IIR.graf                    package: nenhum                    R Documentation


                         Calculo e Diagram do IIR


Descricao:


A partir de um data.frame com informacoes de numero do individuo, tipo de presa,
especie de presa e biomassa da presa, estima a frequência numerica (FN%),
frequencia de ocorrencia (FO%), porcentagem de biomassa (B%), indice de
importancia relativa (IIR) e porcentagem de IIR (%IIR) para cada especie de
presa, sendo os tipos de presa escolhidos pelo usuario. Retorna um grafico para
cada tipo de presa com o diagrama de IIR, com os três parâmetros (FN%, FO% e B%)
representados, sendo o número de espécies representadas escolhido pelo usuário.


Uso:


IIR.graf(arquivo,presa,n.esp.graf)


Argumentos:


arquivo		
	    Data.frame com quatro colunas: primeira com a indentificacao do
	    individuo, segunda com o tipo de presa, terceira com a especie da
	    presa e a quarta com a biomassa da presa.


presa		
	    Vetor de caracteres com os tipos de presas que serao analisados, os
	    nomes devem ser exatamente os mesmos contidos no data.frame.			
                

n.esp.graf	
	    Vetor numerico com o numero de especies que serao representadas no
	    grafico para cada tipo de presa.


Detalhes:


As biomassas devem ser fornecidas com a mesma unidade de medida.Se houver NA's
estes serao transformados em 0.


Para uma melhor visualizacao do diagrama do IIR, amplie a janela grafica ao
maximo.


No diagrama, cada retangulo representa a importancia de cada especie de presa
ingerida, sendo que os eixos horizontais representam a frequencia numerica (FN%) e
porcentagem de biomassa (B%), e o vertical, valores de frequencia de ocorrencia
(FO%).


No diagrama somente os nomes das 10 especies mais importantes irao aparecer do
lado dos retangulos, da decima primeira especie em diante serao representadas como
'Outras(...)'.


Os valores que aparecem do lado de cada nome de especie sao referentes a FO%.

 
Valor:


IIR.graf retorna uma representacao grafica para cada tipo de presa desejado e uma
lista em que cada componente e' um data.frame com os valores calculados de FN%,
FO%, B%, IIR e IIR% das especies de presa, para cada tipo de presa desejado.


Aviso:


A função e' interrompida, gerando mensagens de erros, se o primeiro objeto nao
for um data.frame, se o segundo argumento nao for fornecido ou se nao for um
vetor de caracteres, se o terceiro argumento nao for fornecido ou se nao for um
vetor numerico. Outra mensagem de erro sera gerada se o comprimento do vetor
'n.esp.graf' for diferente do comprimento do vetor 'presa'.

Caso o numero escolhido de especies de presa para serem representadas no diagrama
seja maior do que o disponivel, a funcao retorna uma mensagem de aviso, mas
continua rodando com o numero maximo de especies disponiveis.


Autor(es):


Laura Busin Campos
laura.campos@usp.br

Sao Paulo, junho de 2017


Referencias:


-Henrique-Garcia, J. 2010.Ecologia alimentar da toninha, Pontoporia blainvillei
(Mammalia - Pontoporiidae) ao longo de sua area de distribuicao. Dissertacao de
graduacao em oceanografia. Universidade do Vale do Itajaí - UNIVALI.Brasil.

-Pinkas, L. M.; Oliphant, S.; Iverson, I. L. K. Food habits of albacore, bluefin
tuna and bonito in Californian waters. California Fish and Game, v.152, p.1-105,
1971.


Veja também:

As seguintes funcoes podem ser uteis para entender os objetos de saída: list(),
data.frame(), plot().

Exemplos:


##1##
##Use como exemplo a planilha de dados "Biomassa_IIR.txt".
##Lendo o arquivo
tabel <- read.table("Biomassa_IIR.txt", head=T, sep="\t", dec=",")
##Aplicando a função para os tipos de presa peixe e cefalópode, com 18 e 3
#especies representadas, respectivamente, no diagrama.
IIR.graf(tabel,c("peixe","cefalopode"),c(18,3))
##Aplicando a funcao para os tipos de presa peixe e cefalópode, com um numero de
#especies maior do que o disponivel - retorna um aviso.
IIR.graf(tabel,c("peixe","cefalopode"),c(23,7))
##Aplicando a funcao sem um dos argumentos.
IIR.graf(tabel,c("peixe","cefalopode"))

##2##
##Criando uma planilha com dados aleatorios.
#Criando os vetores de individuos e tipo de presa, para colocar nas duas primeiras
#colunas do data.frame, de forma aleatoria com probabilidades de ocorrer tambem
#aleatorias.
individuos <- sample(1:50,size=1500,replace=TRUE,prob=sample(c(0.1,0.2,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8,0.9),size=50,replace=TRUE))
tipo.presa <- sample(LETTERS[1:3],size=1500,replace=TRUE,prob=c(0.4,0.7,0.2))
#Criando um data.frame com os dois primeiros vetores e ordenando-o de acordo com o
#tipo de presa.
exemplo <- data.frame(individuos,tipo.presa)
exemplo.ord <- exemplo[order(exemplo$tipo.presa,decreasing=F),]
#Contando a quantidade que cada tipo de presa ocorre. 
conta <- table(tipo.presa)
#Construindo um conjunto aleatorio, com probabilidades aleatorias, de especies de
#presa para cada um dos tres tipos de presa.
tipo1 <- paste("Sp",sample(1:10,size=conta[[1]],replace=TRUE,prob=sample(c(0.1,0.2,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8,0.9),size=10,replace=TRUE)),sep="")
tipo2 <- paste("Sp",sample(11:26,size=conta[[2]],replace=TRUE,prob=sample(c(0.1,0.2,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8,0.9),size=16,replace=TRUE)),sep="")
tipo3 <- paste("Sp",sample(27:31,size=conta[[3]],replace=TRUE,prob=sample(c(0.1,0.2,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8,0.9),size=5,replace=TRUE)),sep="")
#Criando o vetor de especie de presa usando os objetos criados no topico anterior
#colocando-o no data.frame.
especie.presa <- c(tipo1,tipo2,tipo3)
exemplo.ord [,3] <- especie.presa
#Criando um vetor de biomassa de forma aleatoria e colocando-o no data.frame.
biomassa.presa <- runif(1500,min=0,max=60)
exemplo.ord [,4] <- biomassa.presa
##Aplicando a funcao para os tres tipos de presa, com 10 especies representadas
#para cada um dos tipos de presa.
IIR.graf(exemplo.ord,c("A","B","C"),c(10,10,10))