{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:ptdc0208.jpg_200.jpg?200|}}
====== Rafaella Sávia Monteiro ======

Mestranda em Biologia (Genética), Departamento de Genética e Biologia Evolutiva da USP

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:exercicio1rafaella.r|F}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:exercicio2rafaella.r|F}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:exercicio3rafaella.r|F}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:exercicio4rafaellaf.r|F}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:exercicio5frafaella.r|F}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:exercicio6frafaella.r|F}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:exercicio7rafaella.r|F}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:exercicio9ou8rafaella.r|F}}


PROJETO DE MESTRADO: isolar e genotipar microssatélites de ararinha-azul (Cyanopsitta spixii), uma ave endêmica do nordeste brasileiro e considerada extinta na natureza. Espera-se identificar os indivíduos com menor similaridade genética para indicar melhores pares reprodutivos em cativeiro, evitando o efeito da endogamia e a perda de diversidade genética.

PLANO A

Objetivo: Criar uma função que escolha os melhores casais reprodutivos ao cruzar os dados, tendo em vista, o maior índice de heterozigose (menor compartilhamento de alelos) com a menor similaridade genética, e, preferencialmente em indivíduos presentes no mesmo local (cativeiro) e com registros de sucesso reprodutivo! 
Justificativa: psitacídeos em geral apresentam comportamento de forte preferência individual por parceiros e há aves fisicamente impossibilitadas de se reproduzir, o que nem sempre permite estabelecer os melhores pareamentos genéticos. Além disso, o Instituto Chico Mendes de conservação da biodiversidade (ICMBio)  escolhe os pareamentos que serão realizados de acordo não somente com os dados genéticos, mas também seguindo recomendações clínicas e comportamentais. Essa função será útil para outros aconselhamentos de reproduções em cativeiro!
Metodologia: os dados de similaridade simples e índice r serão retirados do programa Relatedness em forma de matriz; outra matriz deve ser feita para identificar casais que tiveram ou não filhotes ou que não foram testados, e ainda dados sobre presença ou não no mesmo cativeiro e se está em condições ou não de se reproduzir! 


PLANO B

Fazer uma função para identificar microssatélites em uma sequencia compactada no software R. Utilizar o pacote “adegenet” que compacta os dados de sequencia de DNA, reduzindo o espaço ocupado na memória RAM. Existem funções para identificar SNPs, mas não sei se há para identificar microssatélites, que são regiões com repetições em tandem.

===== Comentários da proposta (Leo) =====

As duas propostas soam interessante. A primeira poderia ser simplificada inicialmente, por exemplo, comparando somente duas matrizes (uma de similaridade genética e outra de distância entre os indivíduos). Você poderia tentar fazer, por exemplo, uma função que te retorne pareamentos preferenciais baseados na menor distância e menor similaridade genética entre o casal. Enfim, sugiro simplificar um pouco para a proposta final, e depois você pode ir adicionando complexidade (mais matrizes) e critérios/variáveis para entrar na escolha dos parceiros.

A segunda proposta também parece factível e útil. Entretanto, deves definir melhor quais são as tarefas que ela executará e como. O objetivo das duas está claro, mas falta definir claramente as entradas e saídas das duas funções para que você avalie qual o tamanho do desafio. Este desafio deve caber no prazo estipulado para entrega da avaliação.


[[.:exec]]

=====  Trabalho final =====

## Funcao bestcouple ##
##Rafaella Savia Monteiro##


bestcouple <- function(reproductive.sucess, genetic.similarity, same.captive)

                                    {
reproductive.sucess==1-> first

reproductive.sucess== 0 & genetic.similarity <= 0.350 ->second

reproductive.sucess== 0 & genetic.similarity >0.350 & same.captive=="TRUE"-> third

reproductive.sucess== 0 & genetic.similarity >0.350 & same.captive=="FALSE"-> forth

reproductive.sucess== -1-> last 
  
position1<- which (first)

position2<- which (second)

position3<- which (third)

position4<- which (forth)

position5<- which (last)

ranking<- c (position1, position2, position3, position4, position5)

return (ranking)
			}


{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:reproductive.sucess.txt|exemplo sucesso}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:genetic.similarity.txt|exemplo similaridade}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:same.captive.txt|exemplo cativeiro}}

{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:bestcouplefinal.r|Codigo funcao}}
{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:rafaellasavia:help_best_couple.r|Help funcao bestcouple}}

----