Curso 2010

Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação de nossa disciplina, ministrada em março de 2010 no Instituto de Biocências da USP, e outras informações importantes. Além disto, há algumas atividades prévias a cumprir antes do início das aulas.

Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo

• Paulo Inácio K. L. Prado, Grupo de Ecologia Teórica-IB (prado@ib.usp.br)
• Alexandre Adalardo de Oliveira, Lab. Ecologia de Florestas Tropicais LABTROP - IBUSP (adalardo@usp.br)
• Rodrigo Augusto Santinelo Pereira, Laboratório de Biologia Reprodutiva de Ficus, FFCLRP - USP. (raspereira@yahoo.com.br)

• Barbara Henning - PG Ecologia, IB-USP
• Fábio Machado - PG Zoologia, MZUSP
• Guilherme Garcia - PG Genética, IB-USP
• Gustavo Burin Ferreira - PG Botânica, IB-USP
• Tatiana Hideko Kawamoto - PG Fisiologia, IB-USP

• Disciplina condensada, 08 a 26 de março de 2010
• Aulas teóricas de segunda a sexta pelas manhãs, das 8:30-12:30 .
• Laboratório de informática: tutorial das 14:00-15:30, exercícios das 16:00-18:00

As aulas ocorrerão em diferentes salas do Instituto de Biociências da USP, esteja atento(a) ao programa abaixo.

O Laboratório Multimídia fica no centro didático (prédio da biblioteca) andar térreo.

As salas “Minas” ficam no edifício Félix Kurt Rawitscher, em frente ao prédio da Botânica, do outro lado da Rua do Matão.

• Antes do inicio da disciplina os alunos devem executar as Atividades Preparatórias.
• A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios monitorados.
• Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo Forum disciplina R

William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002. Conhecido na comunidade R como “The Book”, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o MASS¹⁾, que faz parte da instalação básica do R. Visite o site do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002. Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, car, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o site do livro.

John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005. Derivado de manual disponível gratuitamente no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o site do livro, e o pacote usingR.

Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007. Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o site do livro.

NOTA: Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção Contributed Documentation do site do R.

Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team An Introduction to R. Manual online. Manual oficial de introdução ao R.

Carlos Alzola and Frank E. Harrell An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries” O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

Petra Kuhnert and Bill Venables An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing. Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

• Taskviews: São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no CRAN²⁾. Para nossa área, p.ex, há os views Environmetrics, Multivariate, Genetics, Spatial. Todo espelho de CRAN mantém uma cópia dos taskviews. Para o espelho da FMV-USP o link é http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/.
• CRANTASTIC!: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do CRAN³⁾. Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as taskviews, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R.
• The R Journal: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
• Journal of Statistical Software: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre uso do R em ecologia, e outro sobre análises de redes (com ênfase para dados de ciências sociais).
• Quick R, de Rob Kabakoff: um guia rápido on line muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
• The R Wikibook: manual muito completo na coleção de Wiki Books.