====== Curso 2010 ====== Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação de nossa disciplina, ministrada em março de 2010 no Instituto de Biocências da USP, e outras informações importantes. Além disto, há algumas atividades prévias a cumprir antes do início das aulas. **INICIO DO CURSO** Faça as atividades preparatórias!!! [[bie5782:01_curso_atual:pre_curso|Atividades Preparatórias]] ** Notas finais ** {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:final.res.pdf|}} ===== Informações Gerais ===== Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo ==== Professores ==== * [[http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start|Paulo Inácio K. L. Prado]], Grupo de Ecologia Teórica-IB (prado@ib.usp.br) * [[http://ecologia.ib.usp.br/labtrop|Alexandre Adalardo de Oliveira]], Lab. Ecologia de Florestas Tropicais //LABTROP// - IBUSP (adalardo@usp.br) * [[http://sites.ffclrp.usp.br/ficus/equipe.htm|Rodrigo Augusto Santinelo Pereira]], Laboratório de Biologia Reprodutiva de Ficus, FFCLRP - USP. (raspereira@yahoo.com.br) ==== Monitores ==== * Barbara Henning - PG Ecologia, IB-USP * Fábio Machado - PG Zoologia, MZUSP * Guilherme Garcia - PG Genética, IB-USP * Gustavo Burin Ferreira - PG Botânica, IB-USP * Tatiana Hideko Kawamoto - PG Fisiologia, IB-USP ==== Período e Horários==== * Disciplina condensada, 08 a 26 de março de 2010 * Aulas teóricas de segunda a sexta pelas manhãs, das 8:30-12:30 . * Laboratório de informática: tutorial das 14:00-15:30, exercícios das 16:00-18:00 ==== Locais das aulas ==== As aulas ocorrerão em diferentes salas do Instituto de Biociências da USP, esteja atento(a) ao programa abaixo. O **//Laboratório Multimídia//** fica no centro didático (prédio da biblioteca) andar térreo. As salas **"Minas"** ficam no edifício //Félix Kurt Rawitscher//, em frente ao prédio da Botânica, do outro lado da Rua do Matão. ===== Programação ===== * Antes do inicio da disciplina os alunos devem executar as [[bie5782:01_curso_atual:pre_curso|Atividades Preparatórias]]. * A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios monitorados. * Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo [[http://n3.nabble.com/BIE5782-f138098.html|Forum disciplina R]] ^Primeira Semana^^^^^ ^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Professor^ |08/03 |8:30-12:30|Minas III|Filosofia e histórico da linguagem R, Introdução à linguagem R |Paulo| |08/03 |14:00-17:30|Lab.Multimídia|Tutorial Introdução|Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana | |10/03 |8:30-12:30|Minas III|Funções matemáticas e estatísticas no R |Paulo| |10/03 |14:00-17:30|Minas I|Leitura e Manipulação de Dados |Alexandre| |12/03 |8:30-12:30|Lab.Multimídia|Tutorial Funções Matemáticas |Barbara, Fábio, Gustavo e Tatiana | |12/03 |14:00-15:30|Lab.Multimídia|Tutorial Leitura e Manipulação de Dados |Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana | ^Segunda Semana^^^^^ |15/03 |8:30-12:30|Minas III|Análise Exploratória de Dados |Rodrigo| |15/03 |14:00-17:30|Lab.Multimídia|Tutorial Análise Exploratória de Dados |Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana | |17/03 |8:30-12:30|Minas III|Gráficos|Rodrigo| |17/03 |14:00-17:30|Lab.Multimídia|Tutorial Gráficos |Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana | |19/03 |8:30-12:00|Lab.Multimídia|Testes de significância |Alexandre| |19/03 |14:00-15:30|Lab.Multimídia|Testes de significância |Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana | ^Terceira Semana^^^^^ |22/03 |8:00-12:00|Minas III|Regressão linear simples |Paulo| |22/03 |14:00-17:30|Minas III|Regressão linear múltipla e modelos lineares gaussianos |Paulo| |24/03 |8:30-10:00|Minas III|Tira dúvidas Modelos Lineares |Paulo e Alexandre | |24/03 |10:30-12:00|Minas III|Noções de Programação em Linguagem R: construção de funções simples |Alexandre| |24/03 |13:30-15:00|Minas I |Noções de Programação em Linguagem R: randomização |Alexandre| |24/03 |15:30-17:30|Lab.Multimídia|Tutorial Programação |Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana | |26/03 |8:30-12:30|Lab. Multimídia|Tira dúvidas programação |Equipe| |26/03 |14:00-14:30|Lab.Multimídia|Rcomander|Alexandre e Paulo | |26/03 |14:30-17:00|Lab.Multimídia|Exemplos de uso do R |Barbara, Fábio, Guilherme, Gustavo e Tatiana | |26/03 |17:00-17:30|Lab.Multimídia|Avaliação da disciplina|Equipe| ===== Bibliografia Básica===== ==== Livros ==== **William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.** Conhecido na comunidade R como //"The Book"//, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o ''MASS''((este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN)), que faz parte da instalação básica do R. Visite o [[http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/|site]] do livro para atualizações, exercícios e muito mais. **John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.** Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, ''car'', tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html|site]] do livro. **John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.** Derivado de manual [[http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf|disponível gratuitamente]] no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o [[http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/|site]] do livro, e o pacote **usingR**. **Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.** Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o [[http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/|site]] do livro. ==== Documentação On Line ==== **NOTA:** Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção [[http://cran.r-project.org/other-docs.html|Contributed Documentation]] do site do R. **Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team ** [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf|An Introduction to R. Manual online]]. Manual oficial de introdução ao R. **Carlos Alzola and Frank E. Harrell [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf|An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries]]” ** O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S. **Petra Kuhnert and Bill Venables [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip|An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing]].** Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados. ==== Outros Recursos ==== * **//Taskviews//**: São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Para nossa área, p.ex, há os //views// //Environmetrics//, //Multivariate//, //Genetics//, //Spatial//. Todo espelho de [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]] mantém uma cópia dos //taskviews//. Para o espelho da FMV-USP o link é [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/]]. * [[http://crantastic.org/|CRANTASTIC!]]: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as **taskviews**, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R. * [[http://journal.r-project.org/|The R Journal]]: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas. * [[http://www.jstatsoft.org|Journal of Statistical Software]]: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre [[http://www.jstatsoft.org/v22|uso do R em ecologia]], e outro sobre [[http://www.jstatsoft.org/v24|análises de redes]] (com ênfase para dados de ciências sociais). * [[http://www.statmethods.net/index.html|Quick R]], de Rob Kabakoff: um guia rápido //on line// muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos. * [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|The R Wikibook]]: manual muito completo na coleção de [[http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page|Wiki Books]].