\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\lstset{frame=single}
\begin{lstlisting}


dens.flux                package:unknown                R Documentation

Calcular a densidade de organismos

  
Description:
  
  Calcular a densidade de organismos a partir dos valores de abundância de cada espécie nas amostras, informações do fluxômetro e da rede de coleta utilizada. 
  
Usage:
  
  dens.flux(df,df2,graphic= TRUE) 
  
Arguments:
  
  df: um data frame com as informações do número da amostra, nome da espécie e abundância.
  
  df2: um data frame com as informações do número da amostra, número inicial de rotações do fluxômetro, número final de rotações do fluxômetro,
  área da rede de coleta (em m²) e fator de aferição do fluxômetro.
  
  graphic: valor lógico que indica se o gráfico da média de densidade por amostras deve ser plotado ou não. Se não houver a indicação, o gráfico é plotado.
  
Details:
  
  As colunas de "df" devem seguir a ordem: número da amostra, nome da espécie e abundância.
  As colunas de "df2" devem seguir a ordem: número da amostra, número inicial de rotações do fluxômetro, número final de rotações do fluxômetro,
  área da rede de coleta (em m²) e fator de aferição do fluxômetro.     
  Em cada amostra, não deve ter mais de uma espécie com o mesmo nome. 
  O número de amostras nos data frames deve ser o mesmo.
  
Value:
  
  O data frame inicial "df" contendo uma nova coluna com os valores calculados de densidade por espécie em cada amostra.

Warning:
  
  Os argumentos df e df2 precisam ser data frames para que a função execute. 
  Os dados de cada coluna precisam estar na ordem mencionada e não devem conter colunas a mais.
  As colunas não precisam ter nomes específicos, porém, se a primeira coluna de ambos não for nomeada de "Amostras", a função fará isso automaticamente. 
  Se houver espécie repetida em uma mesma amostra, a função não executará e retornará mensagem de erro indicando a amostra em que ocorre repetição.
  Linhas contendo NAs nos data frames serão ocultadas.

Author:
  
 Patrícia Coutinho Müller
 pmuller@usp.br 

Examples:
  
  #gerar dados:
  
  amostras<- c(1,1,2,2,2,3,3)
  especies<- c("sp1","sp2","sp1", "sp2", "sp3", "sp1", "sp2")
  abundancia<-c(5,15,20,25,30,40,45)
  data1<- data.frame(amostras,especies,abundancia)
  
  amostras<-c(1,2,3)
  Ri<-c(100, 160, 180)
  Rf<-c(150, 170,220)
  A<-c(2,3,2)
  C<-c(1,1,1)
  data2<-data.frame(amostras,Ri,Rf,A,C)
  
  #aplicar a função (plotar gráfico)
  dens.flux(data1,data2, graphic=T)
  
  #gerar dados:
  
  amostras<- c(1,1,1,1,2,2,2,3,3,4,4,4,5,5,5,5,6,6,6,6,7,7,7,8,8,9,9)
  especies<- c("sp1","sp2","sp3","sp4","sp1", "sp2", "sp3", "sp1", "sp2", "sp1","sp2","sp3","sp1","sp2","sp3","sp4","sp1","sp2","sp3",  "sp4","sp1","sp2","sp3","sp1","sp2","sp1","sp2")
  abundancia<-c(5,3,5,2,5,3,3,1,20,3,14,5,28,9,26,3,7,9,4,6,7,3,6,9,1,2,1)
  exe1<- data.frame(amostras,especies,abundancia)
  
  amostras<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9)
  Ri<-c(100, 160, 180, 250,310,400,590,800,920)
  Rf<-c(150, 170,220,300,380,500,650,910,990)
  A<-c(2,3,2,4,1,4,2,3,1)
  C<-c(1,1,1,1.5,1.5,1.5,1.5,1,1)
  exe2<-data.frame(amostras,Ri,Rf,A,C)
  
  #aplicar a função (não plotar gráfico):
  dens.flux(exe1,exe2,graphic=F)
  
 \end{lstlisting}



\end{document}
