====== Mario José Marques Azevedo ======
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Aluno de mestrado em ecologia\\
Departamento de Botânica, Insituto de Biologia, UNICAMP.\\
Linha de pesquisa: Modelos de distribuição de abundância para árvores de Floresta Estacional Semidecídua e Cerradão\\
Orientadores: Prof. Dr. Fernando Roberto Martins (Unicamp) e Dr. Roque Cielo Filho (Instituto Florestal)

===== Meus exercícios =====

Página com meus [[.:exec|exercícios]] resolvidos.

===== Proposta de trabalho final =====
==== Proposta A ====
Analisar qual a distribuição dos dados criando a própria distribuição de probabilidade. A função receberá um vetor de dados e irá verificar qual a distribuição da média deste conjunto de dados. Para isso será utilizado algumas distribuições disponíveis no R para gerar as distribuições de probabilidade teórica e calcular a significância dos dados frente a cada distribuição (a exemplo da aula de inferência do Prof. Alexandre). Este teste serve como teste de normalidade dos dados, quando comparado com a distribuição normal teórica gerada. A saída será uma tabela com os valores de p para cada distribuição.

==== Proposta B ====
Fazer um para testar hipótese para duas amostras. A entrada seria dois vetores de dados. A normalidade e variância dos vetores seriam analisadas para saber qual teste usar. Se os dados forem normais com variâncias iguais será realizado um teste t padrão. Se as variâncias forem diferentes será utilizado um teste t com correção de Welch. Se os dados não satisfazerem estas premissas, um teste de Wilcoxon será realizado.

A função terá como parâmetros básicos a entrada dos dois vetores. Como parâmetros adicionais será considerado como devem ser tratados os NAs e se o teste será bicaudal ou unicaudal.

A saída apresentará o teste utilizado para comparação com sua respectiva estatística e p-valores tanto para teste unicaudal quando bicaudal, quando não for explicitamente declarado a preferência.

Serão utilizadas as próprias funções implementadas no R para o cálculo dos testes. O script será para maninular os dados e verificar qual teste melhor se adéqua aos dados.

=== Comentários da proposta (Leo) ===

Considero as duas propostas úteis e factíveis. Particularmente gosto mais da proposta A. Neste caso, tu estará testando a distribuição para variáveis da classe numérica. Acho interessante ressaltar isto porque os dados podem seguir outras distribuições, sendo de natureza binária (0 ou 1), probabilística (binomial de 0 a 1), poisson (inteiros positivos), e etc. Então, uma complicação da sua função poderia ser você determinar qual a classe do vetor que será testado, como um argumento da função. Não precisa ir tão longe, mas caso seja fácil atingir a tua proposta, sugiro que você tente implementar outros argumentos. Outra coisa que considero útil, que pode ser um dos outputs da função, seria algum diagnóstico gráfico. Neste caso, você poderia plotar as curvas dos dados e das diferentes distribuições. Outra ideia seria algum diagnóstico de assimetria da distribuição (p.ex. curtose).

===== Página de ajuda =====

<code>

duas.amostras.teste                           package:nenhum                                 R Documentation

Teste de hipótese a respeito de duas amostras verificando antes as premissas do teste.

Description:

    Verifica se os dados satisfazem os pressupostos dos Teste t de Student e Wilcoxon (ou Mann-Whitney) para 
    decidir qual destes usar.

Usage:

    duas.amostras.teste(vector.a, vector.b, ...)
     
    ## Default method:
    duas.amostras.teste(vector.a, vector.b, alt.hypothesis="two.sided", signif.level=0.05, paired=FALSE, 
                        mu=0, w.correct=TRUE, removeNA=TRUE, return.htest=FALSE)

Arguments:

    vector.a e vector.b vetores numéricos (não vazios) com os dados.
    alt.hypothesis      string de caractere especificando a hipótese alternativa. Pode ser "two.sided" 
                          (default), "greater" ou "less" (ver em Detalhes).
    signif.level        valor numérico do nível de significância do teste.
    paired              valor lógico indicando se deseja teste pareado (ver em Detalhes).
    mu                  valor numérico indicando o parâmetro da hipótese nula.
    w.corret            valor lógico indicando se deve ser aplicado a correção para normalidade para o valor
                          de p no teste de Wilcoxon.
    removeNA            valor lógico indicando se os NAs devem ser removidos. Caso não seja, NAs serão 
                          convertidos em zeros.
    return.htest        valor lógico indicando se a função deve retornar o objeto de classe 'htest' do teste 
                          ou imprimir o resultado na tela.

Details:

    A função é aplicável somente para testes com duas amostras. Os vetores passados como parâmetros serão 
    analisados para verificar se são do tipo 'numeric' ou 'integer'. A presença de NAs será verificada. Se 
    for especificado o parâmetro removeNA=TRUE, os NAs serão removidos e vetores menores, sem os NAs serão 
    analisados. Caso o parâmetro seja falso, os NAs serão convertidos em zeros. O tamanho dos vetores serão 
    verificados. Vetores de tamanho 1 ou nulos retornarão erro. Quando o parâmetro paired=TRUE, os vetores 
    devem ser do mesmo tamanho.
    
    A função verifica se os dados são normais para escolher entre o Teste t e o Teste de Wilcoxon. Caso os 
    dados sejam normais, a função escolhe o primeiro teste, senão escolhe o segundo. Posteriormente é 
    verificada a homoscedasticidade dos dados. Para o Teste t quando as variâncias são diferentes, a correção
    de Welch é aplicada ao grau de liberdade.
    
    Uma das premissas do Teste de Wilcoxon é a igualdade das variâncias (Zar 2010). Quando o tamanho das 
    amostras não são iguais e a maior variância está associada a maior amostra, a probabilidade do Erro 
    Tipo I será menor que o especificado no nível de significância (Zar 2010). Se a maior variância está 
    associada a menor amostra, a probabilidade do Erro Tipo I é maior que a especificada no nível de
    significância (Zar 2010).
    
    O parâmtro alt.hypothesis define a hipótese alternativa. Para o Teste t, a diferença entre as médias 
    analisadas para a hipótese alternativa pode ser: diferente do parâmetro mu, por padrão igual a zero, para
    a análise bicaudal (two.sided); menor que mu (less) ou maior que mu (greater) para testes unicaudais. 
    Para o Teste de Wilcoxon a hipótese alternativa pode ser: a localização (média ou mediana) da 
    distribuição dos dados dos vetores 'a' e 'b' são diferentes de mu (two.sided); a localização do vetor 'a'
    maior que a do vetor 'b' (greater) ou a localização do vetor 'a' menor que a do vetor 'b' (less).

Value:

    Lista com a classe "htest" contendo os seguintes componentes (return.htest=TRUE).  

    statistic 	valor da estatística do teste.
    parameter 	graus de liberdade (Teste t) ou parâmetros da distribuição (Teste de Wilcoxon).
    p.value 	  valor de p para o teste.
    null.value 	valor hipotético da média (Teste T) ou desvio dos valores (Teste de Wilcoxon) da hipótese 
                  nula.
    alternative string descrevendo a hipótese alternativa.
    method 	    descrição do tipo do teste utilizado.
    data.name 	string de caractere com o nome dos dados utilizados.
    conf.int 	  intervalo de confiança.
    estimate 	  valor estimado da diferença das médias (Teste t) ou desvio dos dados (Teste de Wilcoxon).

Author(s):

    Mario José Marques Azevedo
    
    Estudante de Mestrado em Ecologia. Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brasil.

References:

    Hollander and Douglas A. Wolfe (1973), Nonparametric Statistical Methods. New York: John Wiley & Sons. 
      Pages 27–33 (one-sample), 68–75 (two-sample). Or second edition (1999). 
 
    Jarrold H. Zar, J. 2010. Biostatistical analysis. 5º ed., Prentice Hall, London. 
    
Note:

    Requer pacote 'car'
    
See Also:

    t.test(), wilcox.test() e var.test() do pacote 'stats' e leveneTest() do pacote 'car'.

Examples:

    # Zar 2010 Biostatistical Analisys. Example 8.1 two tailed t test
    #   Blood-Clotting Times (in Minutes) of Male Adult Rabbits Given One of Two Different Drugs
    #   Answer: Mean blood-clotting time is not the same for subjects receiving drug B as it is for 
    #     receiving drug G.
    example8.1.a<-c(8.8,8.4,7.9,8.7,9.1,9.6); # Drug B
    example8.1.b<-c(9.9,9.0,11.1,9.6,8.7,10.4,9.5); # Drug G
    duas.amostras.teste(example8.1.a,example8.1.b);

    # Zar 2010 Biostatistical Analisys. Example 8.2 one tailed t test
    #   Heights of Plants, Each Grown with One of Two Different Fertilizers
    #   Answer: The mean plant height (in cm) is greater with the  newer fertilizer.
    example8.2.a<-c(48.2,54.6,58.3,47.8,51.4,52.0,55.2,49.1,49.9,52.6); # Present fertilizer
    example8.2.b<-c(52.3,57.4,55.6,53.2,61.3,58.0,59.8,54.8); # Newer fertilizer
    duas.amostras.teste(example8.2.a,example8.2.b,alt.hypothesis="less");

    # Zar 2010 Biostatistical Analisys. Example 8.2a two tailed t test with Welch correction
    #   Times for seven cockroach eggs to hatch at one laboratory temperature and for eight eggs to hatch at 
    #     another temperature
    #   Answer: Means of temperature are diferent 
    example8.2a.a<-c(40,38,32,37,39,41,35); # At 30ºC
    example8.2a.b<-c(36,45,32,52,59,41,48,55); # At 10ºC
    duas.amostras.teste(example8.2a.a,example8.2a.b);

    # Zar 2010 Biostatistical Analisys. Example 9.1 two tailed paired t test
    #   Measure of forelegs and hindlegs lengths of deer
    #   Answer: Mean of diferences between hindlegs and forelegs are diferent 0
    example9.1.a<-c(142,140,144,144,142,146,149,150,142,148); # Hindleg length (cm)
    example9.1.b<-c(138,136,147,139,143,141,143,145,136,146); # Foreleg length (cm)
    duas.amostras.teste(example9.1.a,example9.1.b,paired=TRUE);

    # Zar 2010 Biostatistical Analisys. Example 9.2 one tailed paired t test
    #   Test whether a new fertilizer results in an increase of more than 250 kg/ha in crop yield over the 
    #     old fertilizer
    #   Answer: New fertilizer not increase of more than 250 kg/ha in crop yield
    example9.2.a<-c(2250,2410,2260,2200,2360,2320,2240,2300,2090); # Wilh new ferlilizer
    example9.2.b<-c(1920,2020,2060,1960,1960,2140,1980,1940,1790); # Wilh old ferlilizer
    duas.amostras.teste(example9.2.a,example9.2.b,paired=TRUE,alt.hypothesis="greater",mu=250);


    # Hollander & Wolfe (1973), 29f. One tailed paired Wilcoxon test
    #   Hamilton depression scale factor measurements in 9 patients with mixed anxiety and depression, taken
    #     at the first (x) and second (y) visit after initiation of a therapy (administration of a 
    #     tranquilizer)
    x <- c(1.83,0.50,1.62,2.48,1.68,1.88,1.55,3.06,1.30)
    y <- c(0.878,0.647,0.598,2.05,1.06,1.29,1.06,3.14,1.29)
    duas.amostras.teste(x,y,paired=TRUE,alt.hypothesis="greater")
    # Myles Hollander and Douglas A. Wolfe (1973), Nonparametric Statistical Methods. New York: John Wiley & 
    #   Sons. Pages 27–33 (one-sample), 68–75 (two-sample). Or second edition (1999). 

    # Teste de Wilcoxon bicaudal com violacao da premissa de igualdade de variancias
    set.seed(42);
    x<-runif(30,1,30);
    y<-runif(35,1,60);
    duas.amostras.teste(x,y);

    # Teste de Wilcoxon bicaudal com correcao para normalidade
    set.seed(42);
    x<-runif(30,1,30);
    y<-runif(50,1,30);
    duas.amostras.teste(x,y);

    # Teste de Wilcoxon bicaudal com correcao para normalidade
    set.seed(42);
    x<-c(rnorm(30),NA,NA);
    y<-c(rnorm(50),NA);
    duas.amostras.teste(x,y);

</code>
===== Código da função =====

<code>

# Proposta B
#
# Verifica premissas de testes de hipotese para duas amostras para decidir qual teste utilizar
# Autor: Mario Jose Marques
# email: mariojosebr [at] yahoo [dot] com [dot] br
# Data: 18 abr 2012
# Versao: 1

duas.amostras.teste<-function(vector.a=NULL,vector.b=NULL,alt.hypothesis="two.sided",signif.level=0.05,paired=FALSE,
                             mu=0,w.correct=TRUE,removeNA=TRUE,return.htest=FALSE,conf.int=TRUE){
  # Verifica e carrega o pacote car para utilizar o teste de Levene para variancias
  if(!require("car")){
    stop("Pacote 'car' necessário não instalado\n",call.=FALSE);
  }
  
  # Verifica classe dos vetores
  if (!is.numeric(vector.a) & !is.integer(vector.a)){
    stop("Vetor 'a' nao e do tipo 'numeric' ou 'integer'\n",call.=FALSE);
  }
  if (!is.numeric(vector.b) & !is.integer(vector.b)){
    stop("Vetor 'b' nao e do tipo 'numeric' ou 'integer'\n",call.=FALSE);
  }
  
  # Manipula NAs
  if(sum(is.na(vector.a))>0 | sum(is.na(vector.b))>0){
    if(removeNA==TRUE){
      cat("\n\tObs.:",sum(is.na(vector.a)>0, is.na(vector.b)>0),"NA removidos\n");
      vector.a<-vector.a[!is.na(vector.a)];
      vector.b<-vector.b[!is.na(vector.b)];
    } else {
      cat("\n\tObs.:",sum(is.na(vector.a)>0, is.na(vector.b)>0),"NA convertidos para 0\n");
      vector.a[is.na(vector.a)]<-0;
      vector.b[is.na(vector.b)]<-0;
    }
  }
  
  # Verifica o tamanho dos vetores
  if(length(vector.a)<=1){
    stop("Tamanho do vetor 'a' insuficiente\n",call.=FALSE);
  }
  if(length(vector.b)<=1){
    stop("Tamanho do vetor 'b' insuficiente\n",call.=FALSE);
  }
  if(paired==TRUE & (length(vector.a)!=length(vector.b))){
    stop("Tamanhos de vetores diferentes para teste de amostras pareadas\n",call.=FALSE);
  }

  ### Verifica a normalidade dos dados
  shap.a<-shapiro.test(vector.a);
  shap.b<-shapiro.test(vector.b);
  
  ### Verifica a igualdade de variancia dos dados
  if(shap.a$p.value>=signif.level & shap.b$p.value>=signif.level){
    # Se os dados forem normais, utiliza o teste da razao de variacao de Fisher.
    normality<-TRUE;
    vartest<-var.test(vector.a,vector.b);
    
    ifelse(vartest$p.value>=signif.level, equalvar<-TRUE, equalvar<-FALSE);
  } else {
    # Se ao menos um dos vetores nao for normal, realiza o teste de Levene (pacote car).
    normality<-FALSE;
    temp<-data.frame(measure=c(vector.a,vector.b),group=c(rep("a",length(vector.a)),rep("b",length(vector.b))));
    temp$group<-as.factor(temp$group);
    vartest<-leveneTest(measure~group,data=temp);
    
    ifelse(vartest[["Pr(>F)"]][1]>=signif.level, equalvar<-TRUE, equalvar<-FALSE);
  }

  ### Realiza o teste de hipotese para o conjunto de dados
  if(normality==TRUE){
    # Realiza do test t
    ttest<-t.test(vector.a,vector.b,mu=mu,alternative=alt.hypothesis,paired=paired,var.equal=equalvar);
    
    # Verifica se retorna objeto htest ou imprime informacoes na tela
    if(return.htest==TRUE){
      return(ttest);
    } else {
      # Imprime o nome do teste
      cat("\n\t Teste t ");
      if(paired==TRUE){
        cat("pareado\n");
      } else {
        cat("para duas amostras");
        if(equalvar==FALSE){
          cat(" com correcao de Welch\n");
        } else {
          cat("\n");
        }
      }
      
      # Imprime as hipoteses do teste
      if(alt.hypothesis=="greater"){
        cat("Teste unicaudal:\n\tH0: diferenca das medias dos vetores 'a' e 'b' menor ou igual a",mu,
            "\n\tH1: diferenca das medias dos vetores maior que",mu,"\n");
      }
      else if (alt.hypothesis=="less"){
        cat("Teste unicaudal:\n\tH0: diferenca das medias dos vetores 'a' e 'b' maior ou igual a",mu,
            "\n\tH1: diferenca das medias dos vetores menor que",mu,"\n");
    }
      else if (alt.hypothesis=="two.sided"){
        cat("Teste bicaudal:\n\tH0: diferenca das medias dos vetores 'a' e 'b' igual a",mu,
            "\n\tH1: diferenca das medias dos vetores diferente de",mu,"\n");
      }    
      
      # Imprime a estatistica do teste
      cat("t =",ttest$statistic,"\nGrau de liberdade =",ttest$parameter,"\nValor de p =",ttest$p.value,"\n");
      if(paired==TRUE){
        cat("Media da diferenca =",ttest$estimate[[1]],"\n");
      } else {
        cat("Media do vetor 'a' =",ttest$estimate[[1]],"\nMedia do vetor 'b' =",ttest$estimate[[2]],"\n");
      }
      
      # Imprime a interpretacao do teste ao nivel de significancia especificado
      if (ttest$p.value>=signif.level) { cat("Nao ha "); } else { cat ("Ha "); }
      cat("evidencias, ao nivel de significancia de ",signif.level*100,"%, para rejeitar H0",sep="");
      
    } # Fim da condicao para retorno do objeto htest
    
  } else {
    # Realiza do teste de Wilcoxon
    utest<-wilcox.test(vector.a,vector.b,mu=mu,alternative=alt.hypothesis,paired=paired,correct=w.correct,conf.int=conf.int);

    # Verifica se retorna objeto htest ou imprime informacoes na tela
    if(return.htest==TRUE){
      return(utest);
    } else {
      # Imprime o nome do teste
      cat("\n\tTeste de Wilcoxon ");
      if(paired==TRUE){
        cat("pareado");
      } else {
        cat("para duas amostras");
      }
      if(w.correct==TRUE & (length(vector.a)>=50 | length(vector.b)>=50)){
        cat(" com aproximacao para normal\n");
      } else {
        cat("\n");
      }
      
      # Imprime a estatistica do teste
      cat("W =",utest$statistic,"\nValor de p =",utest$p.value,"\n");
      
      # Imprime as hipoteses do teste
      if(alt.hypothesis=="greater"){
        cat("Teste unicaudal:\n\tH0: a localizacao (media ou mediana) do vetor 'a' em relacao ao 'b' menor ou igual a",mu,
            "\n\tH1: a localizacao do vetor 'a' em relacao ao 'b' maior que",mu,"\n");
      }
      else if (alt.hypothesis=="less"){
        cat("Teste unicaudal:\n\tH0: a localizacao (media ou mediana) do vetor 'a' em relacao ao 'b' maior ou igual a",mu,
            "\n\tH1: a localizacao do vetor 'a' em relacao ao 'b' menor que",mu,"\n");
      }
      else if (alt.hypothesis=="two.sided"){
        cat("Teste bicaudal:\n\tH0: a localizacao (media ou mediana) dos valores dos vetores 'a' e 'b' sao iguais a",mu,
            "\n\tH1: a localizacao dos valores dos vetores sao diferentes de",mu,"\n");
      }
      
      # Imprime a interpretacao do teste ao nivel de significancia especificado
      if (utest$p.value>=signif.level) { cat("Nao ha "); } else { cat ("Ha "); }
      cat("evidencias, ao nivel de significancia de ",signif.level*100,"%, para rejeitar H0\n",sep="");

    } # Fim da condicao para retornar objeto htest
  
    # Avisa do vies do teste quando as variancias nao sao iguais
    if (equalvar==FALSE){
      cat("Obs.: Variancias nao sao iguais");
      if((length(vector.a)>length(vector.b) & var(vector.a)>var(vector.b)) | 
        (length(vector.a)<length(vector.b) & var(vector.a)<var(vector.b))){
        cat(": Erro tipo I menor que", signif.level,"\n");
      }
      if((length(vector.a)>length(vector.b) & var(vector.a)<var(vector.b)) |
        (length(vector.a)<length(vector.b) & var(vector.a)>var(vector.b))){
        cat(": Erro tipo I maior que", signif.level,"\n");
      }
    }
    
  } # Fim da condicao do teste para variavel normality
} # Fim da funcao


</code>
===== Arquivo da função =====

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