\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article} \usepackage[unicode]{hyperref} \usepackage[utf8x]{inputenc} \usepackage[english]{babel} \usepackage{longtable} \date{\today} \title{} \author{} \begin{document} \section{\texorpdfstring{Curso 2011}{Curso 2011}} \label{sec:curso_2011} Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação de nossa disciplina, ministrada em março de 2010 no Instituto de Biocências da USP, e outras informações importantes. Além disto, há algumas atividades prévias a cumprir antes do início das aulas.INFORMAÇÕES IMPORTANTES \begin{itemize} \item \textbf{ 11 de maio: Foram publicadas as notas da disciplina, veja na página avaliação 2011} \end{itemize} \begin{itemize} \item O horário de plantão na sala multimídia no dia 05/04 foi \textbf{extendido} para a tarde toda: 14hs as 18hs. \end{itemize} \begin{itemize} \item \textbf{ 21 março}: Encaminhamos pelo menos três mensagens coletivas aos alunos regularmente matriculados (email credenciado no sistema Janus), caso não tenha recebido nenhuma, envie uma mensagem aos monitores e professores solicitando que seu endereço de email seja atualizado \end{itemize} \begin{itemize} \item \textbf{INICIO DO CURSO} \end{itemize} Dia 21 de março reservado para os alunos executarem as atividades preparatórias \textbf{Não deixe de faze-las!!!} Atividades Preparatórias As aulas presenciais da disciplina iniciam no dia 23 de março. Veja a Programação (\autoref{sec:Programação}) abaixo \subsection{\texorpdfstring{Informações Gerais}{Informaoes Gerais}} \label{sec:informaoes_gerais} Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo \subsubsection{\texorpdfstring{Professores}{Professores}} \label{sec:professores} \begin{itemize} \item \href{http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start}{Paulo Inácio K. L. Prado}, Grupo de Ecologia Teórica-IB (prado@ib.usp.br) \item \href{http://ecologia.ib.usp.br/labtrop}{Alexandre Adalardo de Oliveira}, Lab. Ecologia de Florestas Tropicais \emph{LABTROP} - IBUSP (adalardo@usp.br) \end{itemize} \subsubsection{\texorpdfstring{Monitores}{Monitores}} \label{sec:monitores} \begin{itemize} \item Camila Mandai - PG Ecologia, IB-USP \item Daniela Zanelato - PG Ecologia, IB-USP \item Daniel Caetano - PG Ecologia, IB-USP \item Fábio Machado - PG Zoologia, MZUSP \item Gabriel Frey - PG Ecologia, IB-USP \item Leandro Tambosi - PG Ecologia, IB-USP \end{itemize} \subsubsection{\texorpdfstring{Período e Horários}{Periodo e Horarios}} \label{sec:periodo_e_horarios} \begin{itemize} \item Disciplina condensada, 21 de março a 08 de abril de 2011 \item Aulas teóricas segunda quartas e sextas pelas manhãs, das 8:30-12:30 . \item Laboratório de informática: tutorial das 14:00-15:30, exercícios das 16:00-18:00 \end{itemize} \subsubsection{\texorpdfstring{Locais das aulas}{Locais das aulas}} \label{sec:locais_das_aulas} As aulas ocorrerão em diferentes salas do Instituto de Biociências da USP, esteja atento(a) ao programa abaixo. O \textbf{\emph{Laboratório Multimídia}} fica no centro didático (prédio da biblioteca) andar térreo. Os \textbf{AGs} (Auditórios Gerais) ficam nos respectivos prédios departamentais da \textbf{Botânica} e \textbf{Zoologia}. Os \textbf{Auditórios 1 e 2} ficam no primeiro andar do Centro Didático. \subsection{\texorpdfstring{Programação}{Programaao}} \label{sec:programaao} \begin{itemize} \item No primeiro dia de aula os alunos devem executar as Atividades Preparatórias. \item A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios monitorados (plantões). \item Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo \href{http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=forum}{Forum disciplina R} \end{itemize} \begin{longtable}{|l|l|l|l|l|} \hline \multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Primeira Semana}} \\ \hline \textbf{ Data } & \textbf{Período } & \textbf{ Local } & \textbf{ Assunto } & \textbf{Instrutor(es)} \\ \hline 21/03 & 8:30-17:30 & livre & Atividades Preparatórias & Plantão de dúvidas - Fórum \\ \hline 23/03 & 8:30-12:30 & AG Botânica & Filosofia e histórico da linguagem R, Introdução à linguagem R & Paulo \\ \hline 23/03 & 14:00-16:00 & AG Botânica & Tira-dúvidas dos Tutoriais de introdução ao R & Paulo e monitores \\ \hline 23/03 & 16:00-18:30 & AG Botânica & Funções matemáticas e estatísticas no R & Paulo \\ \hline 24/03 & 9:00-12:30 & Multimídia & Plantão funções Matemáticas & Daniel, Fábio, Gabriel \\ \hline 25/03 & 8:30-12:30 & Ag.Zoo & Leitura e Manipulação de Dados & Alexandre \\ \hline 25/03 & 14:00-18:30 & Auditório 1 & Plantão Manipulação de dados & Daniel, Fábio, Gabriel \\ \hline \multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Segunda Semana}} \\ \hline 28/03 & 8:30-12:30 & Auditório 2 & Análise Exploratória de Dados & Paulo \\ \hline 28/03 & 12:30-17:30 & Auditório 1 & Plantão Análise Exploratória de Dados & Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro \\ \hline 29/03 & 9:00-12:30 & Lab.Multimídia & Plantão de dúvidas: matéria até aqui & Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro \\ \hline 30/03 & 8:30-12:30 & Auditório 2 & Gráficos & Alexandre \\ \hline 30/03 & 14:00-17:30 & Lab.Multimídia & Plantão gráficos & Daniela, Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro \\ \hline 01/04 & 8:30-12:00 & AG Zoo & Testes de significância & Alexandre \\ \hline 01/04 & 14:00-15:30 & Auditório 1 & Plantão testes de significância & Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro \\ \hline \multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Terceira Semana}} \\ \hline 04/04 & 8:30-12:30 & AG Zoo & Regressão linear simples & Paulo \\ \hline 04/04 & 14:00-15:30 & Multimídia & Introdução a Regressão linear múltipla & Paulo \\ \hline 05/04 & 14:00-18:00 & Multimídia & Plantão regressão linear & Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro \\ \hline 06/04 & 8:30-10:30 & Auditório 2 & Noções de Programação em Linguagem R: construção de funções simples & Alexandre \\ \hline 06/04 & 10:30-12:30 & Auditório 2 & Noções de Programação em Linguagem R: randomização & Alexandre \\ \hline 06/04 & 14:00-16:00 & Lab. Multimídia & Plantão Programação & Daniela, Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro \\ \hline 08/04 & 8:30-12:30 & Ag Zoo & Tira dúvidas Modelos Lineares \newline Tira dúvidas programação & Equipe \\ \hline 08/04 & 14:00-14:30 & Auditório 2 & Rcomander & Alexandre e Paulo \\ \hline 08/04 & 14:30-17:00 & Auditório 2 & Exemplos de uso do R & Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro \\ \hline 08/04 & 17:00-17:30 & Auditório 2 & Avaliação da disciplina & Equipe \\ \hline \end{longtable} \subsection{\texorpdfstring{Bibliografia Básica}{Bibliografia Basica}} \label{sec:bibliografia_basica} \subsubsection{\texorpdfstring{Livros}{Livros}} \label{sec:livros} \textbf{William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.} Conhecido na comunidade R como \emph{,,The Book"}, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o \texttt{MASS}\footnote{este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN}, que faz parte da instalação básica do R. Visite o \href{http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/}{site} do livro para atualizações, exercícios e muito mais. \textbf{John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.} Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, \texttt{car}, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o \href{http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html}{site} do livro. \textbf{John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman \& Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.} Derivado de manual \href{http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf}{disponível gratuitamente} no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o \href{http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/}{site} do livro, e o pacote \textbf{usingR}. \textbf{Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.} Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o \href{http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/}{site} do livro. \subsubsection{\texorpdfstring{Documentação On Line}{Documentaao On Line}} \label{sec:documentaao_on_line} \textbf{NOTA:} Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção \href{http://cran.r-project.org/other-docs.html}{Contributed Documentation} do site do R. \textbf{Venables, W.; Smith, D.M; \& R Development Team } \href{http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf}{An Introduction to R. Manual online}. Manual oficial de introdução ao R. \textbf{Carlos Alzola and Frank E. Harrell \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf}{An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries}” } O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S. \textbf{Petra Kuhnert and Bill Venables \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip}{An Introduction to R: Software for Statistical Modelling \& Computing}.} Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados. \subsubsection{\texorpdfstring{Outros Recursos}{Outros Recursos}} \label{sec:outros_recursos} \begin{itemize} \item \textbf{\emph{Taskviews}}: São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN}\footnote{Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R}. Para nossa área, p.ex, há os \emph{views} \emph{Environmetrics}, \emph{Multivariate}, \emph{Genetics}, \emph{Spatial}. Todo espelho de \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN} mantém uma cópia dos \emph{taskviews}. Para o espelho da FMV-USP o link é \url{http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/}. \item \href{http://crantastic.org/}{CRANTASTIC!}: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN}\footnote{Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R}. Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as \textbf{taskviews}, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R. \item \href{http://journal.r-project.org/}{The R Journal}: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas. \item \href{http://www.jstatsoft.org}{Journal of Statistical Software}: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v22}{uso do R em ecologia}, e outro sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v24}{análises de redes} (com ênfase para dados de ciências sociais). \item \href{http://www.statmethods.net/index.html}{Quick R}, de Rob Kabakoff: um guia rápido \emph{on line} muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos. \item \href{http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming}{The R Wikibook}: manual muito completo na coleção de \href{http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page}{Wiki Books}. \end{itemize} \end{document}