====== Maíra Tir ======
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Mestranda em Ecologia no Instituto de Biociências da USP com a tese "Polimorfismo genético e taxonomia convencional de cianobactérias da represa Billings", orientada pelo Prof. Dr. Marcelo Luis Martins Pompêo. Estatística nunca foi o meu forte, mas nunca desanimei com os meus fracassos.

^nome^projeto^ email^telefone^
|Maíra Paula Tir Serico|Polimorfismo genético e taxonomia convencional de cianobactérias da represa Billings| mairatir@usp.br|82216056|

===== Meus Exercícios =====

[[.:exec]]

Exercício 1: {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:maira:exercício1.r|F}}

Exercício 2: {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:maira:exercício2.r|F}}

Exercício 3: {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:maira:exercício3.r|F}}

Exercício 4: {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:maira:exercício4.r|F}}

Exercício 5: {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:maira:exercício5.r|F}}

Exercício 6: {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:maira:exercício6.r|F}}

Exercício 7: {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:maira:exercício7.r|P}}

Exercício 8:

Exercício 9: {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:maira:exercício9.r|P}}

====== Trabalho Final======
Fiz a proposta 2

====== HELP ======

<code>
biovolume                      package:-                     R Documentation



Calcula o biovolume. 

Descrição:

Realiza o cálculo do biovolume de células com diferentes formatos. Foi criado
inicicialmente para células de organismos fitoplanctônicos, mas pode ser usado 
para outras situações. Utiliza médias de cada medida necesária para o cálculo 
do formato gheométrico.


Uso:

 biovolume(formato, comprimento, largura, altura, diametro, n=1)


Argumentos:

 formato: Corresponde ao formato da célulae, portanto, à equação que será 
	utilizada. As possibilidades de formato são: "sphere", "prolate spheroid",
	"ellipsoid", "cylinder", "cylinder + 2 half spheres", 
	"cylinder + 2 half cones", "cone", "double cone", "cone + half sphere",
        "box", "prism on elliptic-base", "prism on parallelogram-base",
	"sickle-shaped prism", "sickle-shaped cylinder", "pyramid".
	Demais formatos podem ser feitos através de combinações dos contemplados
	pela função.

 comprimento: Valores correspondentes ao comprimento da célula.

 largura: Valores correspondentes à largura da célula.

 altura: Valores correspondentes à altura da célula. 

 diametro: Valores correspondentes ao diâmetro da célula.
 
 n: Valor correspondente ao número de células do indivíduo medido ou da colônia 
	a qual ele pertence.

 
Detalhes:

O cálculo do biovolume depende da especificação do formato (forma geométrica)
da célula, não sendo possível a sua execução sem essa definição. Para cada 
formato há uma equação adequada que pode utilizar diferentes medidas. As medidas
necessárias para cada formato podem ser consultadas na própria função.

Valor:

A função retorna primeiro exemplos de organismos fitoplanctônicos correspondentes
à forma geométrica utilizada para os cálculos, em seguida aponta quais medidas são
necessárias para que o cálculo possa ser feito e, por fim, mostra o resultado do 
cálculo do biovolume caso as medidads tenham sido inseridas.

Cuidado:

É preciso estar atento à correta escolha da forma geométrica que será utilizada.
A função biovolume calcula o biovolume de apenas um indivíduo (consederando que os
indivíduos são filamentos, colônias e organismos unicelulares), portanto, para 
obter o biovolume total da amostra deve-se saber a densidade do indivíduo na 
amostra e multiplicá-la pelo biovolume.


Autor:

Maíra Paula Tir Serico


Referências:
 
Sun, J. & Liu, D. (2003) Geometric models for calculating cell biovolume and surface 
area for phytoplankton. Journal of Plankton Research.


Exemplos:

c <- c(1,2,3,4,5) #comprimento de 5 indivíduos
l <- c(6,7,8,9,10)  #largura de 5 indivíduos
a <- c(11,12,13,14,15)  #alturade 5 indivíduos
d <- c(16,17,18,19,20)  #diâmetro de 5 indivíduos

biovolume(formato="sphere", diametro=d, n=5)  
#cálculo do biovolume para 5 indivíduos "sphere"
biovolume(formato="sickle-shaped prism", comprimento=c, largura=l, altura=a, n =5)   
#cálculo do biovolume para 5 indivíduos com formato prisma em forma de foice

biovolume(formato="sphere") 
#Consulta sobre o que deve ser medido para conseguir calcular o biovolume para o formato 
"sphere"
</code>

====== Código ======
<code>
biovolume <- function(formato="", comprimento="", largura="", altura="", diametro="", n=1)
{
#Condição para cada formato 
	if(formato=="sphere")
		{
		volume <- (((pi*mean(diametro)^3)/6)*mean(n))
		algas <- data.frame(Cyanobacteria=c("Anabaena", "Chroococcus", "Microcystis"), Chlorophyceae=c("Coelastrum", "Chlorella", "Dictiosphaerium"))
		medidas <- c("Medir o diâmetro da célula e conte o número (n) de células")
		}               
	if(formato=="prolate spheroid")
		{
		volume <- ((pi*mean(diametro)^2*mean(altura))/6)*mean(n)
		algas <- data.frame(Cyanobacteria=c("Aphanothece", "Xenococcus"), Chlorophyceae=c("Oocystis","Scenedesmus"), Cryptophyceae=c("Cryptomonas","Hillea"), Chrysophyceae=c("Mallonmonas","Dinobryon"), Dinophyceae=c("Balechina","Ptychodiscus"))
		medidas <- c("Medir o diâmetro e a altura e conte o número (n) de células")
		}
       if(formato=="ellipsoid")
      	{
	   	volume <- ((pi*mean(comprimento)*mean(largura)*mean(altura))/6)*mean(n)
  		algas <- data.frame(Dinophyceae=c("Peridinium", "Amphidinium", "Gyrodinium"), Euglenophyceae=c("Trachelomonas"))
  		medidas <- c("Medir comprimento, largura e altura da célula e conte o número (n) de células")
	   	}
	if(formato=="cylinder")
		{
	   	volume <- ((pi*mean(diametro)^2*mean(comprimento))/4)*mean(n)
		algas <- data.frame(Cyanobacteria=c("Cylindrospermopsis", "Oscillatoria"), Bacillariophyceae=c("Aulacoseira", "Cyclotella"))
  		medidas <- c("Medir o diâmetro e o comprimento da célula e conte o número (n) de células")
	   	}
       if(formato=="cylinder + 2 half spheres")
      	{
	   	volume <- (pi*mean(diametro)^2*(mean(altura)/4-mean(diametro)/12))*mean(n)
  		algas <- data.frame(Bacillariophyceae=c("Chrysanthemodiscus", "Skeletonema"))
 		medidas <- c("Medir diâmetro e altura da célula e conte o número (n) de células")
	   	}
       if(formato=="cylinder + 2 half cones")
      	{
	   	volume <- (pi/4*mean(diametro)^2*(mean(altura)-mean(diametro)/3))*mean(n)
  		algas <- data.frame(Chlorophyceae=c("Actinastrum", "Ankistrodesmus", "Closteriopsis"))
 		medidas <- c("Medir diâmetro e altura da célula e conte o número (n) de células")
	   	}
       if(formato=="cone")
      	{
	   	volume <- ((pi*mean(altura)*mean(diametro)^2)/12)*mean(n)
  		algas <- data.frame(Chrysophyceae=c("Pyramidochrysis", "Sphaleromantis"))
 		medidas <- c("Medir diâmetro e altura da célula e conte o número (n) de células")
	   	}
	 if(formato=="double cone")
      	{
	   	volume <- ((pi*mean(altura)*mean(diametro)^2)/12)*mean(n)
  		algas <- data.frame(Dinophyceae=c("Schuettiella"), Chlorophyceae=c("Brachiomonas"))
 		medidas <- c("Medir diâmetro e altura da célula e conte o número (n) de células")
	   	}
	 if(formato=="cone + half sphere")
      	{
	   	volume <- ((pi*mean(altura)*mean(diametro)^2)/4)*mean(n)
  		algas <- data.frame(Chrysophyceae=c("Ochromonas"), Cryptophyceae=c("Chroomonas"))
 		medidas <- c("Medir diâmetro e altura da célula e conte o número (n) de células")
	   	}
	if(formato=="box")
		{
	   	volume <- (mean(comprimento)*mean(largura)*mean(altura))*mean(n)
		algas <- data.frame(Cyanobacteria=c("Merismopedia"), Bacillariophyceae=c("Asterionella", "Bacillaria"))
	  	medidas <- c("Medir o comprimento, largura e altura da célula e conte o número (n) de células")
		}
       if(formato=="elliptic-base prism")
      	{
	   	volume <- ((pi*mean(comprimento)*mean(largura)*mean(altura))/4)*mean(n)
  		algas <- data.frame(Bacillariophyceae=c("Achnanthidium", "Fragilaria"), Chlorophyceae=c("Pediastrum"), Euglenophyceae=c("Phacus"))
 		medidas <- c("Medir comprimento, largura e altura e conte o número (n) de células")
	   	}
	 if(formato=="prism on parallelogram-base")
      	{
	   	volume <- (1/2*mean(comprimento)*mean(largura)*mean(altura))*mean(n)
  		algas <- data.frame(Bacillariophyceae=c("Gyrosigma", "Cymatoneis", "Nitzschia", "Nitzschiella"))
 		medidas <- c("Medir comprimento, largura e altura da célula e conte o número (n) de células")
	   	}
	if(formato=="sickle-shaped cylinder")
		{
	   	volume <- ((pi*mean(altura)*mean(diametro)^2)/6)*mean(n)
		algas <- data.frame(Chlorophyceae=c("Ankistrodesmus", "Monorraphidium", "Closteriopsis", "Kirchineriella"), Bacillariophyceae=c("Licmophora"))
  		medidas <- c("Medir o diâmetro e altura da célula e conte o número (n) de células")
	   	}
	if(formato=="sickle-shaped prism")
      	{
	   	volume <- ((pi*mean(comprimento)*mean(largura)*mean(altura))/4)*mean(n)
  		algas <- data.frame(Bacillariophyceae=c("Eunotia"))
 		medidas <- c("Medir comprimento, largura e altura da célula e conte o número (n) de células")
   		}
	if(formato=="pyramid")
		{
		volume <- (((mean(diametro)^2)*mean(altura))/6)*mean(n)
		algas <- data.frame(Dynophyceae=c("Tetradinium"))
		medidas <- c("Medir diâmetro (diagonal da base) e altura da célula e conte o número (n) de células")
		}
	resulta <- list(algas,medidas,volume)
	names(resulta) <- c("Gêneros","O que deve ser medido/contado?","Biovolume")
	return(resulta)
	}
</code>

====== Proposta 1 ======
A idéia é criar uma função que produza um gráfico de mais de uma variável em relação a profundidade de um corpo d'água. Seria útil para mim porque esse tipo de gráfico é muito ilustrativo para apresentações e interpretações de dados limnológicos e é muito difícil de encontrar programas que o façam (eu ainda não encontrei =/). As varáveis principais envolvidas nessas análises são oxigênio dissolvido, condutividade elétrica, ph, temperatura, nutrientes, entre outros...
Se em um gráfico eu pudesse juntar algumas dessas variáveis seria muito útil e acredito que não só para mim.

**Comentários**

É factível, mas acho que poderia ter mais algo, como por exemplo diagnóses das associações entre as variáveis, talvez.

 --- //[[macfabio@gmail.com|Fabio de A. Machado]] 2011/04/06 19:16//

====== Proposta 2 ======
É uma proposta mais complicada e ainda não pensei muito bem como seria feita, mas gostaria de ter uma função que facilitasse o cálculo de biovolume de espécies de fitoplâncton. Atualmente faço esses cálculos com o Excel (UUUURRGGHHH!!!), mas não está sendo muito prático e gostaria de otimizar esse processo.

**Comentários**

Minha impressão geral é que se dá para fazer no Excel, dá para fazer no R de forma mil vezes mais simples. Eu diria para você ir no plano B que parece mais interessante, ainda mais que você vai ter uma função que você já tem demanda.

Fora isso, o Excel erra em alguns contextos muito específicos. São dois pontos positivos para sua proposta 2.

 --- //[[macfabio@gmail.com|Fabio de A. Machado]] 2011/04/06 19:30//