Uma função que transforme a tabela de dados de captura-marcação-recaptura do excel para o formato específico para entrada de dados no programa MARK.
O MARK necessita de uma tabela com apenas 1 e 0, diferente da planilha que geralmente é usada para armazenar dados brutos no Excel. Embora pareça uma tarefa simples, com o acúmulo de dados o tempo gasto para a criação dessa tabela é enorme. Gostaria de criar uma função que criase diretamente a planilha no formato do MARK, mas ainda estou pensando se é possível criar uma função mais geral ou se essa função ficaria muito específica para meus dados.
Não sei se entendi direito, nunca vi uma planilha de marcação-recaptura. Para poder avaliar gostaria que postasse aqui um exemplo simples (pequeno) da planilha de dados brutos e como ela deve ficar para entrar no MARK. A principio acho que a proposta é viável, mas realmente gostaria de ter uma idéia antes vendo as planilhas.
Se é apenas a conversão de uma planilha de abundâncias em persença/ausência é simples demais, bastando algo como
objeto[objeto>0] <- 1
Se além disso é preciso fazer um re-arranjo complicado nos dados, aí ok. A pegrunta é o que faria desta função algo de fato útil para quem usa o Mark.
É necessário fazer um re-arranjo dos dados sim, mas confesso que achei a função simples demais no final. Estou tentando fazer o plano B, mas até agora não consegui terminar e por isso, por enquanto, vou postar a função do plano A. De qualquer forma gostaria de terminar a função do plano B e depois mostrá-las a vocês, sem compromisso com o trabalho final.
Criar uma função que gere uma série de gráficos iniciais para a avaliação geral de dados populacionais de mamíferos. Seria apenas para uma análise visual rápida dos seus dados, utilizando os modelos mais simples, para auxiliar na escolha de futuras análises. Seria gerado um gráfico de tamanho populacional anual, classe de idades anual, período reprodutivo anual, e um resumo com número de capturas total e taxa de recapturas.
O grande problema desse plano B é novamente a formatação da planilha original, caso eu não queira que a função fique muito específico. Um outro problema é identificar o que é captura e recaptura. Enfim, a idéia desse plano B ainda está muito imatura na minha cabeça.
Esta parece mais interessante, pq é mais desafiadora …
tabmark package:nenhum R Documentation
Transformação de planilha do Excel para dados de captura-recaptura para o formato necessário para entrada noprograma Mark.
Description:
Transforma a planilha de dados do excel, contendo a informação das datas de captura e recaptura de cada indivíduo marcado, para uma tabela no formato de 1 e 0 necessária para a entrada no programa Mark.
Usage:
tabmark(dados,nome)
Arguments:
dados: dados no formato csv.
nome: nome a ser dado a planilha final.
Details:
Os dados da tabela original devem ter a primeira coluna com a data das capturas e recapturas e na segunda coluna o número da marcação de cada indivíduo. Essa planilha é transformada através da função table na planilha de 1 e 0.
Value:
A nova tabela é gerada e mostrada na tela. No diretório atual será salva a nova tabela.
Author(s):
Camila Barros
camiladebarros@uol.com.br
References:
Cooch E. & White,G. 2007. //A gentle introduction//. 5th edition.
See Also:
'table' pacote base
Examples:
tabmark("teste.R2.csv",nome="Akodon")
tabmark=function(dados, nome=a)
{
### Transforma dados de captura e recaptura em tabela própria para entrada no programa Mark.
###
meusdados= read.csv(dados, sep=",", header=T)
head(meusdados)
colnames(meusdados)=c("date","tag")
my_table= table(meusdados$tag,meusdados$date)
my_table
write.csv(my_table,nome)
return(my_table)
}