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\author{}
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\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/fred/3x4}


\section{\texorpdfstring{Carlos Frederico Alves de Vasconcelos Neto}{Carlos Frederico Alves de Vasconcelos Neto}}
\label{sec:carlos_frederico_alves_de_vasconcelos_neto}


Mestrando em Ecologia pela Universidade de São Paulo

Laboratório de Estudos Evolutivos e Humanos (LEEH) 

Projeto: Mosaicos Paisagísticos - A Influência de Diferentes Fitofisionomias na Atividade de Caça em Terras Indígenas Baniwa no Médio e Baixo Rio Negro, Amazônia, Brasil.

Email: \href{mailto:fred@usp.br}{fred@usp.br}

Lattes: \url{http://lattes.cnpq.br/1360671977816909}

\subsection{\texorpdfstring{Exercicios}{Exercicios}}
\label{sec:exercicios}




\subsection{\texorpdfstring{Trabalho Final}{Trabalho Final}}
\label{sec:trabalho_final}


\subsubsection{\texorpdfstring{Plano A}{Plano A}}
\label{sec:plano_a}


Quero confrontar duas variáveis (,,Valor de Uso" e km). A o índice do Valor de Uso (VU) é um índice proposto por Phillips e Gentry (1991) que tem como intuito quantificar a importância que determinadas espécies possuem, na visão das pessoas. Ele é medido a partir da formula:
\begin{verbatim}
                                       VU = ∑ Ui/n
\end{verbatim}


Onde: VU = valor de uso; Ui = número de citações de uso da espécie mencionada por cada informante; n = número total de informantes.

Em vários artigos sobre atividade de caça em florestas tropicais os autores ressaltam que os caçadores tem preferência por espécies de médio e grande porte, pois, dão maior retorno quanto ao esforço de caçada. Mas ao mesmo tempo, percorrem longos quilômetros para abatê-las.

Estou partindo do pressuposto que quanto maior a espécie, mais importante ela será para os caçadores e consequentemente maior será o valor de uso. Ou seja, se isso for verdade, teremos um crescimento exponencial no gráfico.

Hipótese Nula: Entretanto, eu creio que isso não ocorra e que a atividade de caça ocorre de modo aleatório e oportunístico na grande maioria dos casos. Ou seja, eles vão abater espécies que servem de alimento de forma aleatória (matam o que veem pela frente) e deste modo o VU  e o tamanho não terão relação alguma.

\subsubsection{\texorpdfstring{Plano B - CONCLUÍDO}{Plano B  CONCLUIDO}}
\label{sec:plano_b__concluido}


Criar um índice de prioridade de conservação. Onde este índice será calculado a partir de um protocolo pré-estabelecido de entrevistas e dados de biomassa animal extraída do ambiente. A os dados necessários para o cálculo deverão estar em um data.frame, no formato do modelo contido no HELP da função. A função retornará uma coluna no data.frame chamada IPC, que será o resultado do cálculo realizado e um gráfico dos resultados da razão entre ($IPC~$Biomassa) e  ($IPC~$Usos).

Prioridade de conservação será o valor obtido através do protocolo de entrevistas, tendo como valor máximo 100.

A prioridade de conservação é calculada da seguinte forma:
\begin{verbatim}
                             PC = 0,5 (EB) + 0,5 (RU)
                         onde EB = A x 10 e RU = (U) x 10
\end{verbatim}


O Índice proposto será calculado através da fórmula:
\begin{verbatim}
                      IPC = (PC*0,5) + ((0,5*log(Biomassa))*10)
\end{verbatim}


PC = Prioridade de Conservação;
EB = escore biológico;
RU = risco de utilização;
A = abundância da espécie segundo a percepção local
U é a importância local (L);

\centering\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/fred/ipc}


Neste caso, seriam criados duas funções. Primeiro a função que calculasse a prioridade de conservação da espécie e depois a função que faria o cálculo para o novo índice.

Para reduzir a diferença entre a biomassa com relação as espécies de pequeno, médio e grande porte, aplicou-se a função log() nos valores. O novo índice é calculado a a partir da razão entre o log() da Biomassa e os valores da coluna PC.

\subsubsection{\texorpdfstring{Comentários das Propostas}{Comentarios das Propostas}}
\label{sec:comentarios_das_propostas}


Carlos, achei o plano A interessante, mas me parece que a parte mais importante é o teste da hipótese nula, que no final das contas é feito chamando alguma função estilo lm() ou glm().

Já o plano B é mais legal pois exige um pouco mais de processamento. Se você seguir com esse plano, seja cuidadoso na hora de escrever o HELP para que fique bem claro para o usuário o formato em que os dados devem ser passados para a função.
----\emph{\href{mailto:danilomuniz@usp.br}{ Danilo G. Muniz}}

\paragraph{\texorpdfstring{Mais Comentários}{Mais Comentarios}}
\label{sec:mais_comentarios}


Concordo parcialmente com o Danilo. A primeira proposta é bem específica e seria focada no teste de hipótese que me parece um código simples e específico que não merece uma função. Conversei com vc. em aula e indiquei que queríamos algo mais geral, não pode ser um teste de específico. Veja as indicações que colocamos no wiki de como deve ser a proposta \url{http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:start\#a_proposta}.

A segunda parece mais adequada a uma função, apesar de trivial (o cálculo envolvido e o código é muito simples). Me preocupa a questão de ,,criar" o índice. Parece algo trivial, mas deve ter a preocupação de validar o índice para ver se realmente ele tem propriedades matemáticas adequadas e indica exatamente aquilo que deseja. Isso não é uma coisa muito trivial. Isso é por sua conta!  

\subsubsection{\texorpdfstring{Página de Ajuda/HELP}{Pagina de AjudaHELP}}
\label{sec:pagina_de_ajudahelp}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

IPC                package:unknown                R Documentation

Índice de Prioridade de Conservação

Description:

     O Índice de Prioridade de Conservação correlaciona dados a respeito do uso e abundância da fauna, com a quantidade total de biomassa extraída. O índice retorna valores que vão de 0 a 100, indicando quais espécies estão sofrendo mais pressão de uso.

Usage:

    IPC(dados)

Arguments:

    dados		data.frame. Objeto contendo os dados de acordo com o modelo fornecido.

Details:

    As colunas devem ser escritas exatamente como mostra o modelo abaixo. As colunas “Usos" e “Abundancia" só recebem os valores (1, 4, 7, 10), de acordo com o protocolo de entrevistas.

Value:

     IPC retorna um data.frame com os seguintes componentes nas colunas: 

  Especies: Nome das espécies citadas pelos entrevistados

  Biomassa: Biomassa total extraída da espécie

  Usos: Valor da intensidade de uso da espécie

  Abundancia: Valor de abundância da espécie
  
  IPC: Valor do Índice de Prioridade de Conservação (IPC) para a espécie

Warning:

     Para que a função calcule o IPC corretamente, é fundamental que a estrutura do data.frame esteja de acordo com o modelo proposto. Caso algum dos valores das colunas "Usos" e "Abundancia" estejam incorretos, a função irá parar!

Author(s):

     Carlos Frederico Alves de Vasconcelos Neto
      
      fred@usp.br
      biologo.fredd@gmail.com

References:

Fa, J. E., Ryan, S. F., & Bell, D. J. (2005). Hunting vulnerability, ecological characteristics and harvest rates of bushmeat species in afrotropical forests. Biological Conservation, 121(2), 167-176.
 
Fa, J. E., Peres, C. a., & Meeuwig, J. (2002). Bushmeat Exploitation in Tropical Forests: an Intercontinental Comparison. Conservation Biology, 16(1), 232-237.

Robinson, J. G., & Bennett, E. L. (2004). Having your wildlife and eating it too: an analysis of hunting sustainability across tropical ecosystems. Animal Conservation, 7(4), 397-408.

Oliveira, R.L.C., Lins-Neto, E.M.F., Araújo, E.L., Albuquerque, U.P. (2007) Conservation priorities and population structure of woody medicinal plants in an area of caatinga vegetation (Pernambuco State, NE Brazil). Environ Monit Assess 132(1-3):189-206.

Examples:

    Modelo de Tabela:

 |Especie|       |Biomassa|             |Usos|          |Abundancia|
    sp1     Biomassa.total.da.sp1     Usos.da.sp1     Abundancia.da.sp1
    sp2     Biomassa.total.da.sp2     Usos.da.sp2     Abundancia.da.sp2
    sp3     Biomassa.total.da.sp3     Usos.da.sp3     Abundancia.da.sp3
    sp4     Biomassa.total.da.sp4     Usos.da.sp4     Abundancia.da.sp4
    sp5     Biomassa.total.da.sp5     Usos.da.sp5     Abundancia.da.sp5
   
\end{lstlisting}



\subsubsection{\texorpdfstring{Código da Função}{Codigo da Funao}}
\label{sec:codigo_da_funao}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

##Função IPC - Trabalho Final

IPC<- function(dados, header=T, sep="", dec="") # Cria a função IPC com os argumentos (dados, header=T, sep="", dec="")

{
  if(any(dados$Usos!=1 && dados$Usos!=4 && dados$Usos!=7 && dados$Usos!=10)) #Se algum valor da coluna Usos for diferente de "1", "4", "7" ou "10" a função para!
  {
    stop("Algum valor da coluna Usos está incorreto")
  }
  
  RU<- (dados$Usos)*10 #Multiplica os valores da coluna Usos por 10  
  if(any(dados$Abundancia!=1 && dados$Abundancia!=4 && dados$Abundancia!=7 && dados$Abundancia!=10)) #Se algum valor da coluna Abundancia for diferente de "1", "4", "7" ou "10" a função para!
  
  {
    stop("Algum valor da coluna Abundancia está incorreto")
  }
  
  EB<- (dados$Abundancia)*10 #Multiplica os valores da coluna Abundancia por 10
  
  PC<- (RU + EB)/2 #Calcula a prioridade de conservação da espécie, que é o somatório de (RU + EB)/2
  
  IPC<- (PC/2)+(0.5*log(dados$Biomassa)*10) #Calcula o novo Índice a partir da razão entre PC e o log da Biomassa multiplicado por 10.
  
  dados$PC<- round(PC,2) #Arredonda os valores da coluna PC em duas casas após a virgula
  
  dados$IPC<- round(IPC,2) #Arredonda os valores da coluna IPC em duas casas após a virgula
  
  resultado<- dados #Atribui as alterações do objeto dados ao objeto resultado
  
  x11() #Abre uma janela gráfica
  
  par(mfrow=c(1,2)) #Muda o parâmetro da janela gráfica para duas colunas
  
  boxplot(dados$IPC~dados$Usos, xlab="Usos", ylab="IPC") #Cria um gráfico boxplot para a razão entre IPC e Usos. Altera as legendas do eixo "x" e "y".
  
  plot(dados$IPC~dados$Biomassa, xlab="Biomassa", ylab="IPC") #Cria um gráfico da razão entre IPC e Biomassa. Altera as legendas do eixo "x" e "y".
  
  return(resultado) #Retorna o objeto resultado
}
\end{lstlisting}



\end{document}
