\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Minhas propostas}{Minhas propostas}}
\label{sec:minhas_propostas}


\textbf{PROPOSTA A:}
ANÁLISE DE CLOROFILA \emph{A} EM AMOSTRAS DE SEDIMENTO MARINHO CONSERVADAS EM FREEZER\\
\\
Estudos sobre a macrofauna bentônica que habita sedimentos marinhos (organismos entre 0,5 mm e 5 cm) comumente relacionam a abundância, riqueza e diversidade desses organismos com algumas características do sedimento.\\
A quantidade de clorofila \emph{a} é um dos parâmetros que podem caracterizar o sedimento e que reflete a quantidade de alimento de origem vegetal disponível para a macrofauna bentônica.\\
Após a coleta do sedimento para caracterização do mesmo, as amostras para quantificação de clorofila \emph{a} são congeladas para cessar a produção desse fitopigmento.\\
Não há um consenso sobre o tempo que essas amostras podem ficar armazenadas de maneira que não comprometam significativamente o real valor de clorofila \emph{a} do local amostrado. Há trabalhos que falam em 1 semana e outros que falam em até 1 ano.\\
\\
\textbf{Tarefa:} Criar uma função que represente a degradação da clorofila \emph{a} em amostras conservadas em freezer a partir de dados de um experimento em que duas amostras foram divididas em subamostras e uma subamostra de cada amostra foi analisada após determinado tempo de conservação: 24h, 7 dias, 1 mês, 2 meses e 6 meses.\\
A ideia é que esta função sirva para estimar o valor real da quantidade de clorofila \emph{a} a partir do tempo entre a coleta e a análise.\\
\\
\\
\textbf{PROPOSTA B:}
COMPARAÇÃO ENTRE DIFERENTES ESTAÇÕES DE COLETA QUANTO À ABUNDÂNCIA, RIQUEZA E DIVERSIDADE DA MACROFAUNA BENTÔNICA\\
\\
Estudos sobre a macrofauna bentônica que habita sedimentos marinhos geralmente trabalham com tréplicas, ou seja, em cada estação de coleta, o amostrador é lançado/colocado 3 vezes.\\
\\
\textbf{Tarefa:} Criar uma função que permita diferenciar uma estação de coleta da outra quanto aos parâmetros abundância, riqueza e diversidade de determinado táxon através da entrada de valores de número de indivíduos e número de espécies de cada réplica de cada estação.\\

\subsection{\texorpdfstring{Comentários das propostas (Leo)}{Comentarios das propostas Leo}}
\label{sec:comentarios_das_propostas_leo}


As duas propostas parecem factíveis e úteis. Entretanto, ficaram algumas dúvidas. Uma delas é quais as entradas e saídas de cada função? Sugiro tentar quebrar a tarefa principal em pequenas tarefas mais simples, por exemplo, existe alguma fórmula para calcular a clorofila a partir de outros parâmetros? Os tempos devem ser padronizados em alguma unidade comum (horas, dias)? Como será a avaliação do decaimento? Serão ajustadas funções aos dados em função do tempo (negativa exponencial, taxa de risco, meia-normal, uniforme) e estas funções comparadas por algum critério? Será feito algum gráfico de clorofila em função do tempo?Acho importante definir melhor estes pontos para você perceber melhor qual o tamanho da tarefa da proposta. Você pode aumentar a complexidade da função à medida que for avançando. Mas tome cuidado para não ficar trivial demais.

A proposta B não ficou muito clara para mim. Como as amostras serão diferenciadas? Algum teste, gráfico, índice?

\subsection{\texorpdfstring{HELP DA FUNÇÃO}{HELP DA FUNAO}}
\label{sec:help_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}


clo.real                package:unknown                R Documentation


Valor real da quantidade de clorofila a no sedimento


Description:
	Calcular a quantidade de clorofila a contida em uma amostra de sedimento que foi armazenada em freezer durante alguns dias entre a coleta e a análise.
	
	Estimar o valor real da quantidade de clorofila a, uma vez que o armazenamento em freezer não evita um decaimento na quantidade de clorofila a.


Usage:
	clo.real(sut,L665,L750,L665a,L750a,c,succ,sscc,nst,nrep,dias,retorno)


Arguments:
	sut: vetor numérico com valores do sedimento úmido colocado em tubo de ensaio para extração da clorofila a de cada amostra.
	
	L665: vetor numérico com valores da leitura do espectrofotômetro para comprimento de onda 665 nm do extrato de clorofila a de cada amostra.
	
	L750: vetor numérico com valores da leitura do espectrofotômetro para comprimento de onda 750 nm do extrato de clorofila a de cada amostra.
	
	L665a: vetor numérico com valores da leitura do espectrofotômetro para comprimento de onda 665 nm do extrato de clorofila a acidificado de cada amostra.
	
	L750a: vetor numérico com valores da leitura do espectrofotômetro para comprimento de onda 750 nm do extrato de clorofila a acidificado de cada amostra.
	
	c: vetor numérico com as massas dos cadinhos utilizados para medir a massa do sedimento de cada amostra.
	
	succ: vetor numérico com as massas dos sedimentos úmidos de cada amostra somadas a dos seus respectivos cadinhos .
	
	sscc: vetor numérico com as massas dos sedimentos secos de cada amostra somadas a dos seus respectivos cadinhos.
	
	nst: número de estações de coleta do desenho amostral da área de estudo.
	
	nrep: número de réplicas de uma estação de coleta.
	
	dias: número de dias que o sedimento ficou armazenado no freezer entre a coleta e a análise (realizada segundo Lorenzen (1967)).

	retorno: tipo de retorno da função; pode ser "tab" para retornar um data frame ou "graf" para retornar um gráfico que será salvo no diretório de trabalho com o nome clo.real.
	

Details:
	Todos os vetores devem estar organizados seguindo a lógica de todas as amostras de cada estação (réplicas) estarem na mesma sequencia.

	Esta função só pode ser aplicada para experimentos que utilizam a metodologia proposta por Lorenzen (1967) e quando são utilizadas duas alíquotas de uma réplica durante a análise: uma de aproximadamente 2g para ser cololocada em tubo de ensaio para extrair a clorofila a e outra (também de aproximadamente 2 g) para ser colocada em cadinho para cálculo do sedimento úmido e do seco.
	
	A equação de estimativa do valor real de clorofila que está dentro da função foi determinada a partir da equação de decaimento originária do ajuste de uma regressão linear a um gráfico de dispersão da quantidade de clorofila a por tempo de armazenamento no freezer. Os dados desse gráfico de dispersão foram obtidos a partir de um experimento que estou desenvolvendo ao longo do meu mestrado.


Value:
	Retorna um data frame com 3 colunas: número da estação de coleta, média da clorofila a amostrada (média das réplicas de cada estação) e estimativa da clorofila a real da estação.
	ou
	Retorna um gráfico (salvo do diretório de trabalho no formato jpg) com a clorofila a estimada para cada estação.

Warning:
	A equação de estimativa do valor real de clorofila a será melhorada com experimentos posteriores, mas serve para compor a ideia geral da função.	


Author(s):
	Michele Quesada da Silva
	michele.quesada.silva@usp.br


References:
	Lorenzen G, (1967) Determination of chlorophyll and phaeopigments: spectrophotometric equations. Limnol. Oceanogr. 12, 343-346.


Examples:
	nst<- 2
	nrep<- 4
	dias<- 180
	sut<- c(2.4562,2.3454,2.3995,2.8145,2.0974,2.4931,2.0583,2.1978)
	L665<- c(0.123,0.156,0.156,0.159,0.032,0.059,0.041,0.038)
	L750<- c(0.010,0.024,0.010,0.015,0.002,0.014,0.002,0.006)
	L665a<- c(0.112,0.141,0.140,0.146,0.031,0.058,0.040,0.038)
	L750a<- c(0.013,0.028,0.015,0.021,0.002,0.018,0.003,0.007)
	c<- c(24.9215,22.7545,25.6533,23.8399,22.3056,24.8314,25.1594,22.8630)
	succ<- c(27.2988,25.1012,28.0753,26.0071,24.5138,26.9614,27.3674,25.0121)
	sscc<- c(25.8036,23.6383,26.5540,24.6715,23.1550,25.6186,25.8442,23.5742)
	clo.real(sut,L665,L750,L665a,L750a,c,succ,sscc,nst,nrep,dias,"tab")
	clo.real(sut,L665,L750,L665a,L750a,c,succ,sscc,nst,nrep,dias,"graf")

\end{lstlisting}



\subsection{\texorpdfstring{MINHA FUNÇÃO}{MINHA FUNAO}}
\label{sec:minha_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}


clo.real<-function(sut,L665,L750,L665a,L750a,c,succ,sscc,nst,nrep,dias,retorno)
{
  # CALCULO DA QUANTIDADE DE CLOROFILA A DE CADA AMOSTRA APOS ARMAZENAMENTO (EQUACAO DE LORENZEN (1967))
  v.ac=5
  porc.ag<- ((succ-sscc)*100)/(succ-c)
  v.ag<- (sut*porc.ag)/100
  clo.amostra<- (26.73*((L665-L750)-(L665a-L750a))*(v.ag+v.ac))/(sscc-c)
  
  # OS VALORES DE CLOROFILA A SERAO ORGANIZADOS EM UMA MATRIZ PARA FACILITAR O CALCULO DAS MEDIAS DE CADA ESTACAO. AS COLUNAS SAO AS ESTACOES E AS LINHAS SAO AS REPLICAS DE CADA ESTACAO
  clo.amostra.matr<-matrix(clo.amostra,nrep,nst)
  clo.mean<- apply(clo.amostra.matr,2,mean,na.rm=TRUE)
  
  # ESTIMATIVA DO VALOR REAL DE CLOROFILA A DE CADA ESTACAO A PARTIR DA EQUACAO QUE CRIEI (VER HELP DA FUNCAO PARA SABER DETALHES DESSA EQUACAO)
  clo.real<- clo.mean + 0.02973938*dias
  
  # VETOR COM ESTACOES PARA COMPOR DATA FRAME E EIXO X DO GRAFICO
  estacao<- seq(1:nst)
  
      
  # RETURN TABELA OU GRAFICO 
  if(retorno=="tab")
  {
    resultado<- data.frame(estacao,clo.mean,clo.real)
    names(resultado)<- c("estação","média da clorofila a amostrada (µg/g ss)","estimativa da clorofila a real (µg/g ss)")
  }
  if(retorno=="graf")
  {
    jpeg(filename="clo.real%02d.jpg")
    par(mfrow=c(1,1))
    resultado<- plot(clo.real~estacao,xlab="estações",ylab="estimativa da clorofila a real (µg/g ss)",bty="l",cex=2.5,xaxt="n")
    axis(1, at=1:nst)
    dev.off()
    cat("Salvo no seu diretorio de trabalho um gráfico nomeado clo.real.")
  }
  return (resultado)
}

\end{lstlisting}



\subsection{\texorpdfstring{ARQUIVOS DA FUNÇÃO}{ARQUIVOS DA FUNAO}}
\label{sec:arquivos_da_funao}


Código da função:\\
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/michele.quesada.silva/clo.real.r}{clo.real.r}\\

Passo a passo das 3 tarefas realizadas para concluir a função e os arquivos necessários para testá-las:\\
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/michele.quesada.silva/clo.real.tarefas.r}{clo.real.tarefas.r}\\
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/michele.quesada.silva/teste.txt}{teste.txt}\\
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/michele.quesada.silva/clo1.data.txt}{clo1.data.txt}

\end{document}
