\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\subsection{\texorpdfstring{Proposta escolhida}{Proposta escolhida}}
\label{sec:proposta_escolhida}


Frente à devolutiva do monitor responsável pela avaliação das minhas propostas, aplicabilidade da função e familiaridade com o tema, decidi prosseguir com a \textbf{Proposta A: Suficiência amostral em trabalhos com diversidade genética}. 

\paragraph{\texorpdfstring{Contextualização}{Contextualizaao}}
\label{sec:contextualizaao}


Tamanho amostral adequado é essencial em qualquer estudo empírico cujo objetivo seja fazer inferências sobre a população a partir de uma amostragem\footnote{Fonte: \url{https://en.wikipedia.org/wiki/Sample_size_determination}}. Em geral, avaliar a suficiência amostral é uma prática frequente em trabalhos de ecologia. No entanto, em outras áreas, como genética de populações, tal abordagem ainda é dificilmente incorporada às análises de dados. Alguns trabalhos tem buscado estabelecer generalizações a respeito do tamanho amostral adequado para estimativa de diversidade genética das populações (e.g. Hale \emph{et al.} 2012)\footnote{Hale ML, Burg TM, Steeves TE (2012) Sampling for Microsatellite-Based Population Genetic Studies: 25 to 30 Individuals per Population Is Enough to Accurately Estimate Allele Frequencies. PLoS ONE 7(9): e45170}. Apesar desse esforço, é sabido que essa suficiência amostral pode variar com o tipo de marcador molecular, nível de polimorfismo dos \emph{loci} e história natural das espécies. Sendo assim, a função \texttt{sample.suff} desenvolvida tem como objetivo permitir aos pesquisadores interessados em genética de populações avaliar se, dado o conjunto de \emph{loci} microssatélites genotipado, seu esforço amostral foi suficiente para inferir a diversidade genética das populações ou grupos de indivíduos diplóides sob estudo.

\paragraph{\texorpdfstring{Alterações e Justificativas}{Alteraoes e Justificativas}}
\label{sec:alteraoes_e_justificativas}


Ao longo da elaboração do trabalho final, algumas alterações foram necessárias com relação à proposta inicial.
Abaixo, encontra-se uma relação dessas alterações seguida da respectiva justificativa.\begin{longtable}{|l|l|l|}
\hline
\textbf{Proposta} & \textbf{Alteração} & \textbf{Justificativa} \\ 
\hline
 
Incluir riqueza de alelos privados (\texttt{pA}) como uma das opções de gen.div  & Opção removida   & \texttt{pA} não depende apenas dos indivíduos amostrados na população, mas também do número de populações amostradas. Logo, não é uma estimativa de diversidade genética intrínseca à população. Portanto, essa opção foi removida \\ 
\hline
 
Usar pacotes \texttt{PopGenReport} e \texttt{adegenet} & Usar apenas pacote \texttt{adegenet} & O pacote \texttt{adegenet} permitiu realizar todas as tarefas previstas na função. Portanto, não houve necessidade de usar outro pacote para análises de diversidade genética \\ 
\hline
 
Possibilidade de incluir argumento \texttt{mol.marker}\footnote{daria ao usuário a opção de escolher entre marcadores SNPs e microssatélites} & Opção não incluída & Conforme previsto na proposta, o argumento \texttt{mol.marker} apenas seria incluído na função caso houvesse tempo disponível. No entanto, a função com os argumentos propostos consumiu bastante tempo para elaboração, tornando inviável a inclusão do argumento \texttt{mol.marker} no prazo previsto\footnote{fazer isso demandaria o uso de outra abordagem de análise, bastante diferente da utilizada para marcadores microssatélites} \\ 
\hline
 
No objeto \texttt{dados}, organizar cada \emph{locus} em duas colunas, uma para cada alelo & Organizar \texttt{dados} de forma que haja uma coluna por \emph{locus}, com alelos separados por barra (/) &  Alteração fez-se necessária para adequada transformação do data frame em objeto da classe genind, visto que esta é a classe de objetos utilizada pelo pacote adegenet para as análises genéticas \\ 
\hline
 
Dentro do 1º ciclo \texttt{for}, estimar diversidade genética para cenários simulados apenas & Além do proposto, no primeiro ciclo \texttt{for} também foram incluídas as estimativas de diversidade genética para as populações observadas (ou seja, fora do contexto das simulações) &  Tal procedimento foi feito para reduzir a redundância do cógido e não ter que criar um outro ciclo \texttt{for} também com contador de i até o número de populações \\ 
\hline
 
Gerar subamostragens das populações, usando \texttt{sample} com \texttt{size}=j e \texttt{replace}=TRUE & Usar \texttt{sample} com \texttt{size}=j e \texttt{replace}=FALSE & Evitar que um mesmo indivíduo possa ser amostrado nas populações simuladas, o que enviesaria a estimativa de diversidade genética \\ 
\hline
 
Plotar gráfico com linhas correspondentes aos intervalos de confiança & Ao invés de linhas, plotar área sombreada no gráfico, com cor com transparência, correspondente ao intervalo de confiança das estimativas de diversidade genética & Alteração deixou gráfico menos poluído e esteticamente mais bonito \\ 
\hline
 
Colocar legendas com cores das populações e o que cada linha indica & Na legenda são mostradas as cores da linha (média) e da área sombreada (intervalo de confiança) e a população correspondente & A interpretação da linha (média da estimativa de diversidade genética) e da área sombreada (intervalos de confiança) encontra-se explicitamente explicada na seção VALUE do \texttt{help} da função \\ 
\hline
 
\end{longtable}



\end{document}
