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\begin{document}



\centering\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camila.avbio/1473812597971}


\section{\texorpdfstring{Camila C. Avelino}{Camila C Avelino}}
\label{sec:camila_c_avelino}


\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



Mestranda em Genômica Evolutiva, Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, IB-USP
Título do mestrado: Estudo da Inativação meiótica do cromossomo X através da análise de expressão de genes da espermatogênese de \emph{Drosophila melanogaster}.

\section{\texorpdfstring{Meus Exercícios}{Meus Exercicios}}
\label{sec:meus_exercicios}


\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camila.avbio/camila_script_aula1_.r}{camila\_script\_aula1\_.r}

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\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camila.avbio/camila_ex_7b.r}{camila\_ex\_7b.r}

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\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camila.avbio/camila_aula_9.r.txt}{camila\_aula\_9.r.txt}

\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\section{\texorpdfstring{Trabalho final}{Trabalho final}}
\label{sec:trabalho_final}


\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\subsection{\texorpdfstring{Proposta A}{Proposta A}}
\label{sec:proposta_a}


\subsubsection{\texorpdfstring{Simulação de cruzamentos com proporções Mendelianas}{Simulaao de cruzamentos com proporoes Mendelianas}}
\label{sec:simulaao_de_cruzamentos_com_proporoes_mendelianas}


\paragraph{\texorpdfstring{Contextualização}{Contextualizaao}}
\label{sec:contextualizaao}


Na meiose, os membros de um par de genes separam-se igualmente nos gametas masculinos e femininos. Essa separação igual tornou-se conhecida como primeira lei de Mendel. Assim, um único gameta contém apenas um membro de cada par. Na fertilização, os gametas se fundem de maneira aleatória, independentemente de qual dos alelos ele leva. Genes que se encontram em cromossomos diferentes segregam independentemente na meiose, como previsto pela Segunda Lei Mendeliana (Griffiths, 2013). 

As proporções mendelianas são bastante características, sendo para um gene uma proporção de 3:1 para fenótipo dominante e recessivo, respectivamente. Já para dois genes, previsto pela segunda Lei Mendeliana, há uma proporção de 9: 3 : 3 : 1, sendo duplo dominante, dominante para um gene e recessivo para outro, recessivo para um gene e dominante para outro e duplo recombinante, respectivamente. Essas proporções podem ser calculadas com a tabela de Punnett(Griffiths, 2013). 

\centering\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/camila.avbio/punnett_square}


Photo: Wiki Commons 

A proposta de função presente tem como objetivo simular proporções alélicas para um gene (1° Lei de Mendel) e para dois genes que segregam independentemente (2° Lei de Mendel) mostrando as proporçõe teóricas com a matriz de Punnett e a simulação, sorteando os gametas dos progenitores ao acaso para N indivíduos. 

\paragraph{\texorpdfstring{Planejamento da função}{Planejamento da funao}}
\label{sec:planejamento_da_funao}


\textbf{Entrada}: \texttt{mendel (loci, geno1a, geno2a, geno1b, geno2b)}, onde: 

\texttt{Loci}=especificar se será feito para um ou dois genes 

\texttt{Geno}=irá especificar o genótipo de da geração parental (“homo.dom”, “homo.rec”, “hetero”), sendo: 

\texttt{Geno1a}=primeiro gene do indivíduo 1 

\texttt{Geno1b}=primeiro gene do indivíduo 2 

\texttt{Geno2a}= segundo gene do indivíduo 1(no caso da escolha de dois genes) 

\texttt{Geno2b}=segundo gene do indivíduo 2(no caso da escolha de dois genes) 

\paragraph{\texorpdfstring{Verificando parâmetros}{Verificando parametros}}
\label{sec:verificando_parametros}

\begin{itemize}
  \item Se o valor dado no argumento \texttt{loci} é diferente de 1 e 2 , retorna: ,,Erro: o argumento dado em loci está errado"; 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Se o nome dado em \texttt{geno1a,b} e \texttt{geno2a,b} é diferente de   “homo.dom”, “homo.rec”, “hetero”, retona ,,Erro: o argumento dado em loci está errado"; 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Se o usuário escolher \texttt{loci=2} e não preencher os argumentos \texttt{geno2a} e  \texttt{geno 2b}, retorna ,, Erro: os parâmetros dados para dois loci não foram preenchidos"; 
\end{itemize}


\textbf{Saída:}
Duas matrizes com as proporções genotípicas, sendo uma da geração F1 e outra da geração F2. 

\paragraph{\texorpdfstring{Referência}{Referencia}}
\label{sec:referencia}


LEWONTIN, R. C.; GRIFFITHS, A. J. F.; CARROLL, S. B.; WESSLER, R.  Introdução à Genética, 10ª Ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2013. 

\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\subsection{\texorpdfstring{Proposta B}{Proposta B}}
\label{sec:proposta_b}


\subsubsection{\texorpdfstring{Cálculo para macronutrientes diário}{Calculo para macronutrientes diario}}
\label{sec:calculo_para_macronutrientes_diario}


\paragraph{\texorpdfstring{Contextualização}{Contextualizaao}}
\label{sec:contextualizaao2}


A base para uma alimentação saudável é a distribuição adequada de cada macro e micronutrientes, atingindo todas as necessidades nutricionais do indivíduo para manutenção, reparação dos processos diários e para o crescimento e desenvolvimento. Os macronutrientes essenciais são: proteína, carboidrato e lipídeos, já os micronutrientes são vitaminas e minerais. 

De acordo com a Organização Mundial de Saúde (OMS), a necessidade energética de um indivíduo é o nível de energia ingerida suficiente para compensar seu gasto energético, segundo as características físicas (altura, peso, idade), grau de atividade física. A fórmula para o cálculo da necessidade energética é a Taxa Metabólica Basal (TMB), que é multiplicada por um fator de atividade física, de acordo com a intensidade do exercício.  \begin{longtable}{|l|l|l|}
\hline
                      & \textbf{\textbf{Homens}       } & \textbf{\textbf{Mulheres}     } \\ 
\hline
 
\textbf{\textbf{18-30 anos}       } & 15,3 x peso + 679 & 14,7 x peso + 496 \\ 
\hline
 
\textbf{\textbf{31-60 anos}       } & 11,6 x peso + 879 & 8,7 x peso + 829  \\ 
\hline
 
\textbf{\textbf{Acima de 60 anos} } & 13,5 x peso + 487 & 10,5 x peso + 596 \\ 
\hline
 
\end{longtable}



 \textbf{FATOR ATIVIDADE}\begin{longtable}{|l|l|l|}
\hline
               & \multicolumn{1}{|r|}{\textbf{   \textbf{Homens} }} & \textbf{ \textbf{Mulheres} } \\ 
\hline
 
\multicolumn{1}{|c|}{\textbf{   Leve       }} & \multicolumn{1}{|c|}{     1,55     } & \multicolumn{1}{|c|}{     1,56     } \\ 
\hline
 
\multicolumn{1}{|c|}{\textbf{   Moderada   }} & \multicolumn{1}{|c|}{     1,78     } & \multicolumn{1}{|c|}{     1,64     } \\ 
\hline
 
\multicolumn{1}{|c|}{\textbf{   Intensa    }} & \multicolumn{1}{|c|}{     2,10     } & \multicolumn{1}{|c|}{     1,82     } \\ 
\hline
 
\end{longtable}



Baseando-se nesses parâmetros, é possível distribuir os macronutrientes de acordo com o com o recomendado pela FAO/OMS (1985), que é proteínas ficam em torno de 20\% das calorias, os carboidratos em 60\% e lipídeos em 20\% (HIRSCHBRUCH; CARVALHO, 2003). As calorias totais podem ser distribuídas da seguinte forma: café da manhã com 20\% das calorias diárias, o lanche da manhã com 5\%, o almoço com 35\%, o lanche da tarde com 20\% e o jantar com 20. Idealmente cada uma das principais refeições contenha carboidrato, gordura e proteína (CUPPARI, 2002).Para facilitar o controle dessas proporções, o valor calórico geralmente é convertido em gramas(g), onde  1g de proteína  possui 4 Kcal, 1g de carboidrato possui 4 Kcal e 1g de gordura possui 9 Kcal, pois com proporções em gramas é possível pesar o alimento.

A proposta dessa função tem como objetivo calcular a proporção em gramas de cada macronutriente de acordo com a necessidade energética diária individual, baseando-se em um indivíduo que faz cinco refeições diárias: café da manhã, lanche da manhã, almoço, lanche da tarde e jantar.  

\paragraph{\texorpdfstring{Planejamento da função}{Planejamento da funao}}
\label{sec:planejamento_da_funao2}


\textbf{Entrada:} \texttt{meal (sexo, peso, idade, FA)}, onde: 

\texttt{Sexo}= definido por “M”, “F”\\
\texttt{Peso}= classe numérica, dado em kg\\
\texttt{Idade}= classe numérica\\
\texttt{FA}= classe character, dada como “leve”, “moderada”, “alta” \\

\paragraph{\texorpdfstring{Verificando parâmetros}{Verificando parametros}}
\label{sec:verificando_parametros2}

\begin{itemize}
  \item Se \texttt{sexo} for diferente de F ou M, retorna \texttt{,,Erro: Argumento dado em sexo está incorreto"}; 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Se \texttt{peso} não for uma classe numérica, retorna \texttt{,,Erro: argumento em ,,peso" não é de classe numérica"}; 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Se \texttt{idade} for menor que 18 e maior que 120, retorna \texttt{,,Erro: o valor argumento ,,idade" é inválido}; 
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Se \texttt{FA} for diferente de “leve”, “moderada”, “alta”, retorna \texttt{,,Erro: argumento dado em ,,FA" é inválido"}; 
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{Pseudo-código:}{Pseudocodigo}}
\label{sec:pseudocodigo}

\begin{enumerate}
  \item Colocar  \texttt{if} para se do \texttt{sexo} M e \texttt{else} para  F; 
  \item if para \texttt{idade}: ≥18\texttt{idade}≤30 anos,31≥\texttt{idade}≤60 anos, \texttt{idade}≥61 anos; 
  \item \texttt{If} para \texttt{FA} se ,,leve", ,,moderada", ,,alta"; 
  \item No objeto \texttt{taxa. basal}, colocar a fórmula do TMB; 
  \item Multiplica \texttt{taxa. basal} pelo valor dado em \texttt{FA}'; 
  \item Guardar no objeto \texttt{calorias}; 
  \item Dividir \texttt{calorias} em três valores correspondentes a proporção total de cada nutriente e fazer um objeto para cada um; 
  \item Fazer objeto com o nome de cada refeição e qual macronutriente guardar nele as proporções em calorias de cada refeição (ex. \texttt{cafe.manha.c=350}, \texttt{cafe. manha.g=30}); 
  \item Fazer a conversão de calorias em gramas de cada valor (ex. \texttt{caf.manha.carbo.g=café.manha*4}, \texttt{caf.manha.pro.g =cafe. manha.g*9}); 
  \item Criar um data-frame com todos os valores em gramas; 
  \item Cada um desses itens será feito para cada uma das possibilidades; 
\end{enumerate}


\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\paragraph{\texorpdfstring{Sáida:}{Saida}}
\label{sec:saida}


Retorna a taxa metabólica basal em calorias (objeto \texttt{calorias}) e um data-frame contendo 4 colunas nomeadas \texttt{refeição}, \texttt{Carboidratos(g)}, \texttt{Proteínas(g)} e \texttt{Gorduras(g)}, onde terá o nome da refeição e a proporção em gramas de carboidrato, proteína e lipídeos, respectivamente. 

\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\paragraph{\texorpdfstring{Referência}{Referencia}}
\label{sec:referencia2}


MAHAN, L. K.; ESCOTT-STUMP, S. Krause: alimentos, nutrição e dietoterapia. São Paulo: Roca, 2002. P.1157. 

HIRSCHBRUCH, M.D.; CARVALHO, J.R. Nutrição esportiva: uma visão prática. São Paulo: Manole, 2002. 345p. 

CUPPARI, L. Guias de medicina ambulatorial e hospitalar: nutrição clínica no adulto. Barueri: Manole, 2002. 406p.  Comentários Lucas Nascimento (Taio)

Olá, Camila! As duas ideias são legais. Sugiro que você siga com a proposta A porque, do ponto de vista do aprendizado no  R, ela parece mais desafiadora. Seguem alguns comentários pontuais. 

\textbf{ Proposta A }
\begin{itemize}
  \itemA sua proposta é que sua função calcule a frequência de alelos para 1 gene ou 2 genes conforme a primeira e a segunda lei de Mendel usando a tabela de Punnet? Deixe mais claro o objetivo da sua função na contextualização. 
  \itemO que acha de começar com 2 loci e depois tentar fazer uma função com n loci? Ficaria bem mais legal! Não acha?
  \itemDeixe explícito  a classe dos objetos para todos os seus argumentos 
  \itemAo invés de retornar um aviso ,,errado", retorne um aviso simples e direto de como deve ser os objetos dos argumentos. Isso facilita muito a vida do usuário, não acha? 
  \itemfaltou o pseudocódigo
\end{itemize}


\textbf{Proposta B}
\begin{itemize}
  \itemDeixe explícito  a classe dos objetos para todos os seus argumentos 
  \itemAo invés de retornar um aviso ,,errado", retorne um aviso simples e direto de como deve ser os objetos dos argumentos. Isso facilita muito a vida do usuário, não acha? 
  \itemA sua função ficaria bem mais legal se ela também calculasse o fator de atividade (FA).  Como usuário, eu posso estar interessado em como melhorar a minha dieta mas não ter a mínima ideia de como calcular esse fator. 
\end{itemize}


\textbf{Bom tRabalho!} =)

\section{\texorpdfstring{Trabalho final e justificativa}{Trabalho final e justificativa}}
\label{sec:trabalho_final_e_justificativa}


Escolhi para o trabalho final a Proposta A,que tem uma finalidade didática que simular cruzamentos e verificar as proporções encontradas por Mendel.
\begin{itemize}
  \item Link para função:\href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:camila.avbio:mendel}{.:Mendel}.
  \item Link para help da função mendel:\href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:camila.avbio:help}{.:Help}.
\end{itemize}


\end{document}
