\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
\usepackage[unicode]{hyperref}
\usepackage[utf8x]{inputenc}
\usepackage[english]{babel}
\usepackage{listings}
\date{\today}
\title{}
\author{}
\begin{document}



\subsection{\texorpdfstring{multQuantR}{multQuantR}}
\label{sec:multquantr}
\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}

multQuantR <- function(map, amost, raio.esc= NULL, nome.esc= NULL, classe.uso= unique(map@data$Classe)) #1 Cria a função "multQuantR" que contém os argumentos "map", "amost", "raio.esc", "nome.esc" e "classe.uso". 
{
  
  ##VERIFICANDO OS PARÂMETROS
  
  if(class(map)[1] != "SpatialPolygonsDataFrame") #2 O objeto "map" não é um SpatialPolygonsDataFrame?
  {
    stop("O objeto map precisa ser um SpatialPolygonsDataFrame") #3 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  if(!"Classe" %in% colnames(map@data)) #4 O data.frame do objeto "map" não contém uma coluna com o nome "Classe"?
  {
    stop("O data.frame do objeto map precisa ter uma coluna Classe") #5 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  if(class(map@data$Classe) != "character") #6 A coluna "Classe" do data.frame do objeto "map" não pertence à classe "character"?
  {
    stop("O objeto map precisa ter uma coluna Classe da classe character") #7 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  if(class(amost) != "SpatialPointsDataFrame") #8 O objeto "amost" não é um SpatialPointsDataFrame?
  {
    stop("O objeto amost precisa ser um SpatialPointsDataFrame") #9 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  if(!"Amostra" %in% colnames(amost@data)) #10 O data.frame do objeto "amost" não contém uma coluna com o nome "Amostra"?
  {
    stop("O data.frame do objeto amost precisa ter uma coluna Amostra") #11 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  if(class(amost@data$Amostra) != "character") #12 A coluna "Amostra" do data.frame do objeto "amost" não pertence à classe "character"?
  {
    stop("O objeto amost precisa ter uma coluna Amostra da classe character") #13 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  if(map@proj4string@projargs != amost@proj4string@projargs) #14 Os sistemas de coordenadas dos objetos "map" e "amost" não são os mesmos?
  {
    stop("Os sistemas de coordenadas dos objetos map e amost devem ser idênticos") #15 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  if(class(raio.esc) != "numeric") #16 O objeto "raio.esc" não pertence à classe "numeric"?
  {
    stop("O objeto raio.esc precisa ser da classe numeric") #17 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  if(class(nome.esc) != "character") #18 O objeto "nome.esc" não pertence à classe "character"?
  {
    stop("O objeto nome.esc precisa ser da classe character") #19 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  if(class(classe.uso) != "character") #20 O objeto "classe.uso" não pertence à classe "character"?
  {
    stop("O objeto classe.uso precisa ser da classe character") #21 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  
  ##CARREGANDO OS PACOTES NECESSÁRIO
  
  if(sum(installed.packages()[,1] == "rgdal") == 0) #22 O pacote "rgdal" não está instalado?
  {
    stop("Pacote rgdal não encontrado, favor instalar") #23 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  else {require(rgdal)} #24 Do contrário, carrega o pacote "rgdal".
  
  if(sum(installed.packages()[,1] == "rgeos") == 0) #25 O pacote "rgeos" não está instalado?
  {
    stop("Pacote rgeos não encontrado, favor instalar") #26 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário.
  }
  else {require(rgeos)} #27 Do contrário, carrega o pacote "rgeos".
  
  if(sum(installed.packages()[,1] == "raster") == 0) #28 O pacote "raster" não está instalado?
  {
    stop("Pacote raster não encontrado, favor instalar") #29 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário. 
  }
  else {require(raster)} #30 Do contrário, carrega o pacote "raster".
  
  if(sum(installed.packages()[,1] == "reshape") == 0) #31 O pacote "reshape" não está instalado?
  {
    stop("Pacote reshape não encontrado, favor instalar") #32 Se for verdade, interrompe a função e exibe a mensagem ao usuário. 
  }
  else {require(reshape)} #33 Do contrário, carrega o pacote "reshape".
  
  
  ##INICIANDO A CRIAÇÃO DA FUNÇÃO
  map <- map[map@data$Classe %in% classe.uso,] #34 Selecionando as classes de cobertura definidas pelo usuário.
  lista <- list() #35 Cria uma lista vazia.
  
  ##QUANTIFICAÇÃO DA ÁREA OCUPADA PELAS CLASSE DE USO DO SOLO EM TORNO DAS UNIDADES AMOSTRAIS
  for(i in 1:length(raio.esc)) #36 Inicia um "looping" por meio da função "for" com contador i que vai de 1 até o comprimento do vetor "raio.esc".   
  {
    buf <- buffer(amost, width= raio.esc[i], dissolve=F) #37  Cria "buffers" circulares em torno das unidades amostrais (objeto amost) com raio igual à posição i do vetor "raio.esc". 
    inters <- intersect(map, buf) #38 Cria um novo SpatialPolygonsDataFrame contendo a intersecção do mapa de cobertura com os "buffers" circulares.
    inters$Area_ha <- round((area(inters) / 10000), 2) #39 Calcula a área em hectares ocupada por cada polígono contido no objeto "inters" e armazena na coluna "Area_ha".
    sum.area <- aggregate(Area_ha ~ Classe + Amostra, inters, FUN= sum) #40 Agrega por soma a área dos polígonos (coluna Area_ha) do objeto inters em função das classes de cobertura do solo (coluna Classe) e das unidades amostrais (coluna Amostra).
    df.melt <- melt(sum.area, id.var=c("Amostra", "Classe"), measure.var="Area_ha") #41 Transforma a coluna "Area_ha" do objeto "sum.area" nas colunas "variable" (nome original da coluna; "Area_ha") e "value" (valor de área de cada polígono). 
    df.cast <- cast(df.melt, Amostra ~ Classe, fun.aggregate = sum) #42  Remodela o objeto "df.melt" de maneira que cada unidade amostral (linhas) receba a soma da área de suas respectivas classes de cobertura (colunas). 
    colnames(df.cast)[-1] <- paste(colnames(df.cast)[-1], nome.esc[i], sep = "_") #43 Adiciona em todas as colunas, exceto na primeira ("Amostra"), o nome da escala espacial presente na posição i do vetor "nome.esc". 
    
    lista[[i]] <- df.cast #44 Salva cada data.frame df.cast na posição i do objeto "lista". 
    
  } #45 Termina o "looping" criado pela função "for" após executar os i ciclos.
  
  lista[[1+length(raio.esc)]] <- amost@data["Amostra"] #46 Adiciona, no final do objeto "lista", um data.frame contendo o nome de todas as unidades amostrais (coluna "Amostra"). 
  
  df.merg <- merge_recurse(lista) #47 Mescla recursivamente todos os data.frames do objeto "lista" com base no nome das unidades amostrais (coluna "Amostra"; única coluna comum a todos os data.frames).
  df.merg.lin.ord <- df.merg[order(df.merg$Amostra),] #48 Reordena alfabeticamente as linhas do objeto "df.merg" com base no nome das unidades amostrais (coluna "Amostra").
  df.merg.col.sort <- df.merg.lin.ord[, c(colnames(df.merg.lin.ord)[1], sort(colnames(df.merg.lin.ord)[-1]))] #49 Reordena alfabeticamente as colunas do objeto "df.merg.lin.ord", mantendo a coluna "Amostra" na primeira posição.
  df.merg.col.sort[is.na(df.merg.col.sort)] <- 0 #50 Substitui todos os NAs do objeto "df.merg.col.sort" por zero (0). Isso é necessário porque dependendo do tamanho da escala e do local do mapa de cobertura, pode ser que não
                                                 #haja polígonos de alguma classe de interesse. Logo, não haverá valor de área para essas unidades amostrais em relação à essas classes e a função merge_recurse adicionará NAs.
  
  return(df.merg.col.sort) #51 Retorna o objeto "df.merg.col.sort" contendo o cálculo de área para cada classe de cobertura e escala espacial de interesse.
  
} #52 Termina a função multQuantR.
\end{lstlisting}



\end{document}
