====== Ajuda: actograma() ====== actograma package:unknown Documentation PLOTAGEM DE RITMOS BIOLÓGICOS NA FORMA DE ACTOGRAMA Descrição: Função para retornar graficamente dados biológicos ritmicos no formato típico de actograma, comumente utilizado na área de estudos cronobiológicos. O actograma permite combinar os dados de um mesmo indivíduo a diferentes regimes ambientais de fotoperíodo (obrigatório) e de temperatura(opcional). Além do gráfico, a função retorna o número de dias presente no actograma gerado e uma tabela detalhando os regimes cícilos de claro-escuro e de quente-frio declarados para cada data. Uso: actograma(data_hora, ritmo, n.linhas, Ei, Ef, Fi=rep("00:00:00",n.linhas), Ff=rep("00:00:00",n.linhas)) Argumentos: data_hora: Vetor contendo valores de data e hora no formato de 'time stamp' (mês/dia/ano hora:minutos:segundos). ritmo: Vetor contento valores numéricos positivos da variável biológica ritmica observada para cada data_hora. n.linhas: Valor numérico equivalente à posição da última observação contida no conjunto que deve ser incluído no actograma. Ei: Vetor contendo os horários de início de escuro para cada observação, no formato "hh:mm:ss". Ef: Vetor contendo os horários de término de escuro para cada observação, no formato "hh:mm:ss". Fi: (Opcional) Vetor contendo os horários de início de frio para cada observação, no formato "hh:mm:ss". Quando não informado, assume-se valores "00:00:00". Ff: (Opcional) Vetor contendo os horários de término de frio para cada observação, no formato "hh:mm:ss". Quando não informado, assume-se valores "00:00:00". Detalhes: O argumento n.linhas pode ser utilizado para selecionar um conjunto dos dados desejados, tendo-se em mente que como trata-se de dados temporais em sequência, n.linhas se refere à quantidade de observações contidas no intervalo 1:n.linhas, ou seja, sempre a partir da primeira observação fornecida. Caso não sejam fornecidos valores para Fi nem Ff, assume-se um regime de tempera- tura constante e o actograma é gerado com as barras referentes aos valores do ritmo na cor preta. Na tabela de detalhamento das condições utilizadas, esse tipo de regime é indicado como Q:F 24:0. É possível indicar trechos de temperatura constante utilizando valores iguais para Fi e Ff. Dessa forma, pode-se combinar num mesmo actograma regimes térmicos cons- tantes e cíclicos. Da mesma forma para regimes fotoperiódicos (de claro-escuro), é possível indicar regime de claro contante ao utilizar valores iguais para Ei e Ef, regime de escuro constante ao utilizar Ei="00:00:00" e Ef="23:59:59", ou regime de claro-escuro cíclico de acordo com os horários indicados de início e término para cada data. Também é possível combinar diferentes condições utilizadas num mesmo actograma. Valores retornados: Actograma duplo do ritmo indicado, representado na forma de barras, combinado a regimes de fotoperíodo e temperatura detalhados pelo usuário. Tabela com detalhamento do regime de claro-escuro descrito para cada dia do acto- grama, combinado ao regime de quente-frio quando inserido pelo usuário. Avisos: Valores negativos para o vetor de ritmo são permitidos, embora não sejam represen- tados no gráfico e gerem uma mensagem de aviso. Todas as observações de uma mesma data devem conter os mesmos horários para Ei, Ef, Fi ou Ff. A fim de permitir maleabilidade de regimes claro-escuro e quente- frio em um mesmo actograma, a inserção correta fica a cargo do usuário. Em caso de inserções incorretas, podem haver falhas gráficas no actogtama sem que haja avisos. A fim de permitir melhor visualização de padrões, as larguras das barras que representam o ritmo no actograma estão configuradas para abranger 500 segundos na escala de 24 horas. Em caso de sobreposição de dados nesse intervalo, o acto- grama é gerado com mensagens de aviso. Caso algum dos argumentos seja inserido incorretamente, a função é interrompida e traz uma mensagem de erro. Autores: Beatriz Foganholi Fernandes e-mail: beatriz.foganholi.fernandes@usp.br beatrizfernandes.bff@gmail.com Referências: MARQUES, M. D.; GOLOMBEK, D.; MORENO, C. Adaptação Temporal. In: MARQUES, N. & MENNA-BARRETO, L. Cronobiologia: princípios e aplicações. São Paulo: Editora Universidade de São Paulo, 1999. p.45-62. Exemplos: #Representando um actograma com quatro dias, com seis observações equidistantes #de ritmo em cada, e diferentes condições de regime claro-escuro e quente-frio: #Seis horários equidistantes em quatro datas (totalizando 24 observações). data_hora <- c("03/29/1995 00:00:00", "03/29/1995 04:00:00", "03/29/1995 08:00:00", "03/29/1995 12:00:00", "03/29/1995 16:00:00", "03/29/1995 20:00:00", "03/30/1995 00:00:00", "03/30/1995 04:00:00", "03/30/1995 08:00:00", "03/30/1995 12:00:00", "03/30/1995 16:00:00", "03/30/1995 20:00:00", "03/31/1995 00:00:00", "03/31/1995 04:00:00", "03/31/1995 08:00:00", "03/31/1995 12:00:00", "03/31/1995 16:00:00", "03/31/1995 20:00:00", "04/01/1995 00:00:00", "04/01/1995 04:00:00", "04/01/1995 08:00:00", "04/01/1995 12:00:00", "04/01/1995 16:00:00", "04/01/1995 20:00:00") #24 valores aleatórios para ritmo. ritmo <- c(abs(rnorm(n=24, mean=10, sd=9))) #1º dia com regime de claro constante, 2º dia com escuro entre 6h e 18h, #3º dia com escuro entre 18h e 6h, 4º dia com escuro constante. Ei <- c(rep("00:00:00",6),rep("06:00:00",6),rep("18:00:00",6),rep("00:00:00",6)) Ef <- c(rep("00:00:00",6),rep("18:00:00",6),rep("06:00:00",6),rep("23:59:59",6)) #1º dia com regime de temperatura constante, 2º dia com frio entre 6h e 18h, #3º dia com frio entre 18h e 6h, 4º dia com frio entre 4h e 20h. Fi <- c(rep("00:00:00",6),rep("06:00:00",6),rep("18:00:00",6),rep("04:00:00",6)) Ff <- c(rep("00:00:00",6),rep("18:00:00",6),rep("06:00:00",6),rep("20:00:00",6)) #Executando a função para todos os dados e regimes: actograma(data_hora=data_hora,ritmo=ritmo,n.linhas=24,Ei=Ei,Ef=Ef,Fi=Fi,Ff=Ff) #Executando a função para todos os dados sem fornecer Fi nem Ff: actograma(data_hora=data_hora,ritmo=ritmo,n.linhas=24,Ei=Ei,Ef=Ef) #Executando a função para os 3 primeiros dias, com todos os regimes: actograma(data_hora=data_hora,ritmo=ritmo,n.linhas=18,Ei=Ei,Ef=Ef,Fi=Fi,Ff=Ff) #Executando a função para os 3 primeiros dias, sem fornecer Fi nem Ff: actograma(data_hora=data_hora,ritmo=ritmo,n.linhas=18,Ei=Ei,Ef=Ef)