precip.abund package:- R Documentation
Plotar gráficos de abundância e precipitação de dados coletados e simulados
Description:
A função precip.abund calcula índice de abundância através da divisão do número de indivíduos
por quantidade de água coletada, usando esse índice para plotar um gráfico que mostra a distribuição
desse índice por quantidade de precipitação (mM) por coleta. Ela gera também um gráfico com as
mesmas características já descritas, porém, com os dados misturados, simulando assim diferentes
situações com os dados já conhecidos.
Usage:
precip.abund(dados,L=TRUE)
Arguments:
dados Data.frame com quatro colunas: primeira com o número da coleta,
segunda com a quantidade de água coletada, terceira com o
número de indivíduos coletados, quarta com a precipitação
acumulada (período escolhido pelo usuário).
L Argumento para transformação da quantidade de água coletada
de mililitro para litro. O argumento deve ser =TRUE quando
o usuário quiser realizar a transformação.
Details:
Caso o usuário queira realizar a transformação com o argumento L=T, a quantidade de água
deve estar obrigatoriamente em mililitro. Caso L=F, o esperado é que os valores já estejam
em litro.
Para que o produto final da função seja correto, as colunas do data.frame devem estar
dispostas exatamente como está na explicação do argumento dados, pois há o cálculo de
índices e indexação de colunas do data.frame.
Ao rodar a função, serão emitidas mensagens para lembrar ao usuário quais valores devem
estar em cada coluna do data.frame.
Value:
A função retorna dois gráficos.
O primeiro tem como valor nas barras a precipitação por coleta e os pontos e linhas são
os índices de abundância calculados e plotados por coleta.
O segundo tem como valor nas barras a precipitação simulada por coleta e os pontos e linhas são
os índices de abundância simulados calculados por coleta.
Warning:
Caso a entrada de dados não seja em formato data.frame, a função é interrompida e é gerada
uma mensagem avisando que a entrada de dados não está no formato correto.
Author(s):
Amanda Alves Camargo
amandacamargo@usp.br
See Also:
As funções sample() e plot() podem ajudar o usuário a entender o retorno da função, principalmente
com relação ao segundo gráfico.
Examples:
##Criando objeto com o número das coletas
coletas<-rep(1:12,each=10)
##Criando objeto com a quantidade de água coletada
agua<-seq(from=100,to=350,by=50)
agua1<-rep(agua,20)
##Criando objeto com o número de indivíduos coletados
individuos<-rep(0:30,4)
##Criando objeto com os valores de precipitação
precip<-seq(from=70,to=180,by=10)
precip1<-rep(precip,10)
#Montando o data.frame com os objetos criados
dados<-data.frame(coletas,agua1,individuos,precip1)
#Rodando a função
precip.abund(dados,L=T)
##Criando vetor de números aleatórios
vetor<-c(1,3,6,8,90,4,5)
##Rodando a função
precip.abund(vetor,L=T)
#Ao rodar, o usuário receberá a mensagem de erro avisando que a entrada de dados não é um data.frame
######Script da Função: Precipitação e Abundância (precip.abund)#########
#Amanda Alves Camargo
#amandacamargo@usp.br
precip.abund<-function(dados,L=TRUE) #a função simabund possui dois argumentos: dados, que deve ser obrigatoriamente um data.frame e L, que deverá ser TRUE caso o usuário deseje converter o volume de água (mL), em litro.O default da função é L=TRUE.
{
if(class(dados)!="data.frame") #indica que se a classe de dados inseridos não for um data.frame
{
stop("o objeto não é um data.frame")} #a função não rodará e aparecerá a seguinte mensagem:"o objeto não é um data.frame", caso a entrada de dados não seja um data.frame
if(L==TRUE) #se o argumento litro for verdadeiro
{litro<-c(dados[,2]/1000)} #a função pegará a segunda coluna do data.frame (que deve obrigatoriamente ter os valores das quantidades de água em mL) e dividir por 1000, para assim dar o valor transformado em litros
else #caso contrário
{litro=dados[,2]} #manter os valores originais da coluna 2, todas as linhas
{message("se litro=TRUE a quantidade de água deve estar em ml no seu data.frame")} #avisa o usuário que se litro for verdadeiro, para que atransformação seja feita de forma correta, a quantidade de água deve estar em mL no data.frame
{message("verifique se a coluna 2 é a que contém as quantidade de água")} #avisa o usuário que a coluna 2 do data.frame deve conter obrigatoriamente os valores das quantidades de água
indice<-c(dados[,3]/litro) #cria o objeto indice, que possuirá o índice originado da divisão do número de indivíduos na coluna 3, pela quantidade de água que está no objeto litro
{message("verifique se a coluna 3 é a que contém o número de indivíduos")} #avisa o usuário que a coluna 3 do data.frame de conter obrigatoriamente os valores de número de indivíduos
precip<-c(dados[,4]) #cria um objeto que contém um vetor com os valores de precipitação, que estão na coluna 4 do data.frame
{message("verifique se a coluna 4 é a que contém os valores de precipitação")} #avisa o usuário que a coluna 4 do data.frame de conter obrigatoriamente os valores de precipitação
dados2<-cbind(dados,indice) #cria um objeto,adiciona uma coluna nova com os valores do objeto indice aos dados originais
coleta<-c(dados[,1]) #cria um objeto que contém um vetor com os valores dos dados de coleta, que estão na coluna 1
{message("verifique se a coluna 1 é a que contém a informação da coleta de dados")} ##avisa o usuário que a coluna 1 do data.frame de conter obrigatoriamente as informações de coleta
fun1<-tapply(X=indice,INDEX=coleta,FUN=mean) #cria um objeto,indexa os valores da coluna indice, por coleta, e calcula a média desses valores
fun2<-tapply(X=precip,INDEX=coleta,FUN=mean) #cria um objeto,indexa os valores da coluna de precipitação, por coleta, e calcula a média desses valores
par(mfrow=c(1,2)) #indica que os gráficos plotados devem estar em apenas 1 linha, mas em 2 colunas (ou seja,um gráfico ao lado do outro)
par(mar=c(5,4,5,4)) #define os valores dos parâmetros das margens superior e inferior, direita e esquerda
plot1<-barplot(fun2, col='white', xlab="Coletas",ylab="Precipitação (mM)",axes=FALSE) #cria objeto, plota o gráfico de barras que contém os valores do objeto fun2, a cor das barras deve ser branca, o eixo x de nome "Coletas", o eixo y de nome "Precipitação (mM"),os valores de eixo não devem ser plotados
axis(2,at=seq(0,500,50)) #o eixo y deve ir de 0 a 500, com intervalo de 50
par(new=TRUE)#o próximo plot deve ser feito no mesmo gráfico, não em um gráfico novo
plot2<-plot(fun1, col='red',axes=FALSE,ann=FALSE,pch=16) #cria um objeto, esse novo gráfico, que será postado no anterior, plota os valores do objeto fun1, na cor vermelha,os valores de eixo não devem ser plotados,os dados devem ser plotados em pontos, no modelo 16
axis(4) #cria o eixo para os valores do plot 2 no lado direito do gráfico
mtext(text="Índice Larvário",side=4, line=2.2) #define que o eixo 4 deve conter o nome "Índice Larvário", e que a dinstância do nome para o eixo deve ser 2.2
lines(fun1,col="red") #liga os pontos do objeto fun1 plotados através de uma linha vermelha
amostra<-sample(litro) #cria um objeto, mistura os valores do objeto litro
amostra2<-sample(dados[,3]) #cria um objeto, mistura os valores da coluna 3 dos dados (que deve conter o número de indivíduos)
amostra3<-sample(dados[,4]) #cria um objeto, mistura os valores da coluna 4 dos dados (que deve conter os valores de precipitação)
indice2<-amostra2/amostra #cria um objeto, dá o valor do índice que é obtido ao se dividir o objeto que contém os valores misturados de indivíduos pelo objeto que contém os valores de litro misturados
dados3<-cbind(dados2,amostra,amostra2,amostra3,indice2) #adiciona os objetos com os valores misturados ao objeto de dados original
fun3<-tapply(X=indice2,INDEX=coleta,FUN=mean) #cria um objeto,indexa os valores da coluna indice2, por coleta, e calcula a média desses valores
fun4<-tapply(X=amostra3,INDEX=coleta,FUN=mean) #cria um objeto,indexa os valores da coluna amostra3, por coleta, e calcula a média desses valores
par(mar=c(5,4,5,4)) #define os valores dos parâmetros das margens superior e inferior, direita e esquerda
plot3<-barplot(fun4, col='white', xlab="Coletas",ylab="Precipitação Simulada (mM)",axes=FALSE) #cria objeto, plota o gráfico de barras que contém os valores do objeto fun4, a cor das barras deve ser branca, o eixo x de nome "Coletas", o eixo y de nome "Precipitação Simulada (mM"),os valores de eixo não devem ser plotados
axis(2,at=seq(0,500,50)) #o eixo y deve ir de 0 a 500, com intervalo de 50
par(new=TRUE) #o próximo plot deve ser feito no mesmo gráfico, não em um gráfico novo
plot4<-plot(fun3, col='red',axes=FALSE,ann=FALSE,pch=16) #cria um objeto, esse novo gráfico, que será postado no anterior, plota os valores do objeto fun3, na cor vermelha,os valores de eixo não devem ser plotados,os dados devem ser plotados em pontos, no modelo 16
axis(4) #cria o eixo para os valores do plot 2 no lado direito do gráfico
mtext(text="Índice Larvário Simulado",side=4, line=2.2) #define que o eixo 4 deve conter o nome "Índice Larvário Simulado", e que a dinstância do nome para o eixo deve ser 2.2
lines(fun3,col="red") #liga os pontos do objeto fun1 plotados através de uma linha vermelha
plotfinal<-c(plot1,plot2,plot3,plot4) #cria um vetor com os objetos que contém os 4 diferentes gráficos que são gerados na função
return(plotfinal) #retorna o objeto final que contém os 4 gráficos gerados na função
}
####Fim da função########