====== Course Material ======

===== 1a. Aula =====
Local da aula: Sala Multimídia do Centro Didático

==== Apresentações ====
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{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:day_1_am_intro_to_bayes.pptx|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:day_1_pm_statistical_distributions.pptx|}}


==== Arquivos para aula prática ====
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{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:lab_1_probability_2015.txt|Respostas dos exercícios}}

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==== Material para leitura ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:chapter_4_bolker_2007_probability.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:moment_matching_from_hobbs_and_hooten.pdf|}}

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===== 2a. Aula =====
Local da aula: Sala de Anatomia do Centro Didático

==== Apresentações ====
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{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:beans_in_a_can.ppt|}}

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{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:day_2_pm_bayes_made_simple.pptx|}}
==== Arquivos para aula prática ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:lab_2_likelihood_mle.pdf|}}

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{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:reef_fish.txt|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:lab_2_likelihood.r|Solução dos exercícios de likelihood}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:lab_bayes_law.r|Solução dos exercícios de Bayes}}
==== Material para leitura ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:canham_et_al_2001_windthrow_cjfr.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:clark_ecol_letters_2005.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:chapter_6_bolker_2007_likelihood.pdf|}}

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===== 3a. Aula =====
Local da aula: Sala Multimídia do Centro Didático

==== Apresentações ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:day_3_am_priors_and_conjugacy.pptx|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:day_3_pm_mcmc.pptx|}}

==== Arquivos para aula prática ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:lab_5_mcmc.pdf|}}

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{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:exercise_1_metropolis_3_parameters_normal_with_product_likelihood_decomp_model.r|Respostas exercício 1}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:exercise_2_metropolis_beta_3_parameters_with_log_likelihood.r|Respostas exercício 2}}
==== Material para leitura ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:link_et_al_2002.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:moment-matching-from-hobbs-and-hooten.pdf|}}

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===== 4a. Aula =====
Local da aula: Sala Multimídia do Centro Didático

==== Apresentações ====

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:day_4_am_jags_intro.pptx|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:day_4_pm_bayesian_regression.pptx|}}
==== Arquivos para aula prática ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:logistic-data-ii.csv|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:fertility_data.csv|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:island-data.csv|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:jags-functions-and-distributions.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:jags_manual_pop_example_2014.r|}}

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{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:logistic_example_jags.r|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:lab_6_using_jags.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:islands_2014.r|Resposta exercício 2}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:island_jags.r|Jags model exercício 2}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:exercise_1_logistic_example_centered_2014.r|Resposta exercício 1}}


==== Material para leitura ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:a_primer_on_jags_for_ecological_modelers_2014.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:bolker_et_al._2009.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:nagawaka_and_schielteze_2013_mee_r2_lmer.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:schielzeth_2010_standardizing_covariates.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:gelman_hill2007_data_analysis_using_regression_and_multilevel-hierarchical_models.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:jags_user_manual.pdf|}}
===== 5a. Aula =====
Local da aula: Sala de Anatomia do Centro Didático
==== Apresentações ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:day_5_am_hierarchical_models.pptx|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:day_5_pm_model_evaluation_and_selection_2014.pptx|}}
==== Arquivos para aula prática ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:invasive_count_data.csv|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:invasive_road_data.csv|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:lab_7_hierarchical_modeling_in_jags.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:exercise_1_invasive_species_complete.r|Resposta do exercício hierarchical model}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:invasive_jags.r|Jags Model - hierarchical modeling}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:lab_8_evaluation.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:call_ticks.r|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:invasive_jags_post_predchecks.r| Jags Model - Model evaluation}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:invasive_posterior_predcheck.r| Resposta do exercício model evaluation}}


==== Material para leitura ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:carlin_chp1_hbbook_2006.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:cressie-et-al1.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:gelfand_biometrika_1998.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:gelman_and_rubin_avoiding_model_selection.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:gelman_exp_data_analyses.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:gelman_pardoe_pred_checks.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:gelman_2004_jcgs_exp_data_analyses.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:gelman_bayesanalysis_2006.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:gelman_jasa_2004.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:hobbs_et_al._2012_ecology.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:hooten_and_hobbs_2014_ecolmon.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:kass_statistician_1993_bayesfactors.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:link_ecology_2006.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:linkbarker_2006.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:ogle_newphyt_2009.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:price_ecolett_2009.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:spiegelhalter_jroystatsoc_2002_dic.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:shmueli_2010_to_explain_or_to_predict.pdf|}}


===== 6a. Aula =====
Local da aula: Auditório 1 do Centro Didático
==== Apresentações ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:occupancy_models._2014.pptx|}}
==== Arquivos para aula prática ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:lab_occupancy_models.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:willow-tit-with-detection_p-data.csv|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:willow_tit_conditioning_and_model.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:willow_tit_code_scaled_final.r|Resposta do Exercício}}
==== Material para leitura ====
{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:calder-et-al.-2003.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:chen_et_al._2012_.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:chen_et_al_appendix.pdf|}}

{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:gilksrobertschapter.pdf|}}

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{{:bie5782:00_curso_avancado:uriarte:patrick_pce_2009.pdf|}}