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\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Daniela Rodrigues Abras}{Daniela Rodrigues Abras}}
\label{sec:daniela_rodrigues_abras}


\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniabras/rosto}


Bacharel em Biologia Marinha pelo IB-UFRJ.

Mestranda em Oceanografia com ênfase em Oceanografia Biológica pelo IO-USP. Laboratório de Ecofisiologia de Organismos Marinhos do IO-USP. 

Título da dissertação: ,,Efeitos de parâmetros oceanográficos no timing migratório das baleias-jubarte entre Abrolhos e Mar da Scotia."


\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniabras/exercício_1_-_dani_abras.txt}{exercicio\_1\_-\_dani\_abras.txt}
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\subsection{\texorpdfstring{Proposta de Trabalho}{Proposta de Trabalho}}
\label{sec:proposta_de_trabalho}


\subsubsection{\texorpdfstring{Contextualizando o problema}{Contextualizando o problema}}
\label{sec:contextualizando_o_problema}


O fotoperíodo (duração do período de luz durante um dia) tem uma enorme importância para a fisiologia dos organismos, principalmente dos mamíferos. Estes animais apresentam ritmicidade em diversos processos biológicos, e o fotoperíodo é responsável por iniciar cascatas hormonais que darão início ou interromperão diversas funções fisiológicas, tais como reprodução, migração, hibernação, entre outras.
As baleias-jubarte realizam grandes migrações anuais entre áreas de baixas latitudes, durante o inverno, com o intuito de reprodução, e áreas de altas latitudes, para a alimentação. Ainda não se sabe ao certo o mecanismo que inicia o deslocamento entre as áreas, mas suspeita-se que esteja relacionado com cascatas hormonais, tais como a liberação e interrupção de produção da melatonina pela glândula pineal, que são estimuladas pelo fotoperíodo.

\subsubsection{\texorpdfstring{Proposta A}{Proposta A}}
\label{sec:proposta_a}


Os dados de fotoperíodo são disponibilizados como horários de nascer e por do sol no local e data desejados. Ao longo do ano, as alterações em relação a estes horários são maiores, quanto maiores as latitudes. Portanto, a proposta inicial seria criar uma função que fizesse o cálculo de fotoperíodo (subtraindo a hora do por pelo nascer do sol) em todos os dias do ano,  e realizando médias entre dias. Posteriormente, um gráfico seria criado para acompanhar a flutuação do fotoperíodo ao longo do ano, e verificar se há diferenças entre os anos amostrados, e em localidades diferentes. A função contaria com fatores dias do mês, médias de x dias, diferenças entre meses/anos, e plot da flutuação anual, que podem ser selecionadas de acordo com a necessidade do usuário.

\subsubsection{\texorpdfstring{Proposta B}{Proposta B}}
\label{sec:proposta_b}


Com finalidade de pesquisar a influência do fotoperíodo na migração das baleias-jubarte, a proposta seria criar uma função para correlacionar estes dados (encontrados na função anterior) com os de abundância das baleias ao redor do Arquipélago de Abrolhos, inserindo diferentes “time-lag´s” de 30, 45 e 60 dias.

\subparagraph{\texorpdfstring{Comentários}{Comentarios}}
\label{sec:comentarios}


Seu plano A é interessante, mas podia ser um pouco mais geral. O fotoperíodo é um dado importante  não apenas para mamíferos, mas também para insetos (e provavelmente todos os grupos animais, em maior ou menor grau) e incrivelmente importante para as plantas! Logo uma função de cálculo de fotoperíodo tem o potencial de ser muito útil.

Mas, porque se limitar a dados entre 1998 e 2004 e apenas duas localidades? E porque calcular as médias a cada três dias?

Minha primeira sugestão é deixar a função mais geral. Permita que o usuário diga o intervalo de tempo para o qual ele quer as médias e os intervalos de tempo para fazer as comparações. Ele pode querer comparar um ano com o outro, ou um semestre com o outro. A função também deveria aceitar mais de uma localidade.

Apenas seria bom deixar um pouco mais claro qual será o procedimento de comparação entre conjuntos de fotoperíodos. Você quer mostrar diferenças entre médias? DIferenças entre medianas? Vai fazer um teste estatístico? Qual teste?
\_\_\emph{Danilo}

Concordo com o Danilo, sobre tornar a proposta A mais geral.  --- \emph{\href{mailto:adalardo@usp.br}{Alexandre Adalardo de Oliveira} 2013/03/24 11:43}

Olá Danilo e Alê, fiz algumas alterações no texto para a proposta A ficar mais geral, e algumas das considerações do Danilo foram repensadadoss para a criação da função. Os testes estatísticos serão inseridos na função para comparação entre as médias dos dias, meses e anos, e entre localidades. Teste t será realizado para diferenças entre as médias. Obrigada pela ajuda.  --- \emph{\href{mailto:daniabras@usp.br}{Daniela Rodrigues Abras} 2013/04/22 17:37}

\subsection{\texorpdfstring{Código da Função}{Codigo da Funao}}
\label{sec:codigo_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

photoperiod<-function(fp, Y, L)
{
#ABRIR TABELA/DATA SET COM OS DADOS
fp<-read.csv("fp.csv", header=T, sep=";", dec=".")
#ALTERAR A COLUNA DE SUNSET E SUNRISE PARA FATOR HORA 
fp$Sunrise<-as.POSIXct(fp$Sunrise, format="%H:%M")
fp$Sunset<-as.POSIXct(fp$Sunset, format="%H:%M")

#CALCULO DO FOTOPERÍODO EM CADA DIA DO ANO, SUBTRAI SUNSET - SUNRISE. 

fp$Fotop<-c(fp$Sunset-fp$Sunrise) #INSERIR RESULTADOS NA COLUNA PHOTOP DO DATA SET

#ESCOLHER O ANO
fpSet<- subset(fp, Ano=="Y", Local=="L")

#REALIZAR MÉDIA MENSAL 

meanmes<- aggregate(fpSet$Fotop,list(fpSet$Mes, fpSet$Ano), mean)
meanlocal<-aggregate(fpSet$Fotop,list(fpSet$Mes, fpSet$Ano, fpSet$Local), mean)

#REALIZAR TESTE T PARA DIFERENÇAS ENTRE AS MÉDIAS MENSAIS

t.test.mes<-t.test(meanmes$x)
return(t.test.mes)

#REALIZAR TESTE T PARA DIFERENÇAS ENTRE AS MÉDIAS MENSAIS DAS DIFERENTES LOCALIDADES

t.test.local<-t.test(meanlocal$x)
return(t.test.local)


#ABRIR JANELA DE PLOT
X11()

#PLOTAR A CURVA DE CADA ANO

plot(Fotop~Dia.Juliano, fpSet)

}

\end{lstlisting}



\subsection{\texorpdfstring{Help da Função}{Help da Funao}}
\label{sec:help_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

photoperiod              package:nenhum              R Documentation

Valores da flutuação de fotoperíodo em um ano, em diferentes localidades.

Description:

Calcula valores de fotoperíodo a partir dos horários de nascer e por do sol (uma vez que esta é a forma em que estes dados estão disponíveis em websites) selecionando um ano, em uma ou mais localidades. 

Realiza diferenças entre as médias de meses e entre as localidades e plota gráficos de flutuações ao longo do ano.

Usage:

Photoperiodfunction(fp, Y, L)
Arguments:

fp: um data frame, com as seguintes informações, dispostas em colunas( Mes, Dia, Dia.Juliano, Ano, Sunset, Sunrise, Local)
Y: fator ano selecionado para realizar a função, 
L: fator local desejado para realizar a função

Details:

Os dados devem estar organizados em tabelas de dias, meses, anos e localidade, organizadas em colunas corridas.
A função aceita o formato de hora como "%H:%M", de acordo com a classe Class "POSIXlct"
H:Hora, de 1-23
M:Minutos, de 1-60

Value:
A partir das médias mensais e por localidades, será realizado o teste t 
Um plot com a flutuação dos valores ao longo do ano:
x-axis: dia juliano 
y-axis: valores de fotoperíodo
Warning:

O resultado da subtração entre o por e o nascer do sol (fotoperíodo) será em forma numérica de decimais, com o número de horas e os minutos em partes/60. 
Para plotar a flutuação do fotoperíodo ao longo do ano, é necessário que os dias estejam alinhados com seus correspondentes em dias julianos (dia 1 a 365 ou 366, dependendo se o ano é bissexto).
Author(s):

Daniela Rodrigues Abras
daniabras@usp.br

References:
Heldmaier, G.; Steinlechner, S.; Ruf, T.; Wiesinger, H.; Klingenspor, M. 1989. Photoperiod and thermoregulation in vertebrates: Body temperature rhythms and thermogenic acclimation. J. Biol. Rhythms, 4: 251-265

See Also:

DateTimeClass, as.POSIXct, data.frame, subset, plot


Examples:

## Lê o arquivo com dados de duas localidades 
fp<-read.csv("fp.csv", header=T, sep=";", dec=".")
photoperiod(fp, 1998, SG)
photoperiod(fp, 1999, Abrolhos)	

\end{lstlisting}



\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/daniabras/fp.csv}{fp.csv}

\end{document}
