package:None                R Documentation


Description:

Este é um exercício prático para explorar dados e estimar riqueza de espécies dos dados de uma matriz que consiste em colunas com nomes de gênero, subgênero e espécie, e colunas com informação referente 
à localidade de coleta (urbana,rural),altitude (metros sobre nível do mar) e lugar de coleta para imaturos de culicídeos.
A matriz de dados que foi utilizada tem as dimensoes de 853 linhas vs. 6 colunas (registros de espécies e pontos onde foram coletadas). As colunas: gênero, subgênero, espécie, altitude,
criadouro e localidade.A analise está subdividida em varios passos(steps) que exploram os dados e comparam a riqueza de espécies por localidade assim como a riqueza de espécies contida 
em cada um dos criadouros amostrados. De forma complementar, ou seja, adicional à funçao, sao dadas funçoes simples para comparar a relação entre variáveis como: altitude vs. espécies; localidade vs. espécie e criadouro vs. localidade.
Para esclarecer a análise feita, são anexados os arquivos com todos os códigos utilizados (parte exploratória ), as funções para a análise (em passos ou “steps”) e a matriz de dados original.

     
Usage:

     Anexploratoria(dados...)

X= matriz de dados ou database como descrita em “Description”


Arguments:
x= matriz de dados ou database em (.csv)

Details:

     A estimativa de riqueza utilizada na função corresponde com a fórmula:
Riqueza= Número de espécies por unidade amostral/Raíz quadrada do total de indivíduos por unidade amostral. Sabe-se de outras fórmulas de riqueza propostas em textos de Ecologia, 
no entanto, para o objetivo de fazer uma análise exploratória básica, a fórmula indicada se considerou adequada.

As unidades amostrais consideradas em esta função correspondem com as categorias diferentes para “Localidade” que são: “urbana” e “rural”.
Para cada passo ou STEP da função foi incluída uma observação entre símbolos “#” que dá a explanação devida.


Value:

    A função retorna a seguinte lista:
1. STEP1= Tabelas de relação entre variáveis: gênero vs. localidade; espécie vs. criadouro; gênero vs. altitude; subgênero vs. criadouro;
   e finalmente uma tabela de proporçoes que ajuda a observar a frequencia das espécies em cada criadouro.

2. STEP2= Criam-se objetos diferentes para cada uma das espécies presentes na matriz de dados e depois é calculada a abundância total. 

3. STEP3= Calculam-se valores de riqueza de espécies para as duas categorias de "localidade"= urbana vs. rural

4. STEP4= Primeira parte: Se faz um sumário das espécies vs. os criadouros vs. número de indivíduos em cada criadouro.
          Segunda parte: Se estima a Riqueza de espécies para cada um dos criadouros na matriz de dados

5. STEP5= Dados complementares. Ou seja, sao funçoes simples que ajudam a investigar relaçoes entre as diferentes variáveis, e que sao dadas de forma adicional à funçao exploratória.
          Os resultados destas analises complementares apresentam gráficos de relaçao entre variáveis.

6. STEP 6= Analise entre Altitude vs. Espécies (apresenta um boxplot)

7. STEP6.1= Analise de Localidade vs. Espécies (apresenta grafico de barras)

8. STEP6.2= Analise de Criadouro vs. Localidade (apresenta grafico de barras)

9. STEP6.3= Analise de Altitude vs. Criadouro (apresenta um boxplot)

10.STEP6.4= Analise de Alittude vs. Localidade (boxplot)

11. STEP 6.5= Analise de Localidade vs. Altitude (An. variância)

12. STEP 6.6.= Analise de Espécie vs. Altitude (An. variância)


Note:

   Para uma melhor compreensao desta analise exploratória, confira o documento anexo “Analisexploratoria.r”, com todos os códigos utilizados.

Author(s):

Carolina Torres Gutierrez
aniloract@gmail.com

References:
Montes, Joyce. (2005). Fauna de Culicidae da Serra da Cantareira, São Paulo, Brasil. 
Revista de Saúde Pública, 39(4), 578-584. Retrieved April 23, 2012, 
from http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0034-89102005000400010&lng=en&tlng=pt. 
http://dx.doi.org/10.1590/S0034-89102005000400010. 


Examples:

  Use o arquivo "dadosculex.csv" e siga os códigos do arquivo “Analisexploratoria.r”