\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
\usepackage[unicode]{hyperref}
\usepackage[utf8x]{inputenc}
\usepackage[english]{babel}
\usepackage{longtable}
\date{\today}
\title{}
\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Curso 2010}{Curso 2010}}
\label{sec:curso_2010}


Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação de nossa disciplina, ministrada em março de 2010 no Instituto de Biocências da USP, e outras informações importantes. Além disto, há algumas atividades prévias a cumprir antes do início das aulas.INFORMAÇÕES IMPORTANTES

\textbf{INICIO DO CURSO}
Faça as atividades preparatórias!!!
Atividades Preparatórias

\textbf{ Notas finais }
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/final.res.pdf}{final.res.pdf}

\subsection{\texorpdfstring{Informações Gerais}{Informaoes Gerais}}
\label{sec:informaoes_gerais}


Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo

\subsubsection{\texorpdfstring{Professores}{Professores}}
\label{sec:professores}

\begin{itemize}
  \item \href{http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start}{Paulo Inácio K. L. Prado}, Grupo de Ecologia Teórica-IB   (prado@ib.usp.br) 
  \item \href{http://ecologia.ib.usp.br/labtrop}{Alexandre Adalardo de Oliveira}, Lab. Ecologia de Florestas Tropicais \emph{LABTROP} - IBUSP (adalardo@usp.br)
  \item \href{http://sites.ffclrp.usp.br/ficus/equipe.htm}{Rodrigo Augusto Santinelo Pereira}, Laboratório de Biologia Reprodutiva de Ficus, FFCLRP - USP. (raspereira@yahoo.com.br)
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Monitores}{Monitores}}
\label{sec:monitores}

\begin{itemize}
  \item Barbara Henning - PG Ecologia, IB-USP
  \item Fábio Machado - PG Zoologia, MZUSP
  \item Guilherme Garcia - PG Genética, IB-USP 
  \item Gustavo Burin Ferreira - PG Botânica, IB-USP
  \item Tatiana Hideko Kawamoto - PG Fisiologia, IB-USP
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Período e Horários}{Periodo e Horarios}}
\label{sec:periodo_e_horarios}

\begin{itemize}
  \item Disciplina condensada, 08 a 26 de março de 2010
  \item Aulas teóricas de segunda a sexta pelas manhãs, das 8:30-12:30 .
  \item Laboratório de informática: tutorial das 14:00-15:30, exercícios das 16:00-18:00
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Locais das aulas}{Locais das aulas}}
\label{sec:locais_das_aulas}


As aulas ocorrerão em diferentes salas do Instituto de Biociências da USP, esteja atento(a) ao programa abaixo.

O \textbf{\emph{Laboratório Multimídia}} fica no centro didático (prédio da biblioteca) andar térreo.

As salas \textbf{,,Minas"} ficam no edifício \emph{Félix Kurt Rawitscher}, em frente ao prédio da Botânica, do outro lado da Rua do Matão. 

\subsection{\texorpdfstring{Programação}{Programaao}}
\label{sec:programaao}

\begin{itemize}
  \item Antes do inicio da disciplina os alunos devem executar as Atividades Preparatórias.
  \item A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios monitorados. 
  \item Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo \href{http://n3.nabble.com/BIE5782-f138098.html}{Forum disciplina R}
\end{itemize}
\begin{longtable}{|l|l|l|l|l|}
\hline
\multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Primeira Semana}} \\ 
\hline
 
\textbf{ Data   } & \textbf{Período   } & \textbf{ Local } & \textbf{ Assunto } & \textbf{Professor} \\ 
\hline
 
08/03  & 8:30-12:30 & Minas III & Filosofia e histórico da linguagem R, Introdução à linguagem R   & Paulo \\ 
\hline
 
08/03  & 14:00-17:30 & Lab.Multimídia & Tutorial Introdução & Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana   \\ 
\hline
 
10/03  & 8:30-12:30 & Minas III & Funções matemáticas e estatísticas no R   & Paulo \\ 
\hline
 
10/03  & 14:00-17:30 & Minas I & Leitura e Manipulação de Dados   & Alexandre \\ 
\hline
 
12/03  & 8:30-12:30 & Lab.Multimídia & Tutorial Funções Matemáticas   & Barbara, Fábio, Gustavo e Tatiana   \\ 
\hline
 
12/03  & 14:00-15:30 & Lab.Multimídia & Tutorial Leitura e Manipulação de Dados   & Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana   \\ 
\hline
 
\multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Segunda Semana}} \\ 
\hline
 
15/03  & 8:30-12:30 & Minas III & Análise Exploratória de Dados   & Rodrigo \\ 
\hline
 
15/03  & 14:00-17:30 & Lab.Multimídia & Tutorial Análise Exploratória de Dados   & Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana   \\ 
\hline
 
17/03  & 8:30-12:30 & Minas III & Gráficos & Rodrigo \\ 
\hline
 
17/03  & 14:00-17:30 & Lab.Multimídia & Tutorial Gráficos   & Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana   \\ 
\hline
 
19/03  & 8:30-12:00 & Lab.Multimídia & Testes de significância   & Alexandre \\ 
\hline
 
19/03  & 14:00-15:30 & Lab.Multimídia & Testes de significância   & Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana   \\ 
\hline
 
\multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Terceira Semana}} \\ 
\hline
 
22/03  & 8:00-12:00 & Minas III & Regressão linear simples   & Paulo \\ 
\hline
 
22/03  & 14:00-17:30 & Minas III & Regressão linear múltipla e modelos lineares gaussianos   & Paulo \\ 
\hline
 
24/03  & 8:30-10:00 & Minas III & Tira dúvidas Modelos Lineares   & Paulo e Alexandre   \\ 
\hline
 
24/03  & 10:30-12:00 & Minas III & Noções de Programação em Linguagem R: construção de funções simples   & Alexandre \\ 
\hline
 
24/03  & 13:30-15:00 & Minas I  & Noções de Programação em Linguagem R: randomização   & Alexandre \\ 
\hline
 
24/03  & 15:30-17:30 & Lab.Multimídia & Tutorial Programação   & Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana   \\ 
\hline
 
26/03  & 8:30-12:30 & Lab. Multimídia & Tira dúvidas programação   & Equipe \\ 
\hline
 
26/03  & 14:00-14:30 & Lab.Multimídia & Rcomander & Alexandre e Paulo   \\ 
\hline
 
26/03  & 14:30-17:00 & Lab.Multimídia & Exemplos de uso do R   & Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana   \\ 
\hline
 
26/03  & 17:00-17:30 & Lab.Multimídia & Avaliação da disciplina & Equipe \\ 
\hline
 
\end{longtable}



\subsection{\texorpdfstring{Bibliografia Básica}{Bibliografia Basica}}
\label{sec:bibliografia_basica}


\subsubsection{\texorpdfstring{Livros}{Livros}}
\label{sec:livros}


\textbf{William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.}
Conhecido na comunidade R como \emph{,,The Book"}, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o \texttt{MASS}\footnote{este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN}, que faz parte da instalação básica do R. Visite o \href{http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/}{site} do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

\textbf{John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.}
Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, \texttt{car}, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o \href{http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html}{site} do livro.

\textbf{John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman \& Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.} Derivado de manual \href{http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf}{disponível gratuitamente} no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o \href{http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/}{site} do livro, e o pacote \textbf{usingR}.

\textbf{Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.} Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o \href{http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/}{site} do livro.

\subsubsection{\texorpdfstring{Documentação On Line}{Documentaao On Line}}
\label{sec:documentaao_on_line}


\textbf{NOTA:} Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção \href{http://cran.r-project.org/other-docs.html}{Contributed Documentation} do site do R.

\textbf{Venables, W.; Smith, D.M; \& R Development Team  }  \href{http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf}{An Introduction to R. Manual online}. Manual oficial de introdução ao R.

\textbf{Carlos Alzola and Frank E. Harrell \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf}{An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries}” } O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

\textbf{Petra Kuhnert and Bill Venables \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip}{An Introduction to R: Software for Statistical Modelling \& Computing}.} Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

\subsubsection{\texorpdfstring{Outros Recursos}{Outros Recursos}}
\label{sec:outros_recursos}

\begin{itemize}
  \item \textbf{\emph{Taskviews}}:  São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN}\footnote{Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R}. Para nossa área, p.ex, há os \emph{views} \emph{Environmetrics}, \emph{Multivariate}, \emph{Genetics}, \emph{Spatial}. Todo espelho de \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN} mantém uma cópia dos \emph{taskviews}. Para o espelho da FMV-USP o link é \url{http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/}.
  \item \href{http://crantastic.org/}{CRANTASTIC!}: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN}\footnote{Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R}. Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as \textbf{taskviews}, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R.
  \item \href{http://journal.r-project.org/}{The R Journal}: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
  \item \href{http://www.jstatsoft.org}{Journal of Statistical Software}: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v22}{uso do R em ecologia}, e outro sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v24}{análises de redes} (com ênfase para dados de ciências sociais).
  \item \href{http://www.statmethods.net/index.html}{Quick R}, de Rob Kabakoff: um guia rápido \emph{on line} muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
  \item \href{http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming}{The R Wikibook}: manual muito completo na coleção de \href{http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page}{Wiki Books}.
\end{itemize}


\end{document}
