====== Proposta do Trabalho Final ======


__PLANO A:  Função //Barcode//: Utilizando o //DNA Barcode// para delimitar novas espécies__

Devido às limitações no sistema de identificação de espécies baseado na morfologia e ao baixo número de taxonomistas, foi necessária uma nova ferramenta para o reconhecimento de táxons e ferramentas moleculares parecem ser mais promissoras para resolver esses problemas. Estudos mostraram que o gene para a citocromo c oxidase I (//COI//) possui maior quantidade de sinais filogenéticos do que qualquer outro gene mitocondrial e, em termos metodológicos, existem //primers// universais robustos que permitem sua amplificação em uma ampla gama de táxons. Essa metodologia, denominada de //DNA barcode//, promete ser um novo sistema de identificação aplicável na discriminação de todas as espécies vivas do planeta.

__Objetivo__: Criar uma função para alinhar sequências de //COI// do mtDNA, construir uma matriz de distância genética com o modelo K2P e categorizar as distâncias genéticas para validação de espécies novas (<2%=mesma espécie; > 2-3% espécies problemáticas; >3% nova espécie).

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__PLANO B:  Função: Simulações de demografia histórica a partir de MNE__

A MNE (Modelagem de Nicho Ecológico) e modelos de distribuição de espécies tem se tornado uma ferramenta de importante aplicação, pois permite prever a distribuição geográfica das espécies, predizer mudanças na distribuição em consequência de eventos climáticos passados ou futuros e investigar padrões de especiação e divergência de nicho. A premissa fundamental da MNE é a predição da ocorrência de uma determinada espécie em uma área a partir de dados de localidades georreferenciadas e conjuntos de dados ambientais espaciais.

__Objetivo__: Fazer uma simulação da demografia histórica de uma espécie utilizando gráficos animados das predições obtidas na MNE em diferentes períodos e cenários (Inter-glacial, Último máximo-glacial, Holoceno, distribuição atual e distribuições futuras de 2020 a 2080).


====== Comentários ======
**Geral**: para avaliar a viabilidade das propostas precisamos entender o que a função recebe como informação e o que ela retorna de objeto de saída, além dos argumentos que deverá conter. Fica dificil avaliar a propostas apenas pela tarefa que irá realizar.

Plano A: um desafio enorme que demanda muito conhecimento teórico e analítico. Só a parte de alinhamento de sequências tem todo uma complexidade que me foge e que sei que envolve métodos computacionais próprios. A viabilidade dessa propostas depende muito do seu conhecimento prévio teórico e de programação. Preciso que vc. forneça mais informações para que possamos avaliar a proposta. Como; quais técnicas de alinhamento, tamanho da sequencia de base, funções e pacotes acessórios que irá usar.. 

Plano B: Da mesma forma que o plano A, depende muito do seu background teórico, analítico e de modelagem. Deve discriminar melhor a função definindo os passos e quais ferramentas irá usar em seu auxílio para construir a função. 


 --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo de Oliveira]] 2012/04/04 15:04//

====== Resposta aos comentários ======

Oi professor!

Alinhar as sequências, nesse caso, é relativamente simples pois é uma região codificante, sem gaps. Além disso, estou vendo uns pacotes de alinhamento para deixar mais refinado os parâmetros (mesmo não precisando!). O método de árvore usado para esta técnica é um método de distância (Neighbor Joining) com modelo de substituição de nucleotídeos K2P, que considera taxas diferentes para transicão e transversão. É uma fórmula simples que eu acho/espero que vai seja tranquilo fazer em R... A árvore é feita através de uma matriz de distância dos nucleotídeos, e é essa matriz que eu quero dar como output. Além disso, separar os espécimes de acordo com a distância genética encontrada para dar como resultado final se os espécimes analisados são ou não espécies distintas (nesse caso serias os espécimes com distância genética superior a 3%).

Quanto `a MNE (plano B), eu já tenho as predições prontas e o que eu queria mesmo era fazer uma animação, algo que me inspirei em um exemplo que você fez e mostrou em aula.

Amanhã vou me dedicar ao meu projeto e logo mais forneço informações mais detalhadas.

Valeu!

====== Resposta a Resposta aos Comentários ======
Oi Elaine, 

Sua resposta demonstra que vc. tem dimensão do desafio e que já foi atrás dos pacotes para ajudá-la. Era isso que precisava saber.  Precisando de ajuda envie mensagem pelo Forum pois o monitor Daniel (Musgo) pode ajudar indicando os pacotes. 

Bom trabalho.

 --- //[[adalardo@usp.br|Alexandre Adalardo de Oliveira]] 2012/04/05 12:51//