====== Curso Natal 2013 ====== Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação de nossa disciplina, ministrada entre 4 e 8 de fevereiro de 2013 na Universidade Federal do Rio Grande do Norte, e outras informações importantes. Fique atento, há algumas atividades prévias a cumprir antes do início das aulas, veja [[bie5782:01_curso_atual:pre_curso|]]. Veja as atividades preparatórias que devem ser realizadas antes do curso [[bie5782:01_curso_atual:pre_curso|]] ===== Informações Gerais ===== Disciplina oferecida pelo Programa de Pos-graduação em ecologia da UFRN, baseada em disciplina do programa de Ecologia da USP. Nessa versão a disciplina será concentrada em uma semana, portanto para que os alunos tirem o máximo de proveito é necessário que se programem para uma dedicação intensa e integral à disciplina. ==== Objetivos ==== O curso foi criado e é mantido por um grupo de professores que compartilham o entusiasmo pelo ambiente R, por propiciar um uso mais crítico da estatística na pesquisa científica. O objetivo amplo deste grupo é divulgar o ambiente R para estudantes da ecologia e áreas afins, como maneira de fomentar este uso crítico. O foco do curso é a introdução à estrutura e uso da linguagem. É inevitável abordar alguns conceitos estatísticos, mas este é um curso do uso da linguagem R, e não sobre estatística, considerada básica para pós-graduandos da área. Para maiores informações veja a página de introdução geral do [[bie5782:start|WIKI]] ==== Professores ==== * [[http://ecologia.ib.usp.br/labtrop|Alexandre Adalardo de Oliveira]], Lab. Ecologia de Florestas Tropicais //LABTROP// - IBUSP (adalardo@usp.br) * Camila de Toledo Castanho - IBUSP (ctcastanho@gmail.com) ==== Monitores ==== Geralmente contamos com um grupo grande de monitores que auxiliam os professores principalmente no atendimento aos alunos durante os tutoriais e exercícios. O aprendizado de uma linguagem é um trabalho árduo, principalmente no início, ainda mais em um linguagem lógica em que uma vírgula a mais pode tornar uma sintaxe completamente sem sentido. Como esses monitores não puderam estar presentes nessa versão, muitos deles se dispuseram a tirar dúvidas dos alunos pelo nosso fórum. Portanto, tentaremos manter um rodízio de atendimento online através desse canal, durante o curso. * André Chalom - PG Bioinformática, IME -USP * Daniel Caetano - LAGE, IB - USP * Diogo Melo - PG Genética, IB - USP * Fernando Rossine - PG Ecologia, IB - USP * Gustavo Burin - PG Botânica, IB - USP * Marcelo Awade - PG Ecologia, IB - USP * Sara Mortara - PG Ecologia, IB - USP ==== Período e Horários==== * Disciplina condensada, 04 a 08 de fevereiro de 2013. * Aulas manhã das 8:30-12:30 h e tardes das 14:00- 17:30 h. * Atendimento //online// pelo [[http://bie5782.138098.n3.nabble.com/|forum]] 9:00-18:00 horas. ==== Locais das aulas ==== ==Aulas Teóricas== ==Exercícios práticos== **Traga um //notebook// com o R instalado** veja as [[http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=bie5782:01_curso_atual:pre_curso|atividades preparatórias]]. ===== Programação ===== * Faça as [[bie5782:01_curso_atual:pre_curso|Atividades Preparatórias]] antes do primeiro dia de aula. * A disciplina consiste de aulas teóricas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores. * Os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo [[http://bie5782.138098.n3.nabble.com/|Forum online]]. ^Primeira Semana^^^^^ ^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^ |04 fev|8:30-10:00| PG-UFRN|Filosofia e histórico da linguagem R, Introdução à linguagem R |Alexandre| |04 fev|10:30-12:30|PG-UFRN |Tira-dúvidas dos Tutoriais de introdução ao R |Professores| |04 fev|14:00-15:30|PG-UFRN |Funções matemáticas e estatísticas no R |Alexandre & Camila| |04 fev |16:00-18:00 |PG-UFRN |Tutorial de Funções | Camila | |05 fev |8:30-9:30|PG-UFRN |Tira Dúvidas Funções Matemáticas |Alexandre & Camila | |05 fev |9:30-12:30|PG-UFRN |Leitura e Manipulação de Dados |Alexandre | |05 fev |14:00-18:00 |PG-UFRN |Tutorial Manipulação de dados |Professores/Monitores| |05 fev |8:30-9:30|PG-UFRN |Tira Dúvidas Manipulação de Dados |Alexandre & Camila| |05 fev |9:30-12:30|PG-UFRN |Análise Exploratória de Dados |Alexandre | |05 fev |14:00-18:00|PG-UFRN |Tutorial Análise Exploratória de Dados |Monitores | |06 fev |8:30-9:30|PG-UFRN |Tira Dúvidas Análise Exploratória de Dados |Alexandre & Camila | |06 fev |9:30-12:30|PG-UFRN | Gráficos |Alexandre| |06 fev |14:00-18:00 |PG-UFRN |Tutorial Gráficos |Monitores | |07 fev |8:30-9:30|PG-UFRN | Tira Dúvidas Gráficos |Alexandre & Camila | |07 fev |9:30-12:30|PG-UFRN | Testes de significância |Alexandre| |07 fev |14:00-18:00 |PG-UFRN |Tutorial Testes de significância |Monitores | |08 fev |8:30-9:30|PG-UFRN | Tira Dúvidas Testes de significância |Alexandre & Camila | |08 fev |9:30-12:30|PG-UFRN | Simulações e Noções de Programação |Alexandre| |08 fev |14:00-18:00 |PG-UFRN |Tutorial Simulações e Programação |Monitores | ===== Bibliografia Básica===== ==== Livros ==== **William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.** Conhecido na comunidade R como //"The Book"//, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o ''MASS''((este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN)), que faz parte da instalação básica do R. Visite o [[http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/|site]] do livro para atualizações, exercícios e muito mais. **John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.** Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, ''car'', tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html|site]] do livro. **John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.** Derivado de manual [[http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf|disponível gratuitamente]] no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o [[http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/|site]] do livro, e o pacote **usingR**. **Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.** Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o [[http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/|site]] do livro. ==== Documentação On Line ==== **NOTA:** Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção [[http://cran.r-project.org/other-docs.html|Contributed Documentation]] do site do R. **Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team ** [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf|An Introduction to R. Manual online]]. Manual oficial de introdução ao R. **Carlos Alzola and Frank E. Harrell [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf|An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries]]” ** O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S. **Petra Kuhnert and Bill Venables [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip|An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing]].** Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados. ==== Outros Recursos ==== * **//Taskviews//**: São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Para nossa área, p.ex, há os //views// //Environmetrics//, //Multivariate//, //Genetics//, //Spatial//. Todo espelho de [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]] mantém uma cópia dos //taskviews//. Para o espelho da FMV-USP o link é [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/]]. * [[http://crantastic.org/|CRANTASTIC!]]: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as **taskviews**, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R. * [[http://journal.r-project.org/|The R Journal]]: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas. * [[http://www.jstatsoft.org|Journal of Statistical Software]]: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre [[http://www.jstatsoft.org/v22|uso do R em ecologia]], e outro sobre [[http://www.jstatsoft.org/v24|análises de redes]] (com ênfase para dados de ciências sociais). * [[http://www.statmethods.net/index.html|Quick R]], de Rob Kabakoff: um guia rápido //on line// muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos. * [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|The R Wikibook]]: manual muito completo na coleção de [[http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page|Wiki Books]].