\documentclass[a4paper, oneside, 10pt]{article}
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\date{\today}
\title{}
\author{}
\begin{document}



\section{\texorpdfstring{Curso IBUSP - 2022}{Curso IBUSP  2022}}
\label{sec:curso_ibusp__2022}

\begin{itemize}
  \item Em \textbf{2022} o curso será oferecido remotamente com previsão para o período de \emph{\underline{06 a 24 de junho}}. 
  \item Veja informações sobre \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=start\%23matricula}{matricula} antes de consultar os professores
  \item Veja como se dará o curso essa versão do curso não presencial no tópico a seguir.   
\end{itemize}


\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



  O período de aula em 2022 é entre os dias 06 a 24 de junho  

\begin{center}
\line(1,0){250}
\end{center}



  O notar mudou para \url{http://notar.ib.usp.br}  

Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.

\subsection{\texorpdfstring{Versão Não Presencial}{Versao Nao Presencial}}
\label{sec:versao_nao_presencial}


Devido as restrições impostas pela Covid-19 a versão do curso ofical do IBUSP será oferecido em caráter emergencial de forma remota, sem atividades presenciais. O curso contará com atividades síncronas e assíncronas. Para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades:
\begin{itemize}
  \item 1. \textbf{Videoaula introdutória:} vídeos com duração de cerca de 30' introduzindo o tópico ou parte dele. 
  \item 2. \textbf{Tutorial}: roteiro autoexplicativo com atividades associadas ao tema. Essa atividade será assistida pelos monitores e professores em um esquema de revezamento, tanto pelo \underline{Google Meet} quanto pelo \href{http://:cursos:ecor.138098.n3.nabble.com/}{fórum da disciplina}. Continuaremos utilizando a plataforma \textbf{\underline{Nabble}} que foi utilizada com sucesso em outros anos e que já tem um conjunto de tópicos discutidos que pode ajudar os alunos atuais.
  \item 3. \textbf{Apostila online}: material complementar ao tópico que deve ser lido e exercitado. Fazer as atividades da apostila ajuda muito na fixação e complementação da linguagem.
  \item 4. \textbf{Exercícios}: exercícios que serão submetidos à plataforma \href{http://notar.ib.usp.br}{notaR}, uma sistema de correção automática de exercícios e gerenciamento de notas, criado para esta disciplina. 
  \item 5. \textbf{Aula síncrona} : atividade de duração de cerca de 2 horas no \underline{Google Meet}, mediada pela equipe da disciplina, para tirar dúvidas gerais e fazer um fechamento do tema tratado.   
\end{itemize}


\textbf{\underline{Atividades Preparatórias}}
\\

Faça as \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:pre_curso}{pre_curso} até antes do início das aulas

\textbf{\underline{Matricula}}
Veja informações em: \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=start\%23matricula}{matricula}.

\subsection{\texorpdfstring{Informações Gerais}{Informaoes Gerais}}
\label{sec:informaoes_gerais}


Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo

\subsubsection{\texorpdfstring{Professor Responsável}{Professor Responsavel}}
\label{sec:professor_responsavel}

\begin{itemize}
  \item \href{http://ecologia.ib.usp.br/labtrop}{Alexandre Adalardo de Oliveira}, Lab. Ecologia de Florestas Tropicais \emph{LABTROP} - IBUSP (adalardo@usp.br)
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Professores Colaboradores}{Professores Colaboradores}}
\label{sec:professores_colaboradores}

\begin{itemize}
  \item \href{http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start}{Paulo Inácio K. L. Prado}, Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP   (prado@ib.usp.br) 
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{Colaboração}{Colaboraao}}
\label{sec:colaboraao}

\begin{itemize}
  \item Andre Chalom (notaR)
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{Monitores}{Monitores}}
\label{sec:monitores}




\subsubsection{\texorpdfstring{Período e Horários}{Periodo e Horarios}}
\label{sec:periodo_e_horarios}

\begin{itemize}
  \item Disciplina condensada programada para o período de  \textbf{ 14 de setembro a 09 de outubro de 2020}.
  \item Aulas teóricas síncronas, segundas, quartas e sextas pelas manhãs, 10:00-12:00 horas.
  \item Aulas assíncronas com vídeo aulas, tutoriais e exercícios práticos: segundas, quartas e sextas 14:00-18:00 horas. Atendimento online pelo meet, durante as atividades das 16:00- 18:00h.
  \item Atendimento \emph{assíncrono} pelo \href{http://:cursos:ecor.138098.n3.nabble.com/}{forum} terças e quintas, 9:00-18:00 horas.
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Locais das aulas}{Locais das aulas}}
\label{sec:locais_das_aulas}

\begin{itemize}
  \item \textbf{Manhãs}: Aulas síncronas - Google Meet
  \item \textbf{Tardes}: Aulas assíncronas e atendimento pelo Google Meet e fórum \href{http://bie5782.138098.n3.nabble.com/}{Nabble}
\end{itemize}


\paragraph{\texorpdfstring{Links para as aulas}{Links para as aulas}}
\label{sec:links_para_as_aulas}


\href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:grupos_de_aula}{01_curso_atual:grupos_de_aula}

\subsection{\texorpdfstring{Programação}{Programaao}}
\label{sec:programaao}

\begin{itemize}
  \item  Faça as \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:pre_curso}{Atividades Preparatórias} antes do primeiro dia de aula.
  \item A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores. 
  \item Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo \href{http://:cursos:ecor.138098.n3.nabble.com/}{Forum online}.
\end{itemize}
\begin{longtable}{|l|l|l|l|l|}
\hline
\multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Primeira Semana}} \\ 
\hline
 
\textbf{ Data   } & \textbf{Período   } & \textbf{ Local } & \textbf{ Assunto } & \textbf{Instrutor(es)} \\ 
\hline
 
01-05/06  & livre  &  livre   & \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=01_curso_atual:pre_curso}{Atividades Preparatórias}     &  DIY  \\ 
\hline
 
06/06  & 9:00-10:30 &  Google Meet  &  Introdução ao curso \& Dúvidas das atividades preparatórias    &  Alexandre   \\ 
\hline
 
06/06  & 11:00-16:00  & Fórum  & \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial2:start}{Tutorial de Funções Matemáticas}     & Equipe   \\ 
\hline
 
06/06  & 16:00-17:30  &  Google Meet  & Fechamento Funções Matemáticas   &  Equipe \\ 
\hline
 
08/06  & 09:00-10:30 &  Google Meet   &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial3:start}{Aula Leitura e Manipulação de Dados}     &  Alexandre \\ 
\hline
 
08/06  & 11:00-16:00  & Forum   &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial3:start}{Tutorial Leitura e Manipulação de Dados}     & Equipe   \\ 
\hline
 
08/06  & 16:00-17:30 &  Google Meet  &  Fechamento Leitura e Manipulação de dados &  Equipe   \\ 
\hline
 
10/06  & 09:00-10:30 & Google Meet  & \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial4:start}{Aula Análise Exploratória de Dados}  &  Alexandre  \\ 
\hline
 
10/06  & 11:00-16:00  & Forum   &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial4:start}{Tutorial Análise Exploratória de Dados}     & Equipe   \\ 
\hline
 
10/06  & 16:00-17:30 &  Google Meet  &  Fechamento Análise Exploratória de Dados &  Equipe   \\ 
\hline
 
\multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Segunda Semana}} \\ 
\hline
 
\textbf{ Data   } & \textbf{Período   } & \textbf{ Local } & \textbf{ Assunto } & \textbf{Instrutor(es)} \\ 
\hline
 
13/06  & 9:00-10:30 &  Google Meet  &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial5:start}{Aula Gráficos I}    & Alexandre  \\ 
\hline
 
13/06  & 11:00-16:00  & Fórum  & \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial5:start}{Tutorial de Gráficos I}     & Equipe   \\ 
\hline
 
13/06  & 16:00-17:30  &  Google Meet  & Fechamento Gráficos I   &  Equipe \\ 
\hline
 
15/06  & 09:00-10:30 &  Google Meet   &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial5b:start}{ Aula Gráficos II}      & Alexandre   \\ 
\hline
 
15/06  & 11:00-16:00  & Forum  &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial5b:start}{Tutorial  Gráficos II}     & Equipe   \\ 
\hline
 
15/06  & 16:00-17:30 &  Google Meet  &  Fechamento Gráficos &  Equipe   \\ 
\hline
 
17/06  & 09:00-10:30 & Google Meet  & \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial6:start}{Teste de Significância}  &  Alexandre   \\ 
\hline
 
17/06  & 11:00-16:00  & Forum   &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial6:start}{ Tutorial Teste de Significância}    & Equipe   \\ 
\hline
 
17/06  & 16:00-17:30 &  Google Meet  & Fechamento Teste de Significância &  Equipe   \\ 
\hline
 
\multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Terceira Semana}} \\ 
\hline
 
\textbf{ Data   } & \textbf{Período   } & \textbf{ Local } & \textbf{ Assunto } & \textbf{Instrutor(es)} \\ 
\hline
 
20/06  & 9:00-10:30 &  Google Meet  & \multicolumn{1}{|c|}{  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial7:start}{ Aula de Modelos Lineares}    } & Alexandre   \\ 
\hline
 
20/06  & 11:00-16:00  & Fórum  &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial7:start}{Tutorial de Modelos Lineares}   & Equipe   \\ 
\hline
 
20/06  & 16:00-17:30  &  Google Meet  & Fechamento Modelos Lineares  &  Equipe \\ 
\hline
 
22/06  & 09:00-10:30 &  Google Meet   & \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial7b:start}{Aula Modelos Lineares Multiplos}     & Alexandre   \\ 
\hline
 
22/06  & 11:00-16:00  & Forum  &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial7b:start}{Tutorial Modelos Lineares Multiplos}     & Equipe   \\ 
\hline
 
22/06  & 16:00-17:30 &  Google Meet  & Fechamento Modelos Lineares &  Equipe   \\ 
\hline
 
24/06  & 09:00-10:30 & Google Meet  & \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial9:start}{Aula Reamostragem}  &  Alexandre   \\ 
\hline
 
24/06  & 11:00-16:00  & Forum   &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial9:start}{Tutorial Reamostragem}    & Equipe   \\ 
\hline
 
24/06  & 16:00-17:30 &  Google Meet  &  Fechamento Reamostragem &  Equipe   \\ 
\hline
 
\multicolumn{5}{|l|}{\textbf{Quarta Semana}} \\ 
\hline
 
\textbf{ Data   } & \textbf{Período   } & \textbf{ Local } & \textbf{ Assunto } & \textbf{Instrutor(es)} \\ 
\hline
 
27/06  & 09:00-10:30 & Google Meet  & \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial8:start}{Aula Funções}  &  Alexandre   \\ 
\hline
 
27/06  & 11:00-16:00  & Forum   &  \href{http://ecor.ib.usp.br/doku.php?id=02_tutoriais:tutorial8:start}{Tutorial Funções}    & Equipe   \\ 
\hline
 
27/06  & 16:00-17:30 &  Google Meet  &  Fechamento Curso &  Equipe   \\ 
\hline
 
\end{longtable}





\subsection{\texorpdfstring{Bibliografia Básica}{Bibliografia Basica}}
\label{sec:bibliografia_basica}


A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante. 

Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de \href{https://www.coursera.org/course/rprog}{programação em R} no Coursera oferecido pela \href{https://www.coursera.org/jhu}{Johns Hopkins University}. 

Há também um interessante curso interativo  on line chamado \href{http://tryr.codeschool.com/}{TryR}. 

\subsubsection{\texorpdfstring{Livros}{Livros}}
\label{sec:livros}


\textbf{William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.}
Conhecido na comunidade R como \emph{,,The Book"}, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o \texttt{MASS}\footnote{este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN}, que faz parte da instalação básica do R. Visite o \href{http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/}{site} do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

\textbf{John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.}
Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, \texttt{car}, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o \href{http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html}{site} do livro.

\textbf{John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman \& Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.} Derivado de manual \href{http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf}{disponível gratuitamente} no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o \href{http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/}{site} do livro, e o pacote \textbf{usingR}.

\textbf{Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.} Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o \href{http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/}{site} do livro.

\subsubsection{\texorpdfstring{Documentação On Line}{Documentaao On Line}}
\label{sec:documentaao_on_line}


\textbf{NOTA:} Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção \href{http://cran.r-project.org/other-docs.html}{Contributed Documentation} do site do R.

\textbf{Venables, W.; Smith, D.M; \& R Development Team  }  \href{http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf}{An Introduction to R. Manual online}. Manual oficial de introdução ao R.

\textbf{Carlos Alzola and Frank E. Harrell \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf}{An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries}” } O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

\textbf{Petra Kuhnert and Bill Venables \href{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip}{An Introduction to R: Software for Statistical Modelling \& Computing}.} Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

\subsubsection{\texorpdfstring{Veja também}{Veja tambem}}
\label{sec:veja_tambem}


Duas dicas do monitor Vitor Rios:
\begin{itemize}
  \item \href{http://www.computerworld.com/article/2497143/business-intelligence-beginner-s-guide-to-r-introduction.html?null}{ Beginner's guide to R} - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online \emph{ComputerWorld}. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
  \item\href{http://adv-r.had.co.nz}{ Advanced R}. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do publico alvo, pelo autor: \emph{,,The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language."} 
\end{itemize}


\subsubsection{\texorpdfstring{Outros Recursos}{Outros Recursos}}
\label{sec:outros_recursos}

\begin{itemize}
  \item \href{http://tryr.codeschool.com/}{TryR}: sistema online interativo de aprendizagem da linguagem R, nos moldes do Codecademy e W3School.  
  \item \href{https://swirlstats.com/}{swiRl}: pacote com curso interativo no próprio console do R.
  \item \textbf{\emph{\href{https://cran.r-project.org/web/views/}{Taskviews}}}:  são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN}\footnote{Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R}. Para nossa área, p.ex, há os \emph{views} \emph{Environmetrics}, \emph{Multivariate}, \emph{Genetics}, \emph{Spatial}. Todo espelho de \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN} mantém uma cópia dos \emph{taskviews}. Para o espelho da FMV-USP o link é \url{http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/}./*  * \href{http://crantastic.org/}{CRANTASTIC!}: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do \href{http://cran.r-project.org/mirrors.html}{CRAN}\footnote{Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R}. Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as \textbf{taskviews}, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R. */
  \item \href{http://journal.r-project.org/}{The R Journal}: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
  \item \href{http://www.jstatsoft.org}{Journal of Statistical Software}: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v22}{uso do R em ecologia}, e outro sobre \href{http://www.jstatsoft.org/v24}{análises de redes} (com ênfase para dados de ciências sociais).
  \item \href{http://www.statmethods.net/index.html}{Quick R}, de Rob Kabakoff: um guia rápido \emph{on line} muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
  \item \href{http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming}{The R Wikibook}: manual muito completo na coleção de \href{http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page}{Wiki Books}.
\end{itemize}


\end{document}
