====== Pedro Balieiro ======
{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:pedrobalieiro:dsc_0121.jpg?200|}}

'' Mestrando em Saúde e Meio Ambiente UNIVILLE. Trabalha com Ecologia e Citogenética de Pequenos Mamíferos'' 


[[.:exec]]

====== Trabalho final ======


===== Plano A =====

''Índice de Especificidade de Ectoparasitas:''

O índice é calculado para cada espécie de hospedeiro.

<WRAP round box 20%> SI=(ri/∑ri/i)*100 </WRAP>

Onde:

ri é o número de parasitas por individuos por um dado número de espécies (representado pelo i). Note-se que, no denominador os valores de ri, são calculados para cada uma das espécies de hospedeiros e somados para todas as espécies. O valor é dado em porcentagem (%).

''O penso em colocar como entrada um dataframe desta forma.''

^ spp. de Hospedeiros ^ sp.1 ^ sp.2 ^ sp.3 ^
^ Nº de ind. de hospedeiros ^ xx ^ xx ^	xx ^ 
^ sp.x (Espécies de parasitas) ^ xxx (nº indivíduos) ^ xxx (nº indivíduos) ^ xxx (nº indivíduos) ^
^ sp.y ^ xxx (nº indivíduos) ^ xxx (nº indivíduos) ^ xxx (nº indivíduos) ^



MARSHALL, A.G. The ecology of ectoparasitic insects. London: Academic Press, 1981. 459 p.


===== Plano B =====

A partir de diferentres argumentos como:

Número de hospedeiros infestados, Número de hospedeiros examinados etc

A função irá calcular os seguinte indices:

'' Intensidade média de ectoparasita ''

<WRAP round box 15%> IMP= ƩXI/HI </WRAP>

ƩXI= Somatória indivíduos de parasitas, em uma determinada espécie de hospedeiro. 

HI= Número de hospedeiros infestados

'' Coeficiente de Dominância ''

<WRAP round box 20%> CD= (Ʃxi/Ʃti)*100 </WRAP>

Ʃxi= Somatório dos indivíduos de ectoparasitas de uma determinada espécie,  em cada espécie hospedeiro

Ʃti= Somatório do número de ectoparasitas de todas as espécies encontradas em todos os hospedeiros

'' Índice de Infestação (II) ''


<WRAP round box 20%> II= (HI/HE)x100 </WRAP>

Onde:

HI= Número de hospedeiros infestados 

HE= Número de hospedeiros examinados


BOTELHO, J.R. & LINARDI, P. M. 1996. Interrelações entre ectoparasitos e roedores em ambientes silvestres e urbano de Belo Horizonte, Minas Gerais, Brasil. Rev. Brasileira de Entomologia. 40 (3/4): 425 – 430.

<WRAP center round box 60%>
Olá\\
A proposta A me parece muito simples, já que envolve o cálculo de apenas um índice simples, que não exige nenhuma transformação dos dados de entrada. Como a proposta B envolve o cálculo de mais índices, ela me parece mais interessante e sugiro que você siga com ela. Se entendi bem, os mesmos dados de entrada da proposta B podem ser usados para calcular o índice da proposta A, então talvez seja possível você implementar as duas propostas na mesma função.
\\
----//[[deboraycb@gmail.com| Débora]]//


Concordo com a Debora, siga pela B e se tiver gás inclua o índice da A. 
 --- //[[aleadalardo@gmail.com|Alexandre Adalardo de Oliveira]] 2014/04/25 19:04//
</WRAP>

====== Resolução do Trabalho Final ======

===== Plano A e B Concatenados =====

=== Índices de Relações Parasita-Hospedeiro ===

A função final indices.parasitas calcula os quatro índices:

- Coeficiente de Dominância (CD)

- Índice de Insfestação (II)

- Índice de Especificidade (SI)

- Intensidade Média de Parasitas (IMP)

A entrada (x) consiste em uma tabela, onde a primeira coluna é representada pelos indivíduos de hospedeiros examinados (ou seja parasitados ou não), nas demais colunas são representados pelo número de indivíduos de parasitas para seu respectivos hospedeiro (lembre-se que na primeira linha são colocados as espécies de parasitas.

<WRAP center round box 60%>
A tabela abaixo mostra a como deve ser a entrada dos dados.
</WRAP>

^  ^ Androlaelaps.fahrenholsi  ^ Gigantolaelaps.wolffsohni ^ Mysolaelaps.parvispinosa ^
^ Akodon.sp. ^ 5 ^ 0 ^ 2 ^ 
^ Akodon.sp. ^ 10 ^ 2 ^ 0 ^
^ O.nigripes ^ 0 ^ 0 ^ 0 ^

===== Código da Função indices.parasitas =====

<code>
indices.parasitas <-function(x) #cria a funçao para calcular os 
indices de parasitas e hospedeiros. A entrada deve ser um objeto 
de tabela contendo na primeira coluna cada indivíduo de hospedeiro, as 
demais colunas representam o numero de indivíduos de cada espécie de parasita.
  {
    
    dados2 <- x [,2:(length(dados)-1)] # cria o objeto "dados2" 
    contendo o objeto dados, porém excluindo a primeira coluna 
    que contém os nomes das espécies dos hospedeiros
    dados3 <- dados2>0 #cria objeto "dados3" com os valores de 
    "dados2" em uma matriz lógica de presença e ausência.
    
    hospedeiros <- as.factor(x[,1]) #cria vetor "hospedeiros" 
    com os nomes das espécies de hospedeiros.
     
    #Coeficiente de Dominância (CD) - para parasita
    #####################################
    xi <- apply(dados2, 2, sum) #soma o número total de parasitas
     em cada espécie de hospedeiro.
    ti <- sum(xi) #soma de todos os parasitas nos hospedeiros.
    CD <- (xi/ti)*100 #cálculo do índice e criação do objeto "CD" 
    contendo o resultado.
    ########################################  
    
    #Índice de insfestação (II)- para hosts
    ################################################
    Hi <- apply(dados3, 1, sum) #cria um objeto "Hi" de vetor com a
     soma do número de parasitas em cada indivíduo de hospedeiro.
    Hi[Hi>0] <- 1 #substitui os valores maiores que zero do vetor 
    pelo numero 1. 
    Hi2 <- tapply(Hi, hospedeiros, sum) #soma o número de individuos
     hospedeiros parasitados por espécie.
    He <- summary(hospedeiros) #obtem o número de hospedeiros examinados
     e coloca em um objeto "He".
    II <- (Hi2/He)*100 #cálculo do índice e cria objeto "II" contendo
     o resultado.
    ###################################################
     
    #Indice de Especificidade (SI) - para hosts
    ##################################################
    soma.par <- rowsum(dados2, hospedeiros) #soma o número de cada espécie 
    de parasita por cada espécie de hospedeiro. 
    ri <- soma.par/He #cria objeto "ri" contendo o número de cada espécie 
    de parasita por indivíduo de cada espécie de hospedeiro.
    Eri <- apply(ri, 2, sum) #cria objeto "Eri" contendo a soma dos valores 
    do objeto "ri" por coluna (parasitas).
    vezes <- length(He) #cria objeto "vezes" contendo o valor do número de 
    espécies de hospedeiros. 
    matriz <- matrix(rep(Eri,each=vezes), nrow=vezes, ncol=length(dados2)) 
    #cria uma matriz contendo o valor de "Eri" com repetição em todas as linhas
     de cada coluna. O número de linhas será o número de espécies de hospedeiros
      e o número de colunas o número de espécies de parasitas. 
    matriz <- as.data.frame(matriz) #a matriz é transformada em um dataframe. 
    (!O objetivo foi criar um objeto que fosse compativel com o objeto "ri",
     permitindo realizar as operações seguintes). 
    Eri <- matriz #sobescreve o objeto "Eri" pela matriz.
    SI <- (ri/Eri)*100 #calculo do índice e cria o objeto "SI" contendo o 
    resultado.
    ####################################################
    
    #Intensidade Média de Parasitas (IMP) - para hosts
    ############################################
    XI <- apply(soma.par, 1, sum) #soma do número de todos as espécies de 
    parasitas por espécie de hospedeiro. 
    HI <- Hi2 #numero de hospedeiros parasitados!
    IMP <- XI/HI #calculo do índice e cria o objeto "IMP" contendo o resultado.
    ####################################### 
  
  indices <- list(CD, II, SI, IMP) #cria uma lista contendo os índices calculados.
  names(indices) <- c("Coeficiente de Dominância (CD)", "Índice de insfestação (II)", 
  "Índice de Especificidade (SI)"," Intensidade Média de Parasitas (IMP)") #renomeia 
  cada objeto "indices" dentro da lista.
  return(indices) #output da funçao: quatro tabelas contendo os índices calculados.
  
    }
</code>

===== Help da Função indices.parasitas =====

<code>

indices.parasitas           package: nenhum         R Documentation

Coeficiente de Domonância, Índices de Infestação e espécificidade
e Intensidade média de ectoparasitas.

Descrição:
A função calcula quatro índices relacionados as relações parasitas 
hospeiros que são amplamente usados. 
O resultados da função são quatro tabelas contandos os índices.

Uso:
indices.parasitas (x)

Argumentos: x	Objeto do tipo tablela.

Detalhes:

Para que a função funcione normalmente, a tabela de 
entrada deve ter na primeira coluna os indivídos de hospedeiros, 
nas demais colunas o número de indivíduos de cada espécie de parasita 
em seu respectivo hospedeiro. A partir da segunda coluna na primeira 
linha deve-se colocar os nomes das espécies de parasitas. Os valores 
devem ser númericos (exeto a primeira coluna e linha) e é necessario 
colocar o 0 (zero), pois a função não entende valores vazios. 

Valores:

Quatro tabelas contendo cada índice. Coeficiente de Dominância (CD), 
Índice de insfestação (II), Índice de Especificidade (SI) e 
Intensidade Média de Parasitas (IMP).


 

Autor:
Pedro Balieiro
pedrobalieiro@uol.com.br

Referencias:

MARSHALL, A.G. The ecology of ectoparasitic insects. London:
Academic Press, 1981. 459 p.

BOTELHO, J.R. & LINARDI, P. M. 1996. Interrelações entre ectoparasitos
 e roedores em ambientes silvestres e urbano de Belo Horizonte, 
Minas Gerais, Brasil. Rev. Brasileira de Entomologia. 40 (3/4): 425 – 430. 



Exemplo:

Baixe os arquivos em: http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:pedrobalieiro:start

(Não consegui criar uma tabela aleatoria gerada pelo R).

</code>

=== Arquivos para Demostração ===

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{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:pedrobalieiro:teste.indices.parasitas.r|}}