evol                          package:unknown                          R Documentation

SIMULAÇÃO DE DERIVA GENÉTICA OU SELEÇÃO NATURAL
  
Description:

  Função para simular a trajetória das frequências alélicas de um gene bialélico usando 
  um modelo de deriva genética ou de seleção natural. Os modelos possuem argumentos em
  comum e outros específicos de cada um deles. A função fornece um gráfico com as 
  trajetórias individuais de cada população, um histograma com as frequências alélicas
  finais e, opcionalmente, a probabilidade de uma frequência alélica final específica.
  
Usage:
  
  evol (mod, gen, f, pop, N, wAA, wAa, waa, p = FALSE) 
  
Arguments:
 
  mod: Um caráter indicando o modelo a ser usado na funcao: "d" para deriva genética e 
  "s" para seleção natural.

  gen: Número inteiro maior do que zero indicando o número de gerações a serem 
  simuladas.
 
  f: Número no intervalo 0 <= f <= 1 indicando a frequência alélica inicial - i.e.: 
  f(A) ou p. No modelo de seleção natural, f deve ser um vetor com as frequências 
  alélicas iniciais a serem simuladas.
  
  pop: Número inteiro maior do que zero indicando o número de populações a serem 
  simuladas. No modelo de seleção natural, pop indica o número de populações a serem 
  simuladas por frequência alélica inicial.
  
  N: Número inteiro maior do que zero indicando o tamanho populacional.
  
  wAA: Número no intervalo 0 <= wAA <= 1 indicando o valor adaptativo relativo do 
  genótipo AA.
    
  wAa: Número no intervalo 0 <= wAa <= 1 indicando o valor adaptativo relativo do 
  genótipo Aa.
    
  waa: Número no intervalo 0 <= waa <= 1 indicando o valor adaptativo relativo do 
  genótipo aa.
  
  p = Número no intervalo 0 <= p <= 1 com a frequência alélica final a ser testada.
  O valor de p é arredondado para uma casa decimal.
  
Details:
  
  Para o modelo de deriva genética (mod = "d"), os seguintes argumentos devem ser 
  fornecidos: mod, gen, f, pop e N. Para o modelo de seleção natural (mod = "s"), os 
  seguintes argumentos devem ser fornecidos: mod, gen, f, pop, wAA, wAa e wAa.
  
  No modelo de seleção natural, f deve ser um vetor com as frequencias alélicas 
  iniciais a serem simuladas. O valor de pop indica o número de populações que será 
  simulado para cada uma das frequências alélicas iniciais de f.
  
  Se p != FALSE, a probabilidade de uma frequência alélica final p é calculada. Para 
  isso, ao fim das simulações, é verificado quantas populações apresentam a frequência 
  alélica final p. 
  
Value:

  Gráfico de linhas com as trajetórias individuais das frequências alélicas de cada 
  população.
  
  Histograma com a distrobuição das frequências alélicas finais.
  
  Se p != FALSE, valor da probabilidade da frequência alélica final p.

Warning:
  
  Se algum dos argumentos for inserido incorretamente, a função não é executada.
  
  No modelo de deriva genética, o valor de p é uma probabilidade baseada em simulações
  e, portanto, pode diferir da solução analítica.
  
  Para valores altos de gen, pop ou N a função pode requerer alguns minutos para ser 
  executada.

Author(s):
  
  Carolina de Athayde Mendonça
  e-mail: carol.mendonca.bio@gmail.com
  
References:
  
  RIDLEY, M. Evolution. Oxford: Blackwell Science Ltd, 2006. 752 p.
  
Examples:
  
  evol (mod = "d", gen = 100, f = 0.5, pop = 10, N = 100, p = FALSE)
  evol (mod = "d", gen = 10, f = 0.3, pop = 20, N = 100, p = 0.5)

  freq = c (0, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1)
  evol (mod = "s", gen = 100, f = freq, pop = 10, wAA = 1, wAa = 1, waa = 0.9, p = FALSE)
  evol (mod = "s", gen = 100, f = freq, pop = 10, wAA = 0.8, wAa = 1, waa = 0.8, p = 0.5)