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\section{\texorpdfstring{Geissianny Bessão de Assis}{Geissianny Bessao de Assis}}
\label{sec:geissianny_bessao_de_assis}


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Bióloga, doutoranda em Botânica (Escola Nacional de Botânica Tropical, ENBT/JBRJ)

geissianny@gmail.com

Tese: “Invasão do campo cerrado por braquiária (\emph{Urochloa decumbens}): perdas de diversidade e técnicas de restauração”

Orientador(as): Dra. Marinez F. de Siqueira e Dra. Giselda Durigan

\subsection{\texorpdfstring{Meus exercícios}{Meus exercicios}}
\label{sec:meus_exercicios}




\subsection{\texorpdfstring{Trabalho Final}{Trabalho Final}}
\label{sec:trabalho_final}


\subsubsection{\texorpdfstring{Plano A}{Plano A}}
\label{sec:plano_a}


Função coloniza()

A avaliação da densidade e riqueza de espécies em regeneração natural tem se mostrado um importante indicador do sucesso das ações de restauração de ecossistemas.  As espécies em regeneração natural podem ser tanto oriundas das espécies que foram introduzidas inicialmente (no caso de restauração por plantio de mudas), como também ser resultado da chegada e estabelecimento de propágulos por meio de agentes dispersores. 

A proposta inicial seria construir uma função para analisar a origem das espécies em regeneração natural nos plantios de restauração e ao mesmo tempo analisar se as espécies plantadas têm contribuído para a comunidade vegetal futura, deixando ou não descendentes. 

A entrada de dados seria uma planilha ou data.frame com as espécies presentes em uma área em restauração com a diferenciação se foi introduzida inicialmente (espécie plantada) ou se foi amostrada em regeneração natural (espécie regenerante). A saída seria uma matriz com as interações entre as categorias e o número de espécies partilhadas em cada interação. 
As categorias seriam: espécies plantadas, espécies plantadas em regeneração, espécies plantadas sem regenerantes, espécies não plantadas em regeneração (espécies imigrantes dos fragmentos fonte). Também poderiam ser incluídas as espécies presentes nos fragmentos fonte e que não chegam aos plantios.
A partir dessa matriz espero construir um “diagrama de Venn” (usando o pacote VennDiagram) para ilustrar origem das espécies que colonizam essas florestas em restauração.

\subsubsection{\texorpdfstring{Plano B}{Plano B}}
\label{sec:plano_b}


Criar uma função para comparação de comunidades a partir de variáveis resposta como riqueza, densidade, cobertura (e/ou outras) em função de variáveis explanatórias. A função é como uma análise exploratória para detectar diferenças entre comunidades.
A entrada de dados seria um data.frame e a saída seriam tabelas com a comparação de médias e gráficos de boxplot  entre os locais para cada variável.

No meu caso, a comparação será de comunidades com e sem a presença de espécies invasoras, com o intuito de avaliar o impacto da invasão sobre esses atributos da comunidade vegetal. 

Oi Geissiany,\\
\\
Se entendi bem sua proposta A, a matriz de saída seria uma tabela de contingência, certo? Será que você não está propondo exatamente o que a função table() faz? Me parece que essa proposta está muito simples, pois você basicamente chamaria as funções table() e venn.diagram(). Tente pensar maneiras de elaborar um pouco mais essa proposta.\\
\\
A proposta B não ficou muito clara. Vai ajudar se você detalhar o que o data frame de entrada vai conter. Não ficou claro como você vai comparar as variáveis resposta em função das explanatórias entre as comunidades. Também não entendi o que você iria plotar nos gráficos boxplot. Tente explicar melhor essa proposta para podermos avaliá-la.
----\emph{\href{mailto:deboraycb@gmail.com}{ Débora}}

Geissiany, veja na páginaTrabalho final um modelo sobre como postar suas propostas. 
A função A é bastante simplista. pra melhorar ela vc precisa pensar em o que faria com os dados obtidos a partir do table(). Sua função B vai basicamente plotar os valores diferentes das variáveis preditoras para cada comunidade? Ela me parece muito semelhante à função de análise exploratória que fizemos em sala, só que para várias variáveis ao mesmo tempo, é isso?
----\emph{\href{mailto:vrios@usp.br}{ Vitor}}

Uma possibilidade é incluir o diagrama de Venn como uma saída síntese de dados, mas mesmo assim deve colocar a função em um contexto mais amplo. Note que vc. tem algumas categorias de dados de contagem que não precisam ser descritos como dados de ,,regeneração". Veja o link sugerido pelo Vitor e reestruture o plano A e nos avise para avaliarmos novamente.

 --- \emph{\href{mailto:aleadalardo@gmail.com}{Alexandre Adalardo de Oliveira} 2014/04/25 18:56}

\paragraph{\texorpdfstring{Resposta às sugestões:}{Resposta as sugestoes}}
\label{sec:resposta_as_sugestoes}


Estou trabalhando para melhorar as propostas, mas acho que estou caminhando para um plano C. Postarei o mais rápido possível!
Débora, Vitor e Alexandre, obrigada pelas observações e sugestões.

\end{document}
