sample.check package:unknown R Documentation CHECAGEM DE PARÂMETROS DE AMOSTRAS DE DNA COM CÁLCULO DE VOLUME DE ALICOTAS. Description: Função para conferir os valores das razões OD260/OD280 e OD260/OD230, além de valores de concentração. Diversos protocolos para manuseio de amostras de DNA apresentam etapas de conferência de grau de pureza e grau de concentração de amostras para a execução de genotipagem e amplificação. A configuração dos valores de referência podem ser alterados pelo usuário, bem como podem ser utilizados os valores default largamente utilizados. Esta função checa os parâmetros e calcula os valores de amostra e de buffer para preparação de alicotas de amostras de DNA. Usage: sample.check(file, RAZ1MIN, RAZ1MAX, RAZ2, CONC, VOL) Arguments: file: arquivo de entrada de classe data.frame com os nomes das amostras, valores de razões OD260/OD280 e OD260/OD230 e valor de concentração, informações obtidas através de equipamentos quantificadores de DNA. RAZ1MIN: valor mínimo aceitável pelo range da razão OD260/OD280. Quando não apresentado, o valor default será 1.8. RAZ1MAX: valor máximo aceitável pelo range da razão OD260/OD280. Quando não apresentado, o valor default será 2.0. RAZ2: valor mínimo aceitável pelo range da razão OD260/OD230. Quando não apresentado, o valor default será 2.0. CONC: valor mínimo de concentração da amostra. Quando não apresentado, o valor default será 15 ng/uL. VOL: valor final da alícota da amostra conferida. Quando não apresentado, o valor default será 55 uL. Details: O arquivo de input file requerido precisa ser apresentado seguindo um padrão. O arquivo pode ser construído usando programas de texto comuns ou programas de manuseio de tabelas, contanto que: - Não apresente cabeçalho. - Traga dados de cada amostras por linha. - Na primeira coluna contenha os nomes das amostras. - Na segunda coluna apresente a razão OD260/OD280. - Na terceira coluna apresente a razão OD260/OD230. - Na quarta e última coluna apresente a concentração. - Não apresente células vazias ou dados faltantes. - Use "." como separador de unidades decimais. - É recomendado usar a função read.table para "chamar" o arquivo de input, usando os argumentos: dec = ".", sep = "", header = F, stringsAsFactors = F. -Exemplo: file <- read.table("teste.txt", dec = ".", sep = "", header = F, stringsAsFactors = F) *Consulte e abra o arquivo "exemple" no final da pagina do help em caso de dúvidas. Value: Arquivo data.frame contendo, em ordem: - Coluna com nome das amostras - Coluna com status de checagem da razão OD260/OD280. - Coluna com status de checagem da razão OD260/OD230. - Coluna com status da checagem da concentração. Em caso de amostra adequada os 3 parâmetros, ainda apresenta: - Coluna com volume de amostra a ser separado para alícota. - Coluna com volume de buffer a ser adicionado a alícota da amostra. Warning: Se houver montagem incorreta do arquivo de input "FILE" serão apresentados warnings com parada de execução da função. - Warning com parada quando o arquivo de entrada não é classe data.frame. - Warning com parada quando o arquivo de entrada não apresenta número de colunas adequado. - Warning com parada quando o arquivo de entrada apresenta "NA". - Warning com parada quando o arquivo de entrada apresenta caracteres entre a coluna 2 até a 4 do input. Author(s): Vinícius Magalhães Borges e-mail: vinyborges@usp.br (71) 99138-301 References: -260/280 and 260/230 Ratios. Disponível em: . Acessado em: 23 de Maio de 2018. -Affymetrix. Affymetrix Service Guide Axiom Human. Affymetrix, v.1.1. -Assessment of Nucleic Acid Purity. Disponível em: . Acessado em: 22 de Maio de 2018. -Interpretation-of-Nucleic-Acid-260-280 ratios. Disponível em: . Acessado em: 22 de Maio de 2018. See Also: Arquivo de exemplo no final da página do help. Examples: sample.check(file = file) sample.check(file = file, CONC = 12, VOL = 55) sample.check(file = file, RAZ1MIN = 1.5, RAZ1MAX = 2.5, RAZ2 = 3) sample.check(file = file, RAZ1MIN = 1.5, RAZ1MAX = 2.5, RAZ2 = 3, CONC = 20, VOL = 50) {{:bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:vinyborges:teste.txt|Arquivo de input: EXEMPLE}} --- //[[vinyborges@usp.br|Vinicius Magalhães Borges]] 2018/05/27 13:32//