===== Proposta escolhida =====
Frente à devolutiva do monitor responsável pela avaliação das minhas propostas, aplicabilidade da função e familiaridade com o tema, decidi prosseguir com a **Proposta A: Suficiência amostral em trabalhos com diversidade genética**. 
=== Contextualização ===
Tamanho amostral adequado é essencial em qualquer estudo empírico cujo objetivo seja fazer inferências sobre a população a partir de uma amostragem((Fonte: https://en.wikipedia.org/wiki/Sample_size_determination)). Em geral, avaliar a suficiência amostral é uma prática frequente em trabalhos de ecologia. No entanto, em outras áreas, como genética de populações, tal abordagem ainda é dificilmente incorporada às análises de dados. Alguns trabalhos tem buscado estabelecer generalizações a respeito do tamanho amostral adequado para estimativa de diversidade genética das populações (e.g. Hale //et al.// 2012)((Hale ML, Burg TM, Steeves TE (2012) Sampling for Microsatellite-Based Population Genetic Studies: 25 to 30 Individuals per Population Is Enough to Accurately Estimate Allele Frequencies. PLoS ONE 7(9): e45170)). Apesar desse esforço, é sabido que essa suficiência amostral pode variar com o tipo de marcador molecular, nível de polimorfismo dos //loci// e história natural das espécies. Sendo assim, a função ''sample.suff'' desenvolvida tem como objetivo permitir aos pesquisadores interessados em genética de populações avaliar se, dado o conjunto de //loci// microssatélites genotipado, seu esforço amostral foi suficiente para inferir a diversidade genética das populações ou grupos de indivíduos diplóides sob estudo.
=== Alterações e Justificativas ===
Ao longo da elaboração do trabalho final, algumas alterações foram necessárias com relação à proposta inicial.
Abaixo, encontra-se uma relação dessas alterações seguida da respectiva justificativa.

^Proposta^Alteração^Justificativa^									
|Incluir riqueza de alelos privados (''pA'') como uma das opções de gen.div |Opção removida  |''pA'' não depende apenas dos indivíduos amostrados na população, mas também do número de populações amostradas. Logo, não é uma estimativa de diversidade genética intrínseca à população. Portanto, essa opção foi removida|
|Usar pacotes ''PopGenReport'' e ''adegenet''|Usar apenas pacote ''adegenet''|O pacote ''adegenet'' permitiu realizar todas as tarefas previstas na função. Portanto, não houve necessidade de usar outro pacote para análises de diversidade genética|
|Possibilidade de incluir argumento ''mol.marker''((daria ao usuário a opção de escolher entre marcadores SNPs e microssatélites))|Opção não incluída|Conforme previsto na proposta, o argumento ''mol.marker'' apenas seria incluído na função caso houvesse tempo disponível. No entanto, a função com os argumentos propostos consumiu bastante tempo para elaboração, tornando inviável a inclusão do argumento ''mol.marker'' no prazo previsto((fazer isso demandaria o uso de outra abordagem de análise, bastante diferente da utilizada para marcadores microssatélites))|
|No objeto ''dados'', organizar cada //locus// em duas colunas, uma para cada alelo|Organizar ''dados'' de forma que haja uma coluna por //locus//, com alelos separados por barra (/)| Alteração fez-se necessária para adequada transformação do data frame em objeto da classe genind, visto que esta é a classe de objetos utilizada pelo pacote adegenet para as análises genéticas|
|Dentro do 1º ciclo ''for'', estimar diversidade genética para cenários simulados apenas|Além do proposto, no primeiro ciclo ''for'' também foram incluídas as estimativas de diversidade genética para as populações observadas (ou seja, fora do contexto das simulações)| Tal procedimento foi feito para reduzir a redundância do cógido e não ter que criar um outro ciclo ''for'' também com contador de i até o número de populações|
|Gerar subamostragens das populações, usando ''sample'' com ''size''=j e ''replace''=TRUE|Usar ''sample'' com ''size''=j e ''replace''=FALSE|Evitar que um mesmo indivíduo possa ser amostrado nas populações simuladas, o que enviesaria a estimativa de diversidade genética|
|Plotar gráfico com linhas correspondentes aos intervalos de confiança|Ao invés de linhas, plotar área sombreada no gráfico, com cor com transparência, correspondente ao intervalo de confiança das estimativas de diversidade genética|Alteração deixou gráfico menos poluído e esteticamente mais bonito|
|Colocar legendas com cores das populações e o que cada linha indica|Na legenda são mostradas as cores da linha (média) e da área sombreada (intervalo de confiança) e a população correspondente|A interpretação da linha (média da estimativa de diversidade genética) e da área sombreada (intervalos de confiança) encontra-se explicitamente explicada na seção VALUE do ''help'' da função|