explor.an packages: MASS, vegan R Documentation Função que realiza um conjunto de análises exploratórias a partir de dados quantitativos das espécies por paisagem e do gradiente numérico das variáveis ambientais. Description: Produz um data frame com o número total de indivíduos por paisagem, o número de espécies/paisagem e as proporções de indivíduos e espécies por paisagem - que pode ser escrito como um arquivo 'csv' no diretório de trabalho. A função também resulta em um gráfico da distribuição da abundância ponderada das espécies de acordo com o gradiente da variável selecionada pel@ usuári@ das paisagens. Usage: explor.an(x, y, tabela=TRUE, graph=TRUE) Arguments: x: data frame com dados numéricos do número de espécies. y: data frame com dados numéricos do gradiente da variável ambiental. tabela: cria arquivo csv no diretório de trabalho. graph: cria o gráfico de distribuição de espécies Details: Os valores da amostra (x) são ordenados e plotados contra os quantis esperados para uma distribuição normal com média e desvio padrão iguais aos da amostra. A linha esperada tem inclinação um e intercepto zero, e difere da obtida com a função 'qqline', que passa pelos segundo e terceiro quartis. Para o intervalo de confiança, nrep amostras de mesmo tamanho de x são simuladas de uma distribuição normal de mesma média e variância de x. Os valores em cada amostra simulada são ordenados e o intervalo de confiança é aquele que inclui a proporção dos valores simulados definida por alfa. Estes intervalos são obtidos aplicando-se a função 'quantile' aos nrep valores simulados do primeiro, segundo, terceiro, enésimo valor do vetor ordenado. Value: Um gráfico é gerado. Um data frame é retornado mas não é exibido na tela, com os seguintes vetores: Obs : valores da amostra em ordem crescente Percentis: os percentis correspondentes a cada elemento de x Quantis: os quantis esperados pela distribuição normal Lower, Upper: se o argumento ci é verdadeiro, os limites inferior e superior do intervalo de confiança simulado. Warning: O intervalo simulado não é uma solução analítica e serve apenas para fins exploratórios. Author(s): Pâmela Friedemann pfriedemann@usp.br References: Cleveland, W.S. (1994) The Elements of Graphing Data, Hobart Press ISBN 0-9634884-1-4 Wilk, M.B., Gnanadesikan, R. (1968) Probability plotting methods for the analysis of data. Normal probability plot. http://en.wikipedia.org/wiki/Normal_probability_plot See Also: 'qqnorm' e 'qqline' do pacote base, para o gráfico de quantil padrão do R, e a função 'ppoints', com a qual os percentis são calculados. Examples: qqnorm.ci(rnorm(100)) ## Uma amostra de uma normal padronizada. qqnorm.ci(rexp(100, rate=10)) ## Amostra de uma distribuição exponencial com média =10 valores <- qqnorm(rpois(30,5)) ## Cria um objeto com os valores do gráfico