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\section{\texorpdfstring{Pietro Pollo}{Pietro Pollo}}
\label{sec:pietro_pollo}


\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/pietro_pollo/12765539_1285294334833599_1760283636_o_2_}


Mestrando pelo Programa de Pós-Graduação em Zoologia do IB/USP. Minha tese intitula-se ,,Escolha de parceiros por machos em \emph{Nephila clavipes}".

\href{http://eduardosantos-lab.weebly.com/}{BECO Lab}

\href{http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4361620E0}{Currículo Lattes}

\textbf{Contato:} \href{mailto:pietro_pollo@hotmail.com}{pietro_pollo@hotmail.com}

\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\subsection{\texorpdfstring{Meus exercícios}{Meus exercicios}}
\label{sec:meus_exercicios}




\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\subsection{\texorpdfstring{Proposta de Trabalho Final}{Proposta de Trabalho Final}}
\label{sec:proposta_de_trabalho_final}


Oi Pietro, tudo bem?

Sou o monitor encargado de revisar suas porpostas. Meus comentarios gerais para cada proposta seguem logo embaixo dos cabeçalhos e comentarios especificos nas seções pertinentes.

Como comentarios gerais, gostei da proposta A, achei ela legal e irá ser um desafio para suas habilidades em programação. Com respeito à proposta B sugiro que procure uma proposta C alternativa, toda vez que parece que realmente não le resultava muito interessante \emph{ou} não teve tempo de chegar no ponto de detalhe da proposta A. De qualquer jeito é sempre bom ter um plano B pronto caso aconteça alguma coisa.

Seguem meus comentários específicos logo embaixo da seção respectiva e minhas sugestões no cabeçalho de cada proposta. Pode-me encontrar pelo \href{mailto:gaballench@gmail.com}{email}.

Abs, Gustavo A. Ballen

Pietro: Oi Gustavo, já havia começado a proposta A faz algumas semanas, logo estou perto de finalizá-la. Contudo, preciso de uma certa ajuda para uma parte da função. Tu vens ao IB em algum dia da semana para poder tirar a dúvida contigo?

GAB: Oi Pietro!

Vejo que já esta avançado no desenvolvimento da proposta. Então, depois dos esclarecimentos concordo em trabalhar na proposta A. Enquanto a proposta B é porque as duas propostas fazem parte da avaliação, mesmo que só uma seja apresentada como trabalho final. Veja os comentarios da Sara e lembre-se que sempre é bom ter alternativas. Vou bem pouco no IB pois meu programa é no MZ, mas amanhã estarei por lá depois das 5h no lab do prof. Quental. Se quiser passar por lá a gente fala. Se não, pode ser pelo email mesmo.

\subsubsection{\texorpdfstring{Plano A: Análise gráfica de densidade populacional com dois fatores}{Plano A Analise grafica de densidade populacional com dois fatores}}
\label{sec:plano_a_analise_grafica_de_densidade_populacional_com_dois_fatores}


A função teria como objetivo analisar a distribuição e densidade de dois fatores de organismos (\emph{e.g.}, machos e fêmeas de uma mesma espécie, dois morfotipos, duas espécies) com uma exploração gráfica a fim de verificar se existe heterogeneidade espacial. 

GAB: Acho que mais do que a densidade seria a razão entre os níveis do fator, não é?

Pietro: Sim, esse seria o objetivo principal da função: a razão entre os fatores. Porém, o usuário poderá gerar plots de cada fator se desejar, como simples mapas de densidade.

O input da função seria um data frame com três colunas: as coordenadas métricas de cada indivíduo (x e y) e o fator a qual cada indivíduo pertence. 

GAB: É boa idéia ir pensando como passar de uma tabela com informação em coordenadas para a categorização daqueles dados em ,,subconjuntos". As vezes o que parece trivial não é tão assim.

Pietro: Não sei se entendi o que tu quis dizer... Eu não tive dificuldade em criar datasets a partir do data frame original.

A saída da função seriam mapas no estilo heat map, em que um gradiente de cor representa a densidade populacional ou a razão populacional entre os dois fatores. Contudo, o usuário também terá a opção de gerar somente as matrizes contendo o número de ocorrências em cada quadrante (usadas para produzir os plots) se desejar.

O usuário também poderá escolher a escala da análise (em quantos segmentos ou quadrantes os eixos serão divididos) e se deseja o plot (ou matriz) dos dados referentes ao primeiro fator, dos dados referentes ao segundo fator ou um overlay dos dois (fator 1/fator 2).

GAB: Essa seção aqui é basicamente uma descrição dos \emph{argumentos} que irá tener sua função. Gostaria de conhecer mais detalhes sobre os mesmos. Caso contrario, é importante ir considerando este ponto.

Pietro: A princípio, os argumentos da função serão três: 

argumento \emph{w}, a escala (em quantos segmentos a range de coordenadas será dividida; número de 2 a infinito); argumento \emph{plot}, se o usuário deseja o gráfico (plot=,,y") ou a matriz em si (plot=,,n");
argumento \emph{output} que pode gerar o resultado para o fator 1 (output=1), para o fator 2 (output=2) ou o resultado da razão entre fator 1 e fator 2 (output=3). 

Um exemplo hipotético de plot gerado em que quanto mais roxo o quadrante, maior a razão fêmeas/machos e quanto mais verde-água, menor é a razão fêmeas/machos:

\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/pietro_pollo/rplot01}


Oi Pietro, acho que a proposta está bem apresentada e você já começou. Legal. Manda ver! Algo a se pensar é deixar o usuário criar mapas de distribuição para as duas espécies separadamente, sem ser a sobreposição (talvez seja isso que você escreveu lá em cima, mas não ficou claro pra mim).   
 --- \emph{\href{mailto:saramortara@gmail.com}{Sara Mortara}}

Aham, era isso que tentei dizer hehe. Vou tentar deixar mais claro na proposta revisada. --- \emph{Pietro}

\subsubsection{\texorpdfstring{Plano B: Matrizes de distância mutáveis}{Plano B Matrizes de distancia mutaveis}}
\label{sec:plano_b_matrizes_de_distancia_mutaveis}


GAB: Sugiro pensar numa outra proposta ou desenvolver radicalmente melhor esta aqui.

Pietro: Então, não entendi muito bem porque eu tenho que pensar em outra proposta se já vou fazer a proposta A... Até entendo que tu te preocupes que a A pode dar errado, mas ela já está 50\% pronta.

A função faria matrizes de distância mínima entre os indivíduos (semelhantes ao exercício 8.1) e calcularia a mudança aleatória dos pontos no tempo t+x com um índice de dispersão/locomoção dado pelo usuário (e.g., 5 m/dia). O input seria um data frame ou matriz com as coordenadas métricas de cada indivíduo. O output seria a matriz de distância mínima entre indivíduos no tempo t desejado. Contudo, teria que descobrir como fazer infinitas vezes um cálculo em cima outro cálculo previamente feito (\emph{e.g.}, matriz no tempo t=2 tem que usar a matriz de t=1 e assim por diante).

Pietro, ,,\emph{Então, não entendi muito bem porque eu tenho que pensar em outra proposta}" se chama preguiça! Entendi que a primeira toca mais seu coração e já está em desenvolvimento. Se um vírus entrar em seu computador e corromper todos os arquivos da proposta A, espero que você saiba por onde começar a B ;-)
 --- \emph{\href{mailto:saramortara@gmail.com}{Sara Mortara}}

Quanta maldade Sara! Já vi que tenho que me cuidar na Lage... LOL --- \emph{Pietro}

\subsubsection{\texorpdfstring{Plano C}{Plano C}}
\label{sec:plano_c}


A função teria como objetivo pegar dados de ocorrência a partir de um database online (e.g., \href{http://www.inaturalist.org}{iNaturalist}). O input da função seriam palavras-chave  de interesse (espécie, gênero, família), ou seja, um conjunto de caracteres. O output seria uma matriz com duas colunas (latitude e longitude), em que cada linha corresponderia a um indivíduo.

\subsubsection{\texorpdfstring{Plano A APRIMORADO}{Plano A APRIMORADO}}
\label{sec:plano_a_aprimorado}


A função teria como objetivo analisar a distribuição e densidade de dois fatores de organismos (e.g., machos e fêmeas de uma mesma espécie, dois morfotipos, duas espécies) com uma exploração gráfica a fim de verificar se existe heterogeneidade espacial, em especial a razão entre os dois fatores de organismo.

\subparagraph{\texorpdfstring{Input da função}{Input da funao}}
\label{sec:input_da_funao}


Um data frame com três colunas (as coordenadas métricas de cada indivíduo (x e y) e o fator a qual cada indivíduo pertence) 

\subparagraph{\texorpdfstring{Output da função}{Output da funao}}
\label{sec:output_da_funao}


Mapas no estilo heat map, em que um gradiente de cor representa a densidade populacional ou a razão populacional entre os dois fatores. Contudo, o usuário também terá a opção de gerar somente as matrizes contendo o número de ocorrências em cada quadrante (usadas para produzir os plots) se desejar (ver argumentos abaixo).

\subparagraph{\texorpdfstring{Argumentos da função}{Argumentos da funao}}
\label{sec:argumentos_da_funao}


1 - w (número inteiro \textgreater 2): a escala, quantos segmentos serão gerados ou o tamanho real de cada segmento (ver argumento shape).

2 - shape (,,rec";,,sqr"): a maneira que a segmentação dos dados é feita. Se shape=,,rec", a range de x e a range de y será dividida em w segmentos, isto é, a matriz final terá w linhas e w colunas. Se shape=,,sqr", w é o valor do lado de cada quadrado gerado (w=1 significa que cada segmento gerado tem 1mx1m).

Para melhor visualizar a diferença, dois resultados de mesmo w (=20), com shape=,,rec" e =,,sqr" respectivamente (atente-se às diferenças entre eixo x e y):

\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/pietro_pollo/rplotrec}

\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/pietro_pollo/rplotsqr}


3 - output (1; 2; 3): difere o retorno da função.  Se output=1, retorna o resultado para a distribuição espacial apenas dos dados de fator 1; se output=2, retorna o resultado para a distribuição espacial apenas dos dados de fator 2. Se output=3, retorna o resultado espacial da razão entre os dados de fator 1 pelos dados de fator 2.

4 - plot (,,y";,,n"): se o usuário deseja o gráfico (plot=“y”) ou a matriz em si (plot=“n”).

\subsection{\texorpdfstring{Minha função}{Minha funao}}
\label{sec:minha_funao}


\href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2016:alunos:trabalho_final:pietro_pollo:funcao_matrixmap}{.:Função matrixmap}

\end{document}
