diversity                       package:unknown                            RDocumentation

Data Input

Description:
	Índices de diversidade α de amostras. Lê tabelas de amostras em formato data.frame 	e calcula os principais índices de diversidade α para diferentes amostras. Os 		possíveis índices calculados nesta função são Número de indivíduos (N), Número de 	espécies (S), Índice de Margalef (Dmg), Índice de Menhinick (Dmn), Rarefacão, 		Índice de Shannon (H’), Índice de Brillouni (HB), Índice de Simpson (1/D), Índice 	de McIntosh (U) e Índice de Berger Parker (d). 

Usage:
	diversity(x, size=TRUE,  random=TRUE)

Arguments:

x	dataframe com os dados 

        size	se TRUE (default) calcula os índices de Margalef e Menhinick. Se  FALSE 	calcula rarefação.

	random	se TRUE (default) calcula o índice de Shannon. Se FALSE calcula o índice 	de Brillouni. 		

Details:
	Os dados introduzidos na função devem ser um data.frame. Todas as tabelas devem 	ter na primeira coluna o nome/código das espécies e o cabeçalho com o número/		código/nome das diferentes amostras. 
	As equações dos índices desta função são calculados seguindo a metodologia 		proposta em Magurran  (1991).

Value:
	Retorna uma matriz onde a primeira coluna mostra os índices calculados, e o 		cabeçalho mostra as diferentes amostras respeitando a ordem da tabela (data.frame) 	original introduzida na função. 

Author:
	Joan Manel Alfaro Lucas
	joan@usp.br

References:
	Magurran, A. E. (1991) Ecological Diversity and its Measurement. Princeton 		University Press. Princeton. Pp. 179.

Examples:

> diversity(species,size=T,random=F)
                           1          2          3          4          5
Individuals (N)   16.0000000 17.0000000  6.0000000 19.0000000 15.0000000
Species (S)        7.0000000  6.0000000  5.0000000  5.0000000  6.0000000
Margalef (Dmg)     2.1640426  1.7647806  2.2324425  1.3584931  1.8463469
Menhinick (Dmn)    1.7500000  1.4552138  2.0412415  1.1470787  1.5491933
Brillouni (HB)     1.3897694  1.4031252  0.9810173  1.2802676  1.3167603
Simpson (1/D)      8.0000000  8.5000000 15.0000000  5.8965517  7.5000000
McIntosh (U)       0.7681392  0.7765848  0.8932724  0.6983789  0.7587444
Berger Parker (d)  0.2500000  0.1764706  0.3333333  0.2631579  0.2666667

> diversity(species,size=F,random=T)
                           1          2          3          4          5
Individuals (N)   16.0000000 17.0000000  6.0000000 19.0000000 15.0000000
Species (S)        7.0000000  6.0000000  5.0000000  5.0000000  6.0000000
Rarefy             4.3942308  4.3823529  4.3166667  3.8797730  4.2527473
Shannon (H')       1.8195113  1.7823028  1.5607104  1.5723855  1.7140875
Simpson (1/D)      8.0000000  8.5000000 15.0000000  5.8965517  7.5000000
McIntosh (U)       0.7681392  0.7765848  0.8932724  0.6983789  0.7587444
Berger Parker (d)  0.2500000  0.1764706  0.3333333  0.2631579  0.2666667