Curso IBUSP - 2025

Veja as informações sobre a matrícula antes de consultar os professores. Em 2025, o curso será oferecido no período de 05 de agosto a 25 de novembro. As aulas presenciais acontecerão nas terças-feiras das 9:00 às 17:00h. O curso não terá atividades durante o recesso da semana da pátria (01 a 07 de setembro) e da Semana Temática da Biologia (06 a 10 de outubro).

Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências e pelo programa de Pós-Graduação em Recursos Florestais da ESALQ, ambos da Universidade de São Paulo.

Estrutura do curso

O curso é baseado em 11 tópicos, para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades:

1. Aula introdutória: encontro com aula expositiva ao vivo introduzindo o tópico ou parte dele. Para a unidade que não terá a aula presencial, ela será transmitida online via uma sala do Google Meet ou pelo canal do youtube como live. 2. Tutorial: roteiro autoexplicativo com atividades associadas ao tema, acompanhado de videoaulas de 30'. Essa atividade será assistida pelos monitores e professores em um esquema de revezamento, tanto pelo Fórum discoRd no moodle do e-disciplinas como presencialmente em cada unidade. 3. Apostila online: material complementar ao tópico que deve ser lido e exercitado. Fazer as atividades da apostila ajuda muito na fixação e complementação da linguagem. 4. Exercícios: exercícios que serão submetidos à plataforma notaR, um sistema de correção automática de exercícios e gerenciamento de notas, criado especialmente para esta disciplina. 5. Fechamento do tópico : atividade de duração de cerca de uma hora e meia, mediada pela equipe da disciplina, para tirar dúvidas gerais e fazer um fechamento do tema tratado.

Matricula Veja informações em: matrícula.

Informações Gerais

Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia e graduação em Biologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.

Professores Responsáveis

Alexandre Adalardo de Oliveira, Lab. Ecologia de Florestas Tropicais LABTROP - IBUSP (adalardo@usp.br)

Ana Paula Aprigio Assis, Departamento de Genética e Biologia Evolutiva (paulaaprigio@usp.br).

Professores Colaboradores

Paulo Inácio K. L. Prado, Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP (prado@ib.usp.br)

João Paulo dos Santos Vieira de Alencar, Pós-doutorando da Universidade Federal do ABC (joaopaulo.valencar@gmail.com)

Coordenação notaR

Andre Chalom

Mali Salles malicsalles@gmail.com

Monitores

Luciana de Oliveira Furtado lucianafurtado@usp.br,

Luisa Truffi de Oliveira Costa luisa.truffi.costa@usp.br,

Mariella Butti de Freitas Guilherme mbutti@usp.br,

Wellen Cristina Alves Bezerra wellen@ib.usp.br,

Locais das aulas

Aulas presenciais: IBUSP (Sala Multimídia 1 do Centro Didático1) fique atento ao cronograma pode haver alteração de salas )

Aulas e atendimento remoto: wiki e Fórum discoRd da disciplina

Avaliação

Nota Final

* 80% nota = média dos exercícios de tópicos2) veja cálculo no quadro abaixo

* 20% nota = média da lista final de exercícios

Cálculo da nota dos exercícios de tópicos Média final: exclui o tópico com menor nota média ponderada dos tópicos restantes

notaFinal <- 0.8 * sum(notaTopicos[- which.min(notaTopicos)]) + 0.2 * notaLista

Programação

Agosto 2025
Data	Período	Local	Assunto	Instrutor(es)
05/08	9:00-12:00	Multimídia 1	Introdução ao curso	Alexandre
05/08	14:00-17:00	Multimídia 1	Bases da linguagem R	Equipe
12/08	9:00-12:00	Multimídia 1	Ambiente de Programação	Alexandre
12/08	14:00-17:00	Multimídia 1	Ambiente Programação R	Equipe
19/08	9:00-12:00	Multimídia 1	Aula: Funções Matemáticas	Alexandre
19/08	14:00-17:00	Multimídia 1	Tutorial de Funções Matemáticas	Equipe
26/08	09:00-12:00	Multimídia 1	Aula Leitura e Manipulação de Dados	Alexandre
26/08	14:00-17:00	Multimídia 1	Tutorial Leitura e Manipulação de Dados	Equipe
Setembro 2025
Data	Período	Local	Assunto	Instrutor(es)
02/09	09:00-17:00	Descansem	Semana da Pátria	Todxs
09/09	09:00-10:30	Multimídia 1	Análise Exploratória de Dados (AED)	Alexandre
09/09	14:00-17:00	Multimídia 1	Tutorial AED	Equipe
16/09	09:00-12:00	Multimídia 1	Aula Gráficos I	Alexandre
16/09	14:00-17:00	Multimídia 1	Tutorial de Gráficos I	Equipe
23/09	09:00-12:00	Multimídia 1	Aula Gráficos II	Alexandre
23/09	14:00-17:00	Multimídia 1	Tutorial Gráficos II	Equipe
30/09	09:00-17:00	Multimídia 1	Aula e tutorial teste de Significância	Equipe
Outubro 2025
Data	Período	Local	Assunto	Instrutor(es)
07/10	09:00-17:00	Não haverá aula	Semana Temática da Biologia
14/10	09:00-17:00	Multimídia 1	Aula e Tutorial teste de Significância II
21/10	09:00-17:00	Multimídia 1	Plantão de dúvidas	Equipe
28/10	09:00-17:00	Não haverá aula	Feriado
Novembro 2025
Data	Período	Local	Assunto	Instrutor(es)
04/11	09:00-12:00	Multimídia 1	Aula de Modelos Lineares	Alexandre
04/11	14:00-17:00	Multimídia 1	Tutorial de Modelos Lineares	Equipe
11/11	09:00-12:00	Multimídia 1	Aula Reamostragem	Alexandre
11/11	14:00-17:00	Multimídia 1	Tutorial Reamostragem	Equipe
18/11	9:00-12:00	Multimídia 1	Aula Funções	Alexandre
18/11	14:00-17:00	Multimídia 1	Tutorial Funções	Equipe
25/11	9:00-12:00	Multimídia 1	Dúvidas Funções & oRganizaR	Alexandre
25/11	14:00-17:00	Multimídia 1	expRessão RegulaR	Equipe
25/11	14:00-17:00	Multimídia 1	oRganizaR	Equipe
25/11 - 02/12	Fórum	Lista de Exercícios Finais (obrigatórios)	Atendimento pela Equipe

Bibliografia Básica

A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante. Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de programação em R no Coursera oferecido pela Johns Hopkins University.

Livros

William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002. Conhecido na comunidade R como “The Book”, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o MASS3) este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN , que faz parte da instalação básica do R. Visite o site do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002. Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, car, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o site do livro.

John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005. Derivado de manual disponível gratuitamente no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o site do livro, e o pacote usingR.

Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007. Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o site do livro.

Documentação On Line

NOTA: Selecionamos aqui alguns manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção Contributed Documentation do site do R.

Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team An Introduction to R. Manual online. Manual oficial de introdução ao R.

Carlos Alzola and Frank E. Harrell An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries” O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

Petra Kuhnert and Bill Venables An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing. Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

Alex Douglas, Deon Roos, Francesca Mancini, Ana Couto and David Lusseau An Introduction to R. Apostila introdutória com alguns outros assuntos além o R, como versionamento via git.

Veja também

Duas dicas do monitor Vitor Rios:

Beginner's guide to R - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online ComputerWorld. Um guia compacto sobre tópicos básicos.

Advanced R. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do público alvo, pelo autor: “The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language.”

Outros Recursos

swiRl: pacote com curso interativo no próprio console do R.

Taskviews: são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no CRAN4) Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R . Para nossa área, p.ex, há os views Environmetrics, Multivariate, Genetics, Spatial. Todo espelho de CRAN mantém uma cópia dos taskviews. Para o espelho da FMV-USP o link é http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/.

The R Journal: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.

Journal of Statistical Software: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre uso do R em ecologia, e outro sobre análises de redes (com ênfase para dados de ciências sociais).

Quick R, de Rob Kabakoff: um guia rápido on line muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.

The R Wikibook: manual muito completo na coleção de Wiki Books.