{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:previero:foto.jpg?200|}}
====== Marília Previero ======
Doutoranda em Oceanografia IO-USP. Trabalho com pesca de peixes recifais no Banco dos Abrolhos, BA.
===== Exercícios =====
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===== Proposta de Trabalho Final =====
{{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:previero:trabalho_final_-_proposta.txt|}}
Ambas as propostas são objetivas, factíveis e de interesse para teu campo de estudo. Porém, eu não entendi como seria dado o VLOT no plano A. Já existe essa informação na literatura? Me parece que o plano B deveria ser um passo dentro do plano A, não? Outra coisa, no plano A o vetor LEN é dado pelo usuário, certo? Em caso positivo o vetor LEN também seria um argumento da função.
----//[[floresta@gmail.com| Carlos]]//
====== Trabalho Final ======
Optei por unir as duas propostas e elaborar as funções VLOT e FRO. A função VLOT é utilizada dentro da função FRO, de modo que ambas são complementares. Foram elaboradas duas funções, com uma página de ajuda para cada.
Função 01
===== Página de ajuda =====
VLOT package:unknown R Documentation
Value of the optimum length
Description:
Calculates the optimal length of a fish specie. It is used in the "FRO" function
to provide the optimum size of a fish in the fishing catches and to provide the megaspawners
size of a particular specie.
Usage:
VLOT (x)
Arguments:
x Data frame with five columns (age, mean weight, mean length, number of
individuals, number of individuals* mean weight). The values are numeric and the
colnames should be: "age", "meanwei","meanlen", "numbind", "mul".
Details:
Identifies the length at which the number of fish in a given age class multiplied by
the average individual weight is maximum
Value:
Return the optimum length
Author(s):
Marília Previero
References:
FROESE, R. Keep it simple: three indicators to deal with overfishing.
Fish and Fisheries, Oxford, v. 5, n.1, p. 86–91, 2004.
See Also:
[[FRO|link text]]
Examples:
age=seq(from=1, to=20)
meanwei=c(0.05, 0.1, 0.3,0.7, 0.1,2.26,2.38,3.2,3.6,4.2,4.9,5.4,5.5,6.2,6.5,6.9,7.3,7.9,8.3,8.9)
meanlen=seq(from=10, to=86, by=4)
numbind=c(2, 4, 14, 22, 24, 66, 88, 122, 133, 131, 144, 99, 98, 76, 55, 33, 18,11, 7, 3)
mul=c(0.10, 0.40 ,4.20,15.40,2.40, 149.16, 209.44 ,390.40, 478.80, 550.20, 705.60, 534.60,539.00 ,471.20 ,357.50 ,227.70, 131.40 , 86.90 , 58.10 , 26.7)
data=data.frame(cbind(age, meanwei, meanlen, numbind, mul))
data
VLOT(data)
===== Código da função =====
VLOT<- function(x)# x é um data frame com cinco colunas: age, meanwei,meanlen, numbind, mul
{
ma=max(x$mul)# encontra o valor máximo da coluna "mul"
Len=x[x$mul==ma,1]# encontra o valor de "meanlen" correspondente ao valor de "ma"
return (Len)# retorna o valor de Len, que é o VLOT
}
===== Arquivo da função =====
Script: {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:previero:script_vlot.txt|}}
Função 02
===== Página de ajuda =====
FRO package:unknown R Documentation
Fishery indicators of Froese (2004)
Description:
To a certain fish specie, calculates the percentage of mature individuals,
the percentage of optimum size individuals and the percentage of mega spawners in
fisheries catches.
Usage:
FRO(x,i,L50)
Arguments:
x Data frame with one column containing the lengths of the individuals.
The colname should be "len"
i Data frame with five columns (age, weight, average length, the number
of individuals, number of subjects * Average weight). The colnames should
be: "age", "meanwei","meanlen", "numbind", "mul".
L50 Numeric. Average size of first maturation, available in the literature
for the studied specie.
Details:
Records the percentage of individuals in the sample that are larger than the
L50, the percentage of individuals whose lengths are in the range of 10% below
to 10% above that the value of the optimal size. Records the percentage of
individuals in the sample that have size 10% or more than the value of the optimal
size.
Value:
mat : Percentage of individuals in the sample that are larger than its L50
lot : Percentage of individuals in the sample with optimum size
mgr : Percentage of megaspawners individuals in the sample
Author(s):
Marília Previero
References:
FROESE, R. Keep it simple: three indicators to deal with overfishing.
Fish and Fisheries, Oxford, v. 5, n.1, p. 86–91, 2004.
See Also:
[[VLOT]]
Examples:
age=seq(from=1, to=20)
meanwei=c(0.05 , 0.1, 0.3,0.7, 0.1,2.26,2.38,3.2,3.6,4.2,4.9,5.4,5.5,6.2,6.5,6.9,7.3,7.9,8.3,8.9)
meanlen=seq(from=10, to=86, by=4)
numbind=c(2, 4, 14, 22, 24, 66, 88, 122, 133, 131, 144, 99, 98, 76, 55, 33, 18,11, 7, 3)
mul=c(0.10, 0.40 , 4.20, 15.40, 2.40, 149.16, 209.44 ,390.40, 478.80, 550.20, 705.60, 534.60,539.00 ,471.20 ,357.50 ,227.70, 131.40 , 86.90 , 58.10 , 26.7)
opt=data.frame(cbind(age, meanwei, meanlen, numbind, mul))
VLOT(opt)
len=rnorm(100,mean=18, sd=15)
le=data.frame(len)
FRO(le,opt,9)
===== Código da função =====
FRO<-function(x,t,L50)
{
mat=100*(sum(x>L50))/length(x$len) #contabiliza a porcentagem de indivíduos na amostra que são maiores que o L50
lot=100*(sum(sum(xVLOT(t)*1.1))/length(x$len) # o mgr é a porcentagem de indivíduos na amostra que tem tamanho maior
que 10% a mais do VLOT.
res=list(mat=mat, lot=lot, mgr=mgr) # resulta os valores de mat, lot e mgr
return(res)
}
===== Arquivo da função =====
Script : {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:previero:script_fro.txt|}}