Doutoranda do Programa de Pós-Graduação em Zoologia do Instituto de Biociências da USP. Faço parte do Laboratório de Anfíbios do Departamento de Zoologia, orientada pelo Prof. Taran Grant. Tenho interesse na ecologia e evolução da defesa química em anfíbios. O meu projeto de doutorado tem como objetivo principal compreender alguns dos mecanismos que permitem que as rãs de veneno (em inglês, poison frogs) sequestrem alcaloides da sua alimentação.

Laboratório de Anfíbios

exec

O objetivo desta função é construir uma matriz a partir de data frames de duas colunas com números diferentes de linha. A primeira coluna dos data frames deverá ser a variável de interesse, e a segunda coluna os valores de observação de cada caso. A função irá organizar os dataframes levando em conta a variável de interesse. Se em algum dos data frames alguma das linhas não estiver presente, ele automaticamente colocará “0”. Estes data frames devem estar num diretório exclusivo para eles, já que a função irá chamar todos os data frames direto de arquivos .txt. Como defaut, os argumentos serão FALSE para binary= e TRUE para tranpose=, ou seja, a matriz gerada conterá os valores apresentados no data frame, e transporá a matriz, para que as linhas se tornem as colunas. Caso especificado, binary=TRUE construirá matriz de presença (1) e ausência (0), e transpose=FALSE, manterá a matriz no formato original. Caso nada for especificado no argumento file=, a função irá devolver uma matriz na área de trabalho; se especificado, um arquivo .txt será gerado neste mesmo diretório.

Na minha área de estudo, temos que analisar estatisticaemente muitos paramêtros de diversidade de toxinas da pele de sapos, porém, não temos um N suficiente para testar qualquer distribuição. Nesta função, quero automatizar as análises de diferença de média que geralmente fazemos, mas aplicando o método de Monte Carlo. A função irá receber dois vetores, um numérico e um fatorial. A função irá identificar se o vetor fatorial tem 2 ou mais fatores. Caso tenha 2 fatores, ele fará o teste de diferença entre duas amostras utilizando uma distribuição nula gerada utilizando os próprios dados. Caso o vetor tenha mais de 2 fatores, ele executará um teste ANOVA, também utilizando um cenário nulo a partir dos dados. Como saída, a função irá descrever na área de trabalho o número de fatores que foi utilizado para fazer a análise e o p-valor.

Arquivo da função: join.frames

#O objetivo desta função é construir uma matriz a partir de data frames com números diferentes de linha. 
#A primeira coluna dos data frames deverá ser a variável de interesse, e o restante das colunas, os valores de observação de cada caso. 
#A função irá organizar os dataframes levando em conta a variável de interesse.
 
join.frames<- function(path, na.zero=F, binary=F, transpose=T, file=F)
{
	filenames<- list.files(path) #Objeto com o nome dos arquivos da pasta indicada
	filelist<- lapply(filenames, read.delim) #Objeto tipo lista com todos os data.frames que estão na pasta indicada
	frames<-Reduce(function(x,y) merge(x,y, all=TRUE), filelist) #Junta todos os arquivos de data.frame num arquivo só. Onde não houver dado de uma determinada linha em um dos data.frames, ele vai transformar colocar um NA.
	#Verificar se existe algum nome repetido na variável de interesse
	rownames(frames)<- frames[,1] #Coloca a variável de interesse que está na primeira linha como o nome das linhas.
	frames<- frames[,-1] #Retira a primeira coluna, para deixar o data.frame apenas numérico
	#Se o argumento na.zero=F, ele vai deixar NA. Se o na.zero=T, ele vai transformar os NAs em zero. 
	if(na.zero==T)
	{
		frames[is.na(frames)]<- 0 #Transforma NA em 0
	}
	#Se o argumento binary=F, ele vai deixar os valores que estão nos data.frames. Se binary=T, ele vai tranformar os NAs zero, deixar onde tem zero, e tranformar todas as posições que tem valor em 1.
	if(binary==T)
	{
		frames[is.na(frames)]<- 0 #Transforma NA em 0
		frames[frames>0] <- 1 #Transforma todos os valores acima de 0 em 1
	}
	#Se o argumento transpose=T, ele vai transpor o data.frame. Caso transpose=F, ele vai deixar o data.frame do jeito que está.
	if(transpose==T)
	{
		frames<-t(frames) #Transpõe o data.frame
	}
	#Se o argumento file=NULL, ele vai liberar o data.frame na área de trabalho. Se file="path" ou "file.txt", gravará um arquivo .txt no arquivo indicado ou no diretório de trabalho ativo.
	if(file==F)
	{
		return(frames) #Retorna na área de trabalho o data.frame gerado
	}else
	{
		write.table(frames, file, sep="\t") #Salva o data.frame em um arquivo .txt no diretório ativo
	}
} 

join.frames              package:unknown                R Documentation
 
       Cria um único data frame a partir de outros data frames
 
Description:
 
     Esta função cria um data.frame a partir de outros data.frames com diferentes números de linha de um diretório específico. A primeira coluna de cada data.frame deve ser a variável de interesse, e methods/html/as.html">as outras colunas, methods/html/as.html">as observações de cada caso. Esta função irá organizar o data.frame baseado na primeira coluna de cada data.frame, que deverá ser a variável de interesse. Se em algum dos data.frames algum caso da variável de interesse não estiver presente, será colocado um NA.
 
Usage:
 
     join.frames(path, na.zero=F, binary=F, transpose=F, file=F)
 
Arguments:
 
path			diretório onde estão os arquivos .txt que serão lidos na função. Os arquivos serão lidos com a função read.delim().
na.zero			se TRUE, transforma os NAs em 0. 
binary			FALSE - os valores de cada observação serão mantidos como nos arquivos originais. Se TRUE, transforma o data.frame em dados de presença (1) e ausência (0).
transpose		se FALSE, methods/html/as.html">as colunas e linhas do data.frame serão mantidos como os arquivos de data.frames originais.
file			se FALSE, o data.frame final será lançado no área de trabalho. Se file="file.txt", o data.frame será salvo no diretório atual como arquivo .txt, separado por tabulação.
 
 
Details:
 
     Note que o diretório especificado no "path" deve ser exclusivo para os arquivos que serão trabalhados na função, já que todos os arquivos do diretório serão lidos.
 
 
Value:
 
	join.frames gera o data.frame final na área de trabalho. Se for especificado algum nome para o arquivo .txt, será gerado um arquivo .txt separado por tabulação com o data.frame no diretório ativo.
 
Warning:
 
     A primeira coluna, da variável de interesse, será transformado em nome de linhas em um determinado momento. Caso exista alguma observação repetida ou nome repetido nesta coluna, o rownames() gerará uma mensagem de erro impossibilitando a continuidade da função.
 
Note:
 
     Os arquivos serão lidos do diretório especificado pela função read.delim(). Certifique-se que os arquivos estão no formato correto. 
 
Author(s):
 
     A. M. Jeckel
 
 
See Also:
 
     read.delim()
     rownames()
 
Examples:
 
    #Para executar o exemplo, o arquivo Exemplo_Funcao.zip deve ser baixado (wikialunos de Adriana Moriguchi Jeckel: http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:amjeckel:func ), e colocado em um diretório exclusivo, o qual será o seu "path"
    #Assim que baixado, coloque esta pasta como diretório ativo
    getwd() #Verifique se o diretório está correto
    dir() #Verifique se apenas os arquivos do exemplo estão neste diretório
    join.frames(getwd(), na.zero=T, binary=F, transpose=F, file="example.txt")

Exemplo_Funcao.zip