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\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Propostas Funções}{Propostas Funoes}}
\label{sec:propostas_funoes}


\subsection{\texorpdfstring{PROPOSTA A: CONSTRUÇÃO DE TABELAS DE VIDA}{PROPOSTA A CONSTRUAO DE TABELAS DE VIDA}}
\label{sec:proposta_a_construao_de_tabelas_de_vida}


\textbf{Função: tabvida()}

\underline{Contextualização}

A tabela de vida de uma espécie apresenta uma descrição dos estágios de desenvolvimento da espécie e serve para mostrar as variações nas taxas de sobrevivência conforme a idade, tamanho ou ciclo de vida. A construção de tabelas de vida de espécies é feita por meio da obtenção de dados de padrões de nascimento e de morte, necessários para que seja possível compreender as tendências populacionais atuais ou prever tamanhos populacionais futuros (Cain et al., 2011). \textbf{Para uma explicação mais detalhada sobre a Tabela de Vida e seus componentes consulte: Leverich et al. (1979).}

\underline{Objetivos}

A função \textbf{tabvida()} terá como objetivos: (1) calcular os parâmetros da Tabela de vida de espécies e (2) gerar um gráfico da curva de sobrevivência de espécies.

\underline{Cálculos e dados para construção da função}

Como modelo de tabela será utilizado um exemplo extraído de (Leverich et al., 1979 - ver tabela 1). Os dados de P. drummondii também serão utilizados para a construção do help da função e, também, servirão como dados de entrada para teste da funcionalidade da função. 
\begin{itemize}
  \item \textbf{Parâmetros que comporão a tabela de vida:}
  \item Intervalos de idade \textbf{(x-x1):} descreverá o ciclo de vida da espécie, ou seja, cada fase do desenvolvimento possui x1 dias, portanto, o intervalo representará o dia de início do intervalo de idade (x) e o último dia do intervalo de idade (x1).
  \item Tamanho de cada intervalo \textbf{(Dx):} total de dias de cada intervalo.
  \item Número de sobreviventes no dia x \textbf{(Nx):}  número total de indivíduos vivos no dia x. Primeira linha da coluna deverá ser informada (Nxi), depois deverá ser feita a subtração entre os elementos das colunas, por exemplo: primeiro elemento da coluna Nx subtraído pelo primeiro elemento da coluna dx será igual ao segundo elemento da coluna Nx; ou seja: (Nxi-dxi=Nxii).
  \item Proporção de sobreviventes no dia x \textbf{(lx):} (1 x Nx)/total de indivíduos da primeira linha da coluna Nx, que no exemplo de P. drummondii  é = 996, que representa o total de indivíduos a partir do qual a tabela começa a ser construída.
  \item Número de mortos durante o intervalo \textbf{(dx):} número indivíduos mortos por cada intervalo; o número de mortos por dia será informado e a partir disso será contado o número de mortos por cada intervalo.
  \item Taxa de mortalidade por dia \textbf{(qx):} ((dx/Nx)/Dx).
\end{itemize}


\centering\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/deboranegrao/tab}


\underline{Planejamento da função}

Entrada: tabvida(x, x1, mt, Nxi)
\begin{itemize}
  \item x = vetor contendo o dia inicial de cada classe de idade: class=numeric; o primeiro elemento deve ser igual a zero.
  \item x1 = vetor contendo o último dia de cada classe de idade: class=numeric.
  \item mt = data.frame contendo o dia que cada indivíduo morreu: class=numeric.
  \item Nxi = total de indivíduos a partir dos quais a tabela de vida será calculada: class=numeric, Nxi \textgreater  0.
\end{itemize}


\underline{Verificando os parâmetros}
\begin{itemize}
  \item x = é formado por números inteiros e o primeiro elemento == 0? Caso não, escrever: “deve conter apenas números inteiros e primeiro elemento deve ser ==0”.
  \item x1 = é formado por números inteiros? Caso não, escrever: “deve conter apenas números inteiros”.
  \item mt = é formado por números inteiros? Caso não, escrever: “deve conter apenas números inteiros”.
  \item Nxi = é um número inteiro \textgreater  0? Caso não, escrever: “deve ser um número inteiro \textgreater  0”.
\end{itemize}


\underline{Pseudocódigo}
\begin{enumerate}
  \item Conta os dias de cada intervalo (x-x1) e guarda em Dx.
  \item Calcula o número de mortos durante cada intervalo de classe (x1-x) e guarda em dx.
  \item Cria a coluna Nx.
  \item Guarda Nxi na primeira linha de Nx.
  \item Calcula: Nxi – dxi para obter Nxii e assim sucessivamente até obter todos os elementos de Nx.
  \item Calcula a proporção sobrevivente no dia x e guarda em lx.
  \item Calcula a taxa de mortalidade por dia e guarda em qx.
  \item Constrói uma data.frame com todos os parâmetros calculados.
  \item Constrói um gráfico da curva de sobrevivência: será plotado no eixo y o número de sobreviventes no dia x (Nx) e no eixo x a idade no dia x.
\end{enumerate}


\underline{Saídas}
\begin{itemize}
  \item tabvida() retornará: data.frame contendo as colunas: x, x1, Dx, Nx, lx, dx, qx, e um gráfico da curva de sobrevivência da espécie.
\end{itemize}


\underline{Referências}

Cain, Michael L; Bowman, William D; Hacker, Sally D. Ecologia. Porto Alegre: Artmed, 2011, 640p.

Leverich, W. J. \& Levin, D. A. (1979). Age-Specific Survivorship and Reproduction in Phlox drummondii. The American Naturalist, 113(6), 881–903.

Olá Debora,

A proposta A parece interessante mas do jeito que está não vejo como poderia aproveitar as ferramentas de programação que estão sendo oferecidas pra vocễ na disciplina. Pensa no seguinte: Você pode realisar a mesma atividade que da proposta botando formula nas células de uma planilha de excel. Sugiro pensar em como colocar mais um pouquinho de complexidade na proposta; por exemplo, sera que da pra propor uma função que calcule alguma medida de incerteza ao retor da estimação dos parâmetros, por exemplo por reamostragem? Algo mais pelo estilo poderia te ajudar a praticar os conteudos da disciplina.

Minha sugestão então é reformular a proposta A. Meus comentarios sobre a proposta B seguem na pagina da proposta. Qualquer dúvida é só entrar em contato, diretamente por email. Na hora de chegar num consenso sobre as propostas você devera atualizar as paginas ao respeito das mesmas.  

\emph{---\href{mailto:gaballench@gmail.com}{Gustavo A. Ballen}}

Oi Debora, 

O Gustavo tem razão, pode-se fazer em uma planilha de excel. Mas estou de acordo com o proposta do jeito que está descrita. Pode seguir com ela.

\href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:deboranegrao:proposta_b}{.:Proposta B}

\href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:deboranegrao:proposta_c}{.:Proposta C}

Decidi realizar a proposta A, pois, para mim, a construção da função tabvida() foi desafiadora, principalmente pela utilização dos fluxos ,,for" para cálculo dos parâmetros. Postei uma proposta C como foi solicitado pelo monitor Gustavo.  --- \emph{\href{mailto:deboranegrao@usp.br}{Debora Samira Gongora Negrão} 2018/05/26 23:14}

\end{document}
