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Descrição
Calcula matrizes de transição, frequências e durações médias de comportamentos em uma série temporal.

Uso
sequence=function(seq, plot=0)

Argumentos
seq	Sequência comportamental a ser analisada. Um data.frame com duas coluna, uma contendo a  série de comportamentos e a outra contendo os tempos. Formatos aceitos são "Comportamento" "HH:MM:SS" ou "Comportamento" "segundos".
plot 	Requer o pacote "diagram”. Define o tipo de gráfico a ser plotado. Se =1, chama a função "plotweb", se =2, chama a função "plotmat”. Qualquer outro valor resulta em nenhum plot.

Detalhes
A função calcula a matriz de transição entre os comportamentos e  frequência e duração média destes. A coluna com os comportamentos pode estar em qualquer formato aceito pelo R. É assumido que os comportamentos são estados, e o tempo é o momento de início do comportamento, que deve estar em segundos ou no formato "HH:MM:SS". No último caso, a string de caracteres é convertida um objeto do formato POSIXct para calculo dos tempos. A matriz de transição calcula a probabilidade de um comportamento ser seguido por outro dentro da sequencia fornecida.

A plotagem da matriz de transição utiliza as funções “plotweb” e “plotmat” do pacote “diagram”, específicas para plotar fluxogramas. “plotweb” plota uma rede com a espessura das arestas proporcional ao valor da probabilidade de transição entre os comportamentos, enquanto “plotmat” plota uma rede com os valores de transição ao lado de cada aresta.

Valor
A função retorna uma lista com dois itens, a matriz de transição e um data.frame com as frequências e durações médias de cada comportamento.  A duração dos comportamentos é mostrada em segundos, independente do tipo de entrada. No caso de inputs incorretos, retorna uma mensagem de aviso.

Autor
Vitor Passos Rios

Package Diagram by Karline Soetaert, Netherlands Institute of Sea Research (NIOZ) (http://cran.r-project.org/web/packages/diagram/vignettes/diagram.pdf)

Exemplos
library("sampling")
l=srswor(100,1000)
times=(1:1000)[l==1]
behav=sample(x=paste(letters,letters),size=length(times),replace=T)
seq=data.frame(behaviour=as.factor(behav),time=times)
a=sequence(seq, plot=1)
a