanto, ao erro de observação (diferença entre a primeira e a segunda medição). Este cálculo costuma ser realizado através de Análise de Variância, em que os indivíduos representam a variável independente e cada distância representa a variável dependente. Isso acaba se tornando um processo lento, uma vez que deve ser realizada uma ANOVA para cada uma das 35 distâncias. 

Dessa maneira, pretendo criar uma funçao no R que calcule de uma só vez a  repetibilidade de todas as distâncias em todos os indivíduos medidos . Pretendo escrever essa função a partir de um data frame (individuos e distancias).

\paragraph{\texorpdfstring{Comentários PI}{Comentarios PI}}
\label{sec:comentarios_pi}


Ótima proposta! Perfeita para aprofundar-se na partição de variância que uma ANOVA faz, e também em como extrair estas informações de um objeto \texttt{lm} ou \texttt{aov} no R. Veja também as funções que já existem para partição de variância. Talvez seja mais fácil obter delas a informação que vc precisa.

Tente fazer a função o mais genérica possível, e não apenas para seus ratinhos ok?

\subsection{\texorpdfstring{Código da Função}{Codigo da Funao}}
\label{sec:codigo_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}


repet<-function(dados)
	{
	ID<-as.factor(dados$ID)
	distancias<-dim(dados)[2]
	repetibilidade = c()
	for(i in 2:distancias)
	{
	result.1=lm(dados[,i]~ID)
	result.2=anova(result.1) 
	Ve=result.2[1,3] 
	repetibilidade[i-1]=Ve/sum(result.2[,3])
	}	
	names(repetibilidade)<-colnames(dados)[2:distancias]
	return(repetibilidade)
	}


\end{lstlisting}



\subsection{\texorpdfstring{Arquivo da Função}{Arquivo da Funao}}
\label{sec:arquivo_da_funao}


\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/arquivofuncao.r}{repetibilidade}

\subsection{\texorpdfstring{Página de Ajuda}{Pagina de Ajuda}}
\label{sec:pagina_de_ajuda}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}


repet{}                 package:repetibilidade               R Documentation

		
		Calculo da repetibilidade das amostras

Description:

     A função calcula a repetibilidade das amostras para cada variável tomada. 

Usage:

     repet(x)

Arguments:

x	um data frame. Objeto contendo os dados para a análise de repetibilidade

Details:

     no objeto (x) a primeira coluna deve conter a variável independente e as seguintes as variáveis dependentes. No exemplo, os indivíduos podem ser considerados como a variável independente e as medidas (distâncias) são as variáveis dependentes.


Value:
     
     A função retorna um vetor numérico que informa a repetibilidade das variáveis dependentes presentes no objeto inicial. Cada variável aparecerá com o seu nome associado para identificação do leitor.
	     


Warning:

     A função está adequada para receber um data.frame no qual a primeira coluna contem a variável independente
e está identificada como ID. A função criada transforma essa primeira coluna em fator para análise. Os objetos de entrada da função, portanto, devem estar nesse formato (título: ID). Caso o título da variável da primeira coluna seja diferente deve-se alterar na função. Exemplo, o nome da primeira coluna do novo objeto criado é INDIVIDUOS. Onde consta
na função o código: ID<-as.factor(dados$ID), deve ser alterado para INDIVIDUO <- as.factor(dados$INDIVIDUO). 
     Para as colunas seguintes (variáveis dependentes) a função não tem problemas quanto a modificação dos nomes e da quantidade das variáveis. 



Author(s):

     Bárbara Maria de Andrade Costa
     Guilherme Garcia
     Harley Sebastião da Silva
     Gabriel Marroig





References:

     Falconer,D.S. & Mackay TFC (1996). Introduction to Quantitative Genetics. Fourth edition. Addison
       Wesley Longman, Harlow, Essex, UK.

     Sokal, R. R. and F. J. Rohlf. 1995. Introduction to the analysis of variance. In: Biometry: the principles
       and practice of statistics in biological research. 3rd edition. W. H. Freeman and Co.: New York. 887 pp.
       ISBN:0-7167-2411-1.


Examples:


#Exemplo simples de um data.frame com cinco indivíduos e apenas uma variável dependente (distancia ISPM):
	
ID<-c(1,1,2,2,3,3,4,4,5,5)#5 indivíduos medidos duas vezes
	ID
	ISPM<-c(1.78039231926814,1.80526479797148,1.8181259854412,
	1.738829393,1.713498071,1.655614264,1.879311396,
	1.785834126,1.777409623,1.883790524) # distancia (ISPM), 	#duas para cada individuo
	ISPM
	morcegos<-data.frame(ID,ISPM)
	morcegos
	repet(morcegos)
    
#Exemplo com o arquivo "dados" (link logo abaixo) usado como modelo para criar a função de repetibilidade.
Nesse caso, o numero de variáveis dependentes é maior. Dica: para facilitar, salve o arquivo dados, como csv
(e nao txt). O cabeçalho do arquivo da função está como csv,separado por ";" (ou seja: ".csv2" no R)



\end{lstlisting}



\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/tafinha/caluromys.csv}{dados}

\end{document}
