\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\date{\today}
\title{}
\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Janaina Silva Fortirer}{Janaina Silva Fortirer}}
\label{sec:janaina_silva_fortirer}


\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/psjana/img_20180404_165610}


\textbf{Mestranda em Bioinformática, USP.}

Pesquiso sobre mudanças climáticas e os efeitos nos parâmetros ecofisiológicos na vegetação brasileira.
Mediante a estudo de revisão sistemática, meta-análise e experimentos em laboratório. 

Além disso, tenho interesses em  educação popular, recursos tecnológicos à educação, \emph{Big Data}, \emph{Machine Learning}, \emph{Blockchain}, empreendedorismo social...

\subsubsection{\texorpdfstring{Meus exercícios}{Meus exercicios}}
\label{sec:meus_exercicios}


Clique \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:psjana:aqui}{.:aqui} para acessar meus exercícios

\subsection{\texorpdfstring{Trabalho final}{Trabalho final}}
\label{sec:trabalho_final}


\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\subsubsection{\texorpdfstring{Plano A:}{Plano A}}
\label{sec:plano_a}


\paragraph{\texorpdfstring{Contextualização}{Contextualizaao}}
\label{sec:contextualizaao}


A meta-análise é um conjunto de métodos estatísticos para comparar quantativamente resultados de diferentes 
estudos e que abordam uma mesma questão\footnote{Koricheva, J., Gurevitch, J., Mengersen, K.(2013) Handbook of Meta-analysis in Ecology and Evolution. Princeton: Princeton University Press.}. Também determina se o efeito de interesse
(média da população) existe em uma condição particular (tratamento), comparando-o com as diferentes pesquisas realizadas. Além de auxiliar na síntese e fornecer um panorama dos resultados sobre determinado tema.

O pesquisador precisa realizar uma etapa anterior a meta-analise, que é a \href{https://pt.wikipedia.org/wiki/Revis\%C3\%A3o_sistem\%C3\%A1tica}{revisão sistemática}. Para procurar os trabalhos já realizados que abordam a pergunta que se quer responder. O resultado dessa pesquisa é organizado em uma tabela (\href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:psjana:exemplo_de_tabela}{.:exemplo de tabela}).
A partir dos dados anotados na tabela, é possível verificar o efeito de interesse de cada estudo. Esses efeitos combinados podem estimar uma grande média do tamanho do efeito e um intervalo de confiança, e por fim testar se esse efeito geral é diferente de zero.

\textbf{Para facilitar a visualização dos diferentes resultados obtidos, a proposta da função é gerar um gráfico com a média e calcular o intervalo de confiança para cada estudo.}

Veja as fórmulas utilizadas para calcular a média e o intervalo de confiança na função:\footnote{Curtis, P.S. (1996). A meta-analysis of leaf gas exchange and nitrogen in trees grown under elevated carbon dioxide. Plant, Cell and Environment}
\centering\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/psjana/formulas_metar}


\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/psjana/maisformulas_metar}


\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\paragraph{\texorpdfstring{Planejamento da função:}{Planejamento da funao}}
\label{sec:planejamento_da_funao}


\textbf{Description}

A função cria um gráfico com a média e calcula o intervalo de confiança.

\textbf{Usage}

metaR (data, namoc, namot, mc, mt, sdc, sdt, measure = mean, replace = TRUE)

\textbf{Arguments}
\begin{itemize}
  \item \texttt{data} = data.frame contendo as variáveis dos argumentos.
  \item \texttt{namoc} = integer, com o número réplicas do grupo controle.
  \item \texttt{namot} = integer, com o número réplicas do grupo tratamento.
  \item \texttt{mc} = numeric, média do grupo controle.
  \item \texttt{mt} = numeric, média do grupo tratamento.
  \item \texttt{sdc} = numeric, desvio padrão do grupo controle.
  \item \texttt{sdt} = numeric, desvio padrão do grupo tratamento.
  \item \texttt{measure} = logical, indica que a estatística de interesse é a média entre os grupos.
  \item \texttt{replace} = logical, indica que todos os valores serão substituídos.
\end{itemize}


\textbf{Verificando os parâmetros}
\begin{itemize}
  \item \texttt{data} é um data.frame Se não, escreve: ,,O argumento data precisa ser um data.frame.”
  \item \texttt{namoc} é um número inteiro e maior que 3? Se não, escreve: ,,O argumento \texttt{namoc} precisa ser um número inteiro e \textgreater  3."
  \item \texttt{namot} é um número inteiro e maior que 3? Se não, escreve: ,,O argumento \texttt{namot} precisa ser um número inteiro e \textgreater  3."
  \item \texttt{mc} é do tipo numérico? Se não, escreve: “O argumento \texttt{mc} precisa ser numérico.”
  \item \texttt{mt} é do tipo numérico? Se não, escreve: “O argumento \texttt{mt} precisa ser numérico.”
  \item \texttt{sdc} é do tipo numérico? Se não, escreve: ,,O argumento \texttt{sdc} precisa ser numérico."
  \item \texttt{sdt} é do tipo numérico? Se não, escreve: ,,O argumento \texttt{sdt} precisa ser numérico."
  \item \texttt{measure} é TRUE? Se não, escreve: ,,O argumento \texttt{measure} precisa ser TRUE, pois a estatistica de interesse dessa função é a média."
  \item \texttt{replace} é TRUE? Se não, escreve: ,,O argumento \texttt{replace} precisa ser TRUE."
\end{itemize}


\textbf{Pseudo-código:}
\begin{enumerate}
  \item Leia o data.frame.
  \item Escreva: ,,Os argumentos \texttt{sdc} e \texttt{sdt} são os desvio padrão da amostra? Digite S para sim ou N para não"
  \item Se (N), então escreva: ,,É necessário transformar o erro padrão em desvio padrão." 
  \item Calcule o desvio padrão a partir do erro padrão.\footnote{desvio padrão (sd) = erro padrão * √n}
  \item Indexar o resultado em uma nova coluna do objeto \texttt{data} [i]
  \item Escreva: " O erro padrão foi transformado em desvio padrão.,,
  \item Caso a resposta seja (S).
  \item Remova NA das amostras
  \item Escreva: “Data.frame com NAs omitidos.”
  \item Para (\texttt{for}) reamostragem com reposição.
  \item Cria um vetor com distribuição normal com N = 5000, média e o desvio padrão de acordo com cada amostra.
  \item Faça o bootstrap para cada amostra com a função sample utilizando o N de cada amostra e o vetor criado com distribuição normal.
  \item Guarde o resultado do bootstrap num objeto.
  \item Calcule o intervalo de confiança (C.I. 95\%).
  \item Cria uma matriz.
  \item Cria x linhas e x colunas na matriz criada (ainda não defini a quantidade de linhas e colunas).
  \item Cria legenda no eixo x (side 1).
  \item Cria legenda no eixo y (side 2) com nome do autor, ano de publicação e N amostral.
  \item Cria uma linha vertical na matriz.
  \item Insira média por resultado. 
  \item Cria segmento com o valor do intervalo de confiança.
  \item Salva gráfico 
\end{enumerate}


\textbf{Saída:}
\begin{itemize}
  \item Gráfico com a média e intervalo de confiança para cada pesquisa.
  \item Data frame com os valores de intervalo de confiança calculados.
\end{itemize}


Exemplo de output (gráfico):

\centering\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/psjana/graficometar}


\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\subsubsection{\texorpdfstring{Plano B:}{Plano B}}
\label{sec:plano_b}


\paragraph{\texorpdfstring{Contextualização}{Contextualizaao}}
\label{sec:contextualizaao2}


Vocês já repararam que as lojas de materias de construção estão sempre lotadas, parecendo shopping?
A maioria das pessoas que frequentam esses lugares estão em busca de dar uma repaginada no visu da casa, dar uma modernizada, fazer um puxadinho, ou decidem fazer uma reforma simplesmente porque querem e podem. Ah! Tem os casos específicos, mães, as que todo ano pintam a casa inteira, pois acreditam que passar o ano novo sem pintar a casa dá azar (suspeito que foi algum vendedor de tinta que criou essa lenda). E casos “ raros” de pessoas que tem tics por derrubar parede, trocar piso, reformar a sala, mudar isso ou aquilo…

Num mundo ideal, a melhor escolha seria contratar um profissional e realizar um orçamento da quantidade de todos os materiais necessários para fazer a reforma. Porém, de pedreiro e louco todo mundo tem um pouco. Claro, que as pessoas decidem ir comprando ao longo da reforma sem nenhum planejamento de custo e estimativa da quantidade dos materiais a serem utilizados.
Então, para auxiliar as pessoas que irão fazer uma reforma, mas que querem economizar e fazer um planejamento dos custos. A proposta de função, é criar um algoritmo que otimize, calcula a quantidade de material a ser utilizado por m2, e cria uma tabela com todos os gastos para cada tipo de material escolhido.

\paragraph{\texorpdfstring{Planejamento da função}{Planejamento da funao}}
\label{sec:planejamento_da_funao2}


\textbf{Description}

A função irá calcular a quantidade de cada material a ser utilizado por m2, retorna um data frame com os custos e quantidade dos materiais.

\textbf{Usage}

reformaR (tijolo, m2tijo, typetijo, piso, m2piso, typepiso, telhado, m2telha, typetelha, tinta, m2parede, m2teto, typetinta, areia, m3areia, cimento, m2cim, brita, m3brita, data)

\textbf{Arguments}
\begin{itemize}
  \item \texttt{tijolo} = numeric, preço do tijolo por m2.
  \item \texttt{m2tijo} = numeric, m2 a ser construido.
  \item \texttt{typetijo} = string de caracteres com o tipo do tijolo.
  \item \texttt{piso} = numeric com o preço do m2.
  \item \texttt{m2piso} = numeric, m2 a ser colocado o piso.
  \item \texttt{typepiso} = string de caracteres com o tipo de piso.
  \item \texttt{telhado} = numeric com o preço do m2.
  \item \texttt{m2telha} = numeric com o m2 da area a ser coberta.
  \item \texttt{typetelha} = string de caracteres com o tipo da telha.
  \item \texttt{tinta} = numeric com o preço do m2.
  \item \texttt{m2parede} =  numeric com o m2 total da parede.
  \item \texttt{m2teto} = numeric com o m2 total do teto.
  \item \texttt{typetinta} = string de caracteres com o tipo de tinta.
  \item \texttt{areia} = numeric,  preço por m3.
  \item \texttt{m3areia} = numeric, m2 total da area.
  \item \texttt{cimento} = numeric, preço por unidade (saco).
  \item \texttt{m2cim} = numeric com m2 total da area.
  \item \texttt{brita} = numeric com m2 total da area.
  \item \texttt{m3brita} = numeric com m2 total da area.
  \item \texttt{data} = data frame, opcional, o usuario pode inserir um data frame com todos os argumentos acima.
\end{itemize}


\textbf{Observação:} a metodologia com os parâmetros para calcular a quantidade minima por m2 será de acordo com TISAKA, 2006.\footnote{Tisaka, M.(2006) Orçamento na construção civil : consultoria, projeto e execução.São Paulo : Editora Pini.}

\textbf{Verificando  os parâmetros:}
\begin{itemize}
  \item Para os argumentos, faça:
  \item \texttt{tijolo}, \texttt{m2tijo}, \texttt{piso},\texttt{ m2piso}, \texttt{telhado}, \texttt{m2telha}, \texttt{tinta}, \texttt{m2parede}, \texttt{m2teto}, \texttt{areia}, \texttt{m3areia}, \texttt{cimento}, \texttt{m2cim}, \texttt{brita}, \texttt{m3brita} é númerico e \textgreater  0 ? Se não, escreva: “ O argumento[i] precisa ser do tipo numérico e \textgreater  0.
  \item \texttt{typetijo}, \texttt{typepiso}, \texttt{typetelha}, \texttt{typetinta} é string e umas das opções pré determinadas ? Se não, escreva; “ O argumento [i] precisa ser do tipo string e umas das opções listadas.”
  \item \texttt{data} é um data frame ? Se não, escreva: “ O argumento data precisa ser do tipo data.frame.”
\end{itemize}


\textbf{Pseudo-código:}
\begin{enumerate}
  \item Se tiver objeto \texttt{data}. Então, leia data.frame com os argumentos para cada coluna
  \item Se não, leia os argumentos e cria objeto X com os dados. 
  \item Se, existe argumento \texttt{tijolo}. Então, mostre na tela as opções para escolher o tipo de tijolo (usar função switch para criar lista de opções).
  \item Leia a opção selecionada e atribua no objeto \texttt{typetijo} [i]
  \item Se, existe argumento piso. Então, mostre na tela as opções para escolher o tipo de piso.
  \item Leia a opção selecionada e atribua no objeto \texttt{typepiso} [i]
  \item Se, existe argumento telha. Então, mostre na tela as opções para escolher o tipo de telha.
  \item Leia a opção selecionada e atribua no objeto \texttt{typetelha} [i]
  \item Se, existe argumento tinta. Então, mostre na tela as opções para escolher o tipo de tinta.
  \item Leia a opção selecionada e atribua no objeto \texttt{typetinta} [i]
  \item Para todos os argumentos de entrada do input, faça.
  \item Calcule a quantidade necessária por m2.
  \item Calcule a quantidade necessária por m2 e por tipo de (\texttt{tijolo}, \texttt{piso}, \texttt{telha}, \texttt{tinta}).
  \item Calcule o preço por quantidade necessária 
  \item Calcule qual é o tipo de (\texttt{tijolo}, \texttt{piso}, \texttt{telha}, \texttt{tinta}) com o menor até o maior custo e a quantidade total.
  \item Calcule o gasto total para cada uma das opções
  \item Fim para
  \item Retorne um data.frame com os itens dos argumentos e os respectivos valores calculados. E qual a melhor escolha com os menores preços até os maiores valores de acordo com a quantidade de cada item.
\end{enumerate}


\textbf{Saída:}

Um data frame com os valores e quantidade necessária para cada material de construção por m2. 

\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\subsubsection{\texorpdfstring{Comentários Danilo}{Comentarios Danilo}}
\label{sec:comentarios_danilo}


Janaína, seu plano A parece super legal e interessante, só recomendo fortemente que vc explique melhor o que a função vai calcular usando bootstrap. Isso vai ser especialmente importante na hora de escrever o help!

Sugiro fazer o plano A mesmo, apesar do texto do plano B ser maravilhoso.

\emph{\href{mailto:gruingas@gmail.com}{Danilo}}

\subsubsection{\texorpdfstring{Resposta Janaina}{Resposta Janaina}}
\label{sec:resposta_janaina}


Oi Danilo, obrigada pela sugestão LOL

Realmente preciso definir o cálculo usando bootstrap, essa parte ainda está meio obscura m(

\emph{\href{mailto:janainawx@gmail.com}{Janaina}}

\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



\subsection{\texorpdfstring{Links para o trabalho final}{Links para o trabalho final}}
\label{sec:links_para_o_trabalho_final}


Decidimos (Eu, Danilo e o acaso :-D) seguir com a proposta A. 

Como observado, a parte do bootstrap não estava clara na função. E como nos estudos com meta-análise, geralmente não se tem o acesso aos dados brutos. Optei, por não fazer o bootstrap e calcular o intervalo de confiança
a partir de fórmulas estatísticas encontradas na literatura (veja as fórmulas na descrição do plano A).
Também, optei por mudar os argumentos da função. Antes, o usuário teria que inserir cada valor manualmente nos argumentos da função. O que dispensaria tempo. Então, deixei como argumento da função um data.frame de entrada que conterá todos os dados necessários para a função

\textbf{Portanto, a função calcula a média padronizada de cada estudo e o intervalo de confiança. Cria um gráfico, estilo forest plot e retorna um data.frame ao usuário.}

Além, do que foi acordado,a função cria novas colunas no data.frame com os valores que podem ser utilizados para análise estatística, como: fator de correção (J) , grau de liberdade (df), estatística  (Z), variância (var.d), erro padrão (SE.d).
\begin{itemize}
  \item Função: \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:psjana:metar}{.:metaR}
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Precisa de um: \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:psjana:help}{.:Help} ?
\end{itemize}

\begin{itemize}
  \item Exemplo de \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=05_curso_antigo:r2018:alunos:trabalho_final:psjana:output}{.:output} da função metaR.
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Limitações da função:}{Limitaoes da funao}}
\label{sec:limitaoes_da_funao}


Para que a função execute é necessário que o usuário coloque exatamente os nomes pré estabelecidos para o cabeçalho. O que restringe o usuário a usar apenas esses nomes. Porém, ao desenvolver a função quis ter a certeza que o cálculo realizado na função seria dos valores correspondente a cada coluna. Por isso, restringir o nome para ter certeza que os valores serão inseridos corretamente. Como, quero utilizar esta função pretendo resolver posteriormente essa limitação.
Outra limitação, o titulo da legenda do lado esquerdo e direito não ficam alinhados com a descrição da legenda.

\textbf{Referências:}

\end{document}
