====== Curso 2011 ====== Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação de nossa disciplina, ministrada em março de 2010 no Instituto de Biocências da USP, e outras informações importantes. Além disto, há algumas atividades prévias a cumprir antes do início das aulas. * ** 11 de maio: Foram publicadas as notas da disciplina, veja na página [[bie5782:01_curso_atual:notas2011|avaliação 2011]]** * O horário de plantão na sala multimídia no dia 05/04 foi **extendido** para a tarde toda: 14hs as 18hs. * ** 21 março**: Encaminhamos pelo menos três mensagens coletivas aos alunos regularmente matriculados (email credenciado no sistema Janus), caso não tenha recebido nenhuma, envie uma mensagem aos monitores e professores solicitando que seu endereço de email seja atualizado * **INICIO DO CURSO** Dia 21 de março reservado para os alunos executarem as atividades preparatórias **Não deixe de faze-las!!!** [[bie5782:01_curso_atual:pre_curso|Atividades Preparatórias]] As aulas presenciais da disciplina iniciam no dia 23 de março. Veja a [[#Programação]] abaixo ===== Informações Gerais ===== Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo ==== Professores ==== * [[http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start|Paulo Inácio K. L. Prado]], Grupo de Ecologia Teórica-IB (prado@ib.usp.br) * [[http://ecologia.ib.usp.br/labtrop|Alexandre Adalardo de Oliveira]], Lab. Ecologia de Florestas Tropicais //LABTROP// - IBUSP (adalardo@usp.br) ==== Monitores ==== * Camila Mandai - PG Ecologia, IB-USP * Daniela Zanelato - PG Ecologia, IB-USP * Daniel Caetano - PG Ecologia, IB-USP * Fábio Machado - PG Zoologia, MZUSP * Gabriel Frey - PG Ecologia, IB-USP * Leandro Tambosi - PG Ecologia, IB-USP ==== Período e Horários==== * Disciplina condensada, 21 de março a 08 de abril de 2011 * Aulas teóricas segunda quartas e sextas pelas manhãs, das 8:30-12:30 . * Laboratório de informática: tutorial das 14:00-15:30, exercícios das 16:00-18:00 ==== Locais das aulas ==== As aulas ocorrerão em diferentes salas do Instituto de Biociências da USP, esteja atento(a) ao programa abaixo. O **//Laboratório Multimídia//** fica no centro didático (prédio da biblioteca) andar térreo. Os **AGs** (Auditórios Gerais) ficam nos respectivos prédios departamentais da **Botânica** e **Zoologia**. Os **Auditórios 1 e 2** ficam no primeiro andar do Centro Didático. ===== Programação ===== * No primeiro dia de aula os alunos devem executar as [[bie5782:01_curso_atual:pre_curso|Atividades Preparatórias]]. * A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios monitorados (plantões). * Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo [[http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=forum|Forum disciplina R]] ^Primeira Semana^^^^^ ^ Data ^Período ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^ |21/03 |8:30-17:30| livre |Atividades Preparatórias |Plantão de dúvidas - Fórum| |23/03 |8:30-12:30|AG Botânica|Filosofia e histórico da linguagem R, Introdução à linguagem R |Paulo| |23/03 |14:00-16:00|AG Botânica|Tira-dúvidas dos Tutoriais de introdução ao R |Paulo e monitores| |23/03 |16:00-18:30|AG Botânica|Funções matemáticas e estatísticas no R |Paulo| |24/03 |9:00-12:30|Multimídia|Plantão funções Matemáticas |Daniel, Fábio, Gabriel | |25/03 |8:30-12:30|Ag.Zoo|Leitura e Manipulação de Dados |Alexandre| |25/03 |14:00-18:30 |Auditório 1|Plantão Manipulação de dados |Daniel, Fábio, Gabriel | ^Segunda Semana^^^^^ |28/03 |8:30-12:30|Auditório 2|Análise Exploratória de Dados |Paulo| |28/03 |12:30-17:30|Auditório 1|Plantão Análise Exploratória de Dados |Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro | |29/03 |9:00-12:30|Lab.Multimídia|Plantão de dúvidas: matéria até aqui |Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro | |30/03 |8:30-12:30|Auditório 2|Gráficos|Alexandre| |30/03 |14:00-17:30|Lab.Multimídia|Plantão gráficos |Daniela, Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro | |01/04 |8:30-12:00|AG Zoo|Testes de significância |Alexandre| |01/04 |14:00-15:30|Auditório 1|Plantão testes de significância |Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro | ^Terceira Semana^^^^^ |04/04 |8:30-12:30|AG Zoo|Regressão linear simples |Paulo| |04/04 |14:00-15:30|Multimídia|Introdução a Regressão linear múltipla |Paulo| |05/04 |14:00-18:00|Multimídia|Plantão regressão linear |Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro| |06/04 |8:30-10:30|Auditório 2|Noções de Programação em Linguagem R: construção de funções simples |Alexandre| |06/04 |10:30-12:30|Auditório 2 |Noções de Programação em Linguagem R: randomização |Alexandre| |06/04 |14:00-16:00|Lab. Multimídia|Plantão Programação |Daniela, Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro | |08/04 |8:30-12:30|Ag Zoo|Tira dúvidas Modelos Lineares \\ Tira dúvidas programação |Equipe| |08/04 |14:00-14:30|Auditório 2|Rcomander|Alexandre e Paulo | |08/04 |14:30-17:00|Auditório 2|Exemplos de uso do R |Daniel, Fábio, Gabriel, Leandro | |08/04 |17:00-17:30|Auditório 2|Avaliação da disciplina|Equipe| ===== Bibliografia Básica===== ==== Livros ==== **William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.** Conhecido na comunidade R como //"The Book"//, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o ''MASS''((este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN)), que faz parte da instalação básica do R. Visite o [[http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/|site]] do livro para atualizações, exercícios e muito mais. **John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.** Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, ''car'', tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html|site]] do livro. **John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.** Derivado de manual [[http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf|disponível gratuitamente]] no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o [[http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/|site]] do livro, e o pacote **usingR**. **Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.** Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o [[http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/|site]] do livro. ==== Documentação On Line ==== **NOTA:** Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção [[http://cran.r-project.org/other-docs.html|Contributed Documentation]] do site do R. **Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team ** [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf|An Introduction to R. Manual online]]. Manual oficial de introdução ao R. **Carlos Alzola and Frank E. Harrell [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf|An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries]]” ** O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S. **Petra Kuhnert and Bill Venables [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip|An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing]].** Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados. ==== Outros Recursos ==== * **//Taskviews//**: São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Para nossa área, p.ex, há os //views// //Environmetrics//, //Multivariate//, //Genetics//, //Spatial//. Todo espelho de [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]] mantém uma cópia dos //taskviews//. Para o espelho da FMV-USP o link é [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/]]. * [[http://crantastic.org/|CRANTASTIC!]]: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as **taskviews**, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R. * [[http://journal.r-project.org/|The R Journal]]: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas. * [[http://www.jstatsoft.org|Journal of Statistical Software]]: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre [[http://www.jstatsoft.org/v22|uso do R em ecologia]], e outro sobre [[http://www.jstatsoft.org/v24|análises de redes]] (com ênfase para dados de ciências sociais). * [[http://www.statmethods.net/index.html|Quick R]], de Rob Kabakoff: um guia rápido //on line// muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos. * [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|The R Wikibook]]: manual muito completo na coleção de [[http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page|Wiki Books]].