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\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/emaildaalessandra/amazonia}


\section{\texorpdfstring{Alessandra Rocha}{Alessandra Rocha}}
\label{sec:alessandra_rocha}


Olá, sou Alessandra, veterinária e trabalho com animais marinhos, em especial, cetáceos.

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/emaildaalessandra/exercicio1_usp.r}{exercicio1\_usp.r}

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\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/emaildaalessandra/graficosa.r}{graficosa.r}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/emaildaalessandra/107wiki.r}{7aF}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/emaildaalessandra/wiki7bf.r}{7bF}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/emaildaalessandra/wikisimulacao.r}{wikisimulacao.r}

\href{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/emaildaalessandra/109wikif.r}{109wikif.r}

\textbf{1.Trabalho final}

\textbf{1.1.Plano A} - Cálculo da distância da costa a partir de coordenadas geográficas de interesse

\textbf{Contextualização}

O conhecimento da distancia onde ocorrem os animais marinhos e a atividade pesqueira, tendo como referência a linha de costa, é importante para a conservação da fauna marinha e o manejo da pesca. Por exemplo, a distância da costa pode ser uma variável preditora da ocorrência de cetáceos (do Amaral \emph{et al}. 2018) e algumas pescarias. A sobreposição entre pequenos cetáceos e atividade pesqueira pode ocasionar interações negativas como a captura acidental de golfinhos em redes de pesca, um problema mundial de conservação que afeta várias espécies de cetáceos(Leeney \emph{et al}. 2008). Recentemente uma Instrução Normativa (IN n°12/2012),com o intuito de ordenar a pesca de emalhe da região sudeste e sul do Brasil, estabeleceu a proibição da pesca desta modalidade à 1 milha náutica de distância da costa para todas as embarcações motorizadas e à 4 milhas náuticas para embarcações de arqueação bruta maior que 20. Neste caso, a aferição da distância da costa dos lances de pesca pode ser útil para fins de fiscalização da atividade pesqueira.

Nesse sentido, a função proposta pretende calcular as distâncias da costa de pontos de interesse, através de arquivos do tipo \emph{shapefile}\textsuperscript{1}, criar um \texttt{dataframe} com essas distâncias e gerar um mapa contendo a linha de costa e os pontos de interesse. Dentro da função, os objetos contendo os \emph{shapefiles} serão transformados em unidades métricas através do EPSG 5641 \textsuperscript{2}, que é um código que atua em toda a América Latina (\url{https://epsg.io/5641}).  
\raggedleft\includegraphics[keepaspectratio=true,width=0.8\textwidth]{bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/emaildaalessandra/epsg5641}
Figura 1. EPSG 5641

\textsuperscript{1} \emph{shapefile} é um arquivo para dados vetoriais, desenvolvido pela empresa ESRI e é composto por três arquivos que possuem as extensões: 
.shp: armazena entidades geométricas do objeto;
.shx: armazena o índice de entidade geométricas;
.dbf: armazena a tabela de atributos dos objetos.
Além dessas extensões, é comum encontrar a extensão .prj que contém as informações do sistema de coordenadas.

\textsuperscript{2} Uma fonte de dados classificada como espacial deve possuir um Sistema de Coordenadas (SRC) que está organizado em Sistema de Coordenadas Geográficas (ou Geodésicas) ou Sistema de Coordenadas Planas (ou Projetadas). Esse sistema deve ser verificado antes de executar qualquer ação no sistema de informação geográfica. Após a escolha do sistema de referência de coordenadas, o passo seguinte é a escolha do modelo da Terra ou Datum.  Código EPSG é uma padronização dos Sistemas de Referência de Coordenadas do mundo formalizada pela organização \emph{European Petroleum Survey Group} (EPSG). Uma projeção de qualquer parte do globo pode ser identificada através do padrão EPSG. Na nossa função utilizaremos o sistema de coordenadas planas (EPSG=5641) para calcularmos a distância da costa em unidades métricas. Se utilizássemos o sistema de coordenadas geográficas, calcularíamos a distância em graus. 

\textbf{Planejamento da função}
O usuário deve baixar os seguintes pacotes: ,,sf", ,,mapview", ,,tidyverse".

\textbf{Entrada:}dist.costa(x,y)
\begin{itemize}
  \item x = objeto contendo o arquivo \emph{shapefile} da linha de costa
  \item y = objeto contendo o arquivo \emph{shapefile} da camada de coordenadas geográficas de interesse
\end{itemize}


\textbf{Pseudo-código}
\begin{enumerate}
  \item cria um objeto com um mapa contendo a linha de costa e as coordenadas plotadas
  \item define o EPSG: transforma o \emph{shapefile} da linha de costa em unidades métricas.
  \item define o EPSG: transforma o \emph{shapefile} da camada de pontos em unidades métricas.
  \item cria um objeto com o cálculo das distâncias (em metros) das coordenadas à linha de costa em \texttt{dataframe}.
  \item converte a camada contendo as coordenadas em \texttt{dataframe}
  \item une o dataframe das distâncias com o \texttt{dataframe} da camada das coordenadas
\end{enumerate}


\textbf{Saída}
\begin{itemize}
  \item \texttt{dataframe} contendo a camada de pontos e as distancias calculadas em relação a linha de costa
  \item mapa de visualização contendo as coordenadas e a linha de costa.
\end{itemize}


\textbf{1.2.Plano B} - Conversão de coordenadas geográficas GMS em coordenadas decimais

\textbf{Contextualização}

A conversão de coordenadas geográficas GMS (grau, minuto, segundo) em coordenadas decimais é muito comum e fundamental para importar os pontos geográficos para softwares de SIG (Sistema de Informações Geográficas).

A conversão acontece por meio da fórmula: 

Graus decimais = \footnote{segundos / 60) + minutos) + graus

A função proposta pretende fazer este cálculo e criar um dataframe com as coordenadas convertidas. Para isso, a tabela de entrada deve possuir três colunas nomeadas como ,,grau", ,,min" e ,,seg" contendo as respectivas informações nas linhas.

\textbf{Planejamento da função}

\textbf{Entrada:}convert.dec(tabela)

*tabela = um \texttt{dataframe} contendo 3 colunas nomeadas como: ,,graus", ,,min", ,,seg".

\textbf{Verificando os parâmetros}

\begin{itemize}
  \item a tabela possui uma coluna chamada ,,graus"? Se não, escreve: ,,a tabela não possui uma coluna chamada ,,graus"
  \item a tabela possui uma coluna chamada ,,min"? Se não, escreve: ,,a tabela não possui uma coluna chamada ,,min"
  \item a tabela possui uma coluna chamada ,,seg"? Se não, escreve: ,,a tabela não possui uma coluna chamada ,,seg"
\end{itemize}

\textbf{Pseudo-código}
\begin{enumerate}
  \item cria um objeto que exclui os valores NA do cálculo
  \item cria um objeto com a conversão da coordenada GMS em graus decimais
  \item cria um \texttt{dataframe} com as coordenadas em GMS e as coordenadas em graus 
\end{enumerate}
    decimais calculadas\textbf{Saída}

\begin{itemize}
  \item \texttt{dataframe} com as três colunas contendo os ,,graus", ,,min" e ,,seg" e uma quarta coluna contendo as coordenadas em graus decimais calculadas.
\end{itemize}
      
\textbf{2.Referências}

do Amaral K, Danilewicz D, Zerbini A, Di Beneditto AP, Andriolo A, Alvares DJ, Secchi E, Ferreira E, \emph{et al}. 2018. Reassessment of the franciscana \emph{Pontoporia blainvillei} (Gervais \& d'Orbigny, 1844) distribution and niche characteristics in Brazil. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology (508)1:12. \url{https://doi.org/10.1016/j.jembe.2018.07.010}

Leeney RH, Amies R, Broderick AC, Witt MJ, Loveridge J, Doyle J,Godley BJ. 2008. Spatio-temporal analysis of cetacean strandings and bycatch in a UK Wsheries hotspot. Biodivers Conserv (2008) 17:2323–2338. DOI 10.1007/s10531-008-9377-5





\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}




\textbf{Função dist.costa()}



\lstset{frame=single, language=rsplus}
\begin{lstlisting}

===== Função "dist.costa"===== Autora: Alessandra Rocha

#Carregando os pacotes necessários#
library(sf)
library(tidyverse)
library(mapview)

#criando os objetos x e y#
x<-st_read("drive/pasta do computador/arquivo.shp")
y<-st_read("drive/pasta do computador/arquivo_de_coordenadas.shp")

#####Função#####
dist.costa<-function(x, #objeto contendo a camada vetorial linear de referência 
                     y, #objeto contendo a camada de coordenadas geográficas
                     nboot=1000 #número de simulações, por padrão será 1000 valores simulados
                     ) 
{ 
  #verificando parâmetros#
  if(class(x)!= c("sf", "data.frame") && class(y)!=c("sf", "data.frame"))
  
{stop("o vetor de dados não é da classe sf")} #verificando a classe dos objetos x e y que devem ser "sf" "data.frame"

  if(nboot<=0|as.integer(nboot)!=(nboot)) #verifica se o número de simulações indicado é um número inteiro maior que zero
  
    {
    nboot=1000
    warning("nboot deve ser um número inteiro e maior que zero,
            função rodou com o nboot padrão de 1000 simulações") #se o número em nboot não for inteiro e maior que zero, a função rodará com o número padrão de 1000 valores e mostrará essa mensagem de 'warning'
            
  }
  sn<-readline("quer visualizar o mapa? (s/n)") #pergunta ao usuário, no console, se quer visualizar o mapa ou não
  
  if(sn=="s")#se o usuário quiser visualizar o mapa, deverá digitar a letra "s" no console e a função irá prosseguir
  {  
  #início da função#
  
    w<-mapview(x, color="grey")+y} #gera o mapa
    
  x%>% st_transform(st_crs(5641)) #modifica o Datum do objeto x para UTM,sistema de coordenadas planas, para realizar o cálculo das distâncias em metros
  
  y%>% st_transform(st_crs(5641))#modifica o Datum do objeto y para UTM, sistema de coordenadas planas, para realizar o cálculo das distâncias em metros
  
  dist<- as.data.frame(st_distance(y,x)) #calcula as distâncias e cria um objeto com o data.frame das distâncias
  
  tab<-data.frame(y) #cria um data.frame da camada vetorial y (coordenadas geográficas)
  
  tab.dist<-data.frame(tab,dist) #junta o data.frame com as distâncias e o data.frame com as coordenadas
  
  media.dist<-mean(tab.dist$st_distance.y..x.) #calcula a média das distâncias calculadas 
  
  #preparando para o ciclo for() - bootstrap#
  
  nboot=nboot #atribui o objeto nboot com os valor do padrão ou o valor que o usuário escolher para a simulação do bootstrap
  
  boot.sim<-rep(NA, nboot) #cria um objeto com NAs, de mesmo comprimento que o nboot
  
  boot.sim[1]<-media.dist #coloca na posição 1 do objeto de valores NA, a média das distâncias calculada
  
  for(i in 2:nboot){ #cria um ciclo for() que começa na posição 2, pois na posição 1 já está a média das distâncias 
                      com comprimento nboot
  
    boot.sim[i]<-mean(sample(tab.dist$st_distance.y..x., replace=TRUE))#faz uma amostragem com reposição dos valores de distância encontrados e calcula a média desses valores
    
  }
  
  z<-hist(boot.sim) #gera um histograma com os valores de distância média simulados
  
  abline(v=boot.sim[1], lty=2, col="red") #coloca uma linha tracejada vermelha no histograma, indicando a média da distância dos valores reais
  
  q<-quantile(boot.sim, prob=c(0.05, 0.95)) #calcula os quantis para o intervalo de confiança de 95%
  
  #preparando os resultados da função#
  
  if(sn=="s"){ #se quiser o mapa 
  
    final<-list(tab.dist,z,q, w)} #o objeto 'final' do return conterá o mapa
    
  if(sn=="n"){ #se não quiser o mapa
  
    final<-list(tab.dist,z,q)} #o objeto 'final' do return não retornará o mapa
    
  return(final) #apresenta os resultados do cálculo de distâncias, o histograma de valores simulados com a média da distância de valores calculados e o valor de média dos dados, os quantis do intervalo de confiança do bootstrap e um mapa caso o usuário queira visualizar o mapa.
  
  ####fim da função####
}
\end{lstlisting}



\textbf{Help função dist.costa}

\lstset{frame=single, language=rsplus}
\begin{lstlisting}


dist.costa       package:unkown            R Documentation

Cálculo da distância da costa a partir de coordenadas geográficas de interesse

Description:

Função para calcular distâncias euclideanas entre coordenadas geográficas e um shapefile (camada vetorial linear) de referência. As distânca são calculadas em metros.
A função fornece a opção de um mapa, representando as coordenadas e o shapefile de referência. 
O mapa possui opções de 'layout' no menu do canto esquerdo. Um dataframe contendo as distâncias calculadas é fornecido, assim como a média das distâncias e um histograma contendo valores simulados e o calculo do intervalo de confiança de 95%. A função é especialmente útil para usuários que desejam conhecer distâncias lineares, por exemplo, de pontos (coordenadas geográficas), tomando-se como referência uma linha de costa. 

Usage:

dist.costa (x,y, nboot=1000)

Arguments:

x : objeto da classe "sf" "data.frame"
y : objeto da classe "sf" "data.frame"
nboot=1000: número de simulação para o bootstrap com o padrão de 1000 valores simulados.

Details:

Para usar esta função, os pacotes "sf", "tidyverse" e "mapview" devem estar instalados e carregados. Para ler o shapefile, pode-se usar a função st_read (e.g. Examples). A ordem das variáveis faz diferença, 
sendo a primeira variável(x) o shapefile de referência para o cálculo da distância e a segunda variável (y), o shapefile contendo as coordenadas geográficas
de interesse. O shapefile de referência (x) deve ser uma camada vetorial linear. A função funciona melhor na região da América Latina pois o código EPSG usado é o 5641.
É possível optar pela visualização do mapa ou não. Momentos após o usuário rodar a função, virá a pergunta sobre a visualização do mapa, que deve ser respondida com a letra 's' 
se deseja visualizar o mapa e com a letra 'n' se não deseja visualizar o mapa. A função retorna a distância média, representada por uma linha tracejada, dentro de um histograma de 'nboot' valores médios 
simulados e o intervalo de confiança de 95%, calculados por bootstrap.

Value:

Mapa de visualização contendo a camada com as coordenadas geográficas de interesse e o shapefile de referência. 

Dataframe contendo as distâncias calculadas em unidades métricas.

Histograma contendo a indicação (linha tracejada) da média dos valores das distâncias calculadas, os valores médios simulados de distância e o intervalo de confiança destes valores, calculados por bootstrap. 

Warning:

Se x e y não forem arquivos da classe "sf" "data.frame" a função não é executada.

O mapa só é gerado se o usuário quiser, clicando a letra "s" depois de se executar a função, no console. 

Se o valor escolhido para o nboot não for um número inteiro maior que zero, a função rodará com o número de simulações do padrão da função (1000 valores).

A função funciona melhor e tem bastante utilidade quando se usa uma camada vetorial linear como shapefile de referência.

Author(s):

Alessandra Rocha
email: emaildaalessandra@gmail.com

Examples

linha_costa<-st_read("C:/Users/R/linha_rs.shp")
pontos_n<-st_read("C:/Users/R/linha_rs.shp")

distancias<-dist.costa(linha_costa, pontos_n, nboot=2000) #se quiser 2000 valores simulados no bootstrap

distancias.1<-dista.costa(linha_costa, pontos_n) #se quer utilizar o número de simulações do padrão (1000 valores)
\end{lstlisting}



Link de arquivos para se utilizar como exemplo no help da função 'dist.costa': 

\url{media/bie5782/01_curso_atual/alunos/trabalho_final/emaildaalessandra/arquivos_exemplos_r.rar}








 TaioOlá, Alessandra!A \textbf{proposta B} é simplesmente a aplicação de uma fórmula. Sugiro que vc siga com a \textbf{proposta A} .Lá vai algumas comentários: 
\begin{itemize}
  \item Eu não sei o que é um \textbf{shapefile} nem um código \textbf{EPSG 5641}. Sugiro que você coloque um quadrinho explicativo sobre os conceitos específicos de sua área. Com um quadrinho explicativo, a sua função poderia ser útil para pessoas de outras áreas.  
  \item Eu creio que sua \textbf{proposta A} pode resultar em uma função legal se ela tiver mais opções para o usuário. Por exemplo: e se o usuário querer um mapa com  paletas de cores X ou Y? Ou um mapa com as escalas Z? Ou  usar um shapefile dos formatos X, Y ou Z (não sei se existe)?  
  \item Reveja a página \url{http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:start}. Veja que umas das principais ideias é que sua função seja  \emph{ uma tarefa geral ou aplicável recorrentemente } e que seja \emph{ uma tarefa factível, mas que ao mesmo tempo seja um desafio estimulante e que te tire da zona de conforto! }. 
\end{itemize}
Bom tRabalho ;-)\href{mailto:lucas.ferreira.nascimento@usp.br}{Lucas F. Nascimento (Taio)} Resposta Alessandra RochaOlá Lucas, Obrigada pelas sugestões. Segui com o Plano A. Acho que o cálculo da distância se encaixa em uma tarefa aplicável recorrentemente e expliquei alguns exemplos na contextualização da função. Incluí uma explicação sobre shapefile e o código EPSG. Aprimorei a função, incluindo um ciclo for() para a estimativa de intervalo de confiança da média das distâncias por bootstrap e um histograma com estes valores. Além disso, coloquei uma opção ao usuário para visualizar o mapa gerado ou não. A ideia do mapa é visualizar os pontos e o shapefile de referência. Clicando-se nos pontos, é possível resgatar toda a informação contida neles (função mapview). Eu gostei do trabalho, acho que será bastante útil. Abração! Daqui a pouco vou inserir o 'help' e a função. Obrigada pela ajuda!PS.: minha página está desconfigurando, não sei que está acontecendo. Abraços!}

\end{document}
