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\section{\texorpdfstring{Rafaella Sávia Monteiro}{Rafaella Savia Monteiro}}
\label{sec:rafaella_savia_monteiro}


Mestranda em Biologia (Genética), Departamento de Genética e Biologia Evolutiva da USP

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PROJETO DE MESTRADO: isolar e genotipar microssatélites de ararinha-azul (Cyanopsitta spixii), uma ave endêmica do nordeste brasileiro e considerada extinta na natureza. Espera-se identificar os indivíduos com menor similaridade genética para indicar melhores pares reprodutivos em cativeiro, evitando o efeito da endogamia e a perda de diversidade genética.

PLANO A

Objetivo: Criar uma função que escolha os melhores casais reprodutivos ao cruzar os dados, tendo em vista, o maior índice de heterozigose (menor compartilhamento de alelos) com a menor similaridade genética, e, preferencialmente em indivíduos presentes no mesmo local (cativeiro) e com registros de sucesso reprodutivo! 
Justificativa: psitacídeos em geral apresentam comportamento de forte preferência individual por parceiros e há aves fisicamente impossibilitadas de se reproduzir, o que nem sempre permite estabelecer os melhores pareamentos genéticos. Além disso, o Instituto Chico Mendes de conservação da biodiversidade (ICMBio)  escolhe os pareamentos que serão realizados de acordo não somente com os dados genéticos, mas também seguindo recomendações clínicas e comportamentais. Essa função será útil para outros aconselhamentos de reproduções em cativeiro!
Metodologia: os dados de similaridade simples e índice r serão retirados do programa Relatedness em forma de matriz; outra matriz deve ser feita para identificar casais que tiveram ou não filhotes ou que não foram testados, e ainda dados sobre presença ou não no mesmo cativeiro e se está em condições ou não de se reproduzir! 

PLANO B

Fazer uma função para identificar microssatélites em uma sequencia compactada no software R. Utilizar o pacote “adegenet” que compacta os dados de sequencia de DNA, reduzindo o espaço ocupado na memória RAM. Existem funções para identificar SNPs, mas não sei se há para identificar microssatélites, que são regiões com repetições em tandem.

\subsection{\texorpdfstring{Comentários da proposta (Leo)}{Comentarios da proposta Leo}}
\label{sec:comentarios_da_proposta_leo}


As duas propostas soam interessante. A primeira poderia ser simplificada inicialmente, por exemplo, comparando somente duas matrizes (uma de similaridade genética e outra de distância entre os indivíduos). Você poderia tentar fazer, por exemplo, uma função que te retorne pareamentos preferenciais baseados na menor distância e menor similaridade genética entre o casal. Enfim, sugiro simplificar um pouco para a proposta final, e depois você pode ir adicionando complexidade (mais matrizes) e critérios/variáveis para entrar na escolha dos parceiros.

A segunda proposta também parece factível e útil. Entretanto, deves definir melhor quais são as tarefas que ela executará e como. O objetivo das duas está claro, mas falta definir claramente as entradas e saídas das duas funções para que você avalie qual o tamanho do desafio. Este desafio deve caber no prazo estipulado para entrega da avaliação.



\subsection{\texorpdfstring{Trabalho final}{Trabalho final}}
\label{sec:trabalho_final}


\#\# Funcao bestcouple \#\#
\#\#Rafaella Savia Monteiro\#\#

bestcouple $\leftarrow$ function(reproductive.sucess, genetic.similarity, same.captive)
\begin{verbatim}
                                  {
\end{verbatim}


reproductive.sucess==1$\rightarrow$ first

reproductive.sucess== 0 \& genetic.similarity $\Leftarrow$ 0.350 $\rightarrow$second

reproductive.sucess== 0 \& genetic.similarity \textgreater 0.350 \& same.captive==,,TRUE"$\rightarrow$ third

reproductive.sucess== 0 \& genetic.similarity \textgreater 0.350 \& same.captive==,,FALSE"$\rightarrow$ forth

reproductive.sucess== -1$\rightarrow$ last 

position1$\leftarrow$ which (first)

position2$\leftarrow$ which (second)

position3$\leftarrow$ which (third)

position4$\leftarrow$ which (forth)

position5$\leftarrow$ which (last)

ranking$\leftarrow$ c (position1, position2, position3, position4, position5)

return (ranking)
\begin{verbatim}
		}
\end{verbatim}


\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/rafaellasavia/reproductive.sucess.txt}{exemplo sucesso}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/rafaellasavia/genetic.similarity.txt}{exemplo similaridade}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/rafaellasavia/same.captive.txt}{exemplo cativeiro}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/rafaellasavia/bestcouplefinal.r}{Codigo funcao}
\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/rafaellasavia/help_best_couple.r}{Help funcao bestcouple}

\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



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