assoc  {Disciplina ecoR}         
Lucia Carvalho Neco
Teste de signific�ncia da associa��o de indiv�duos
Descri��o
A fun��o �assoc� executa o teste da signific�ncia das associa��es de indiv�duos em um grupo social. A fun��o utiliza o teste de Monte Carlo (desenvolvida por Manly) adaptada por Bejder (1998) para verificar essa signific�ncia usando um dos tr�s tipos de �ndices de associa��o: simple ratio index, half weight index e twice weight index.

Uso
assoc(file, INDEX)

Argumentos
file
objeto do tipo dataframe em que as linhas representam grupos identificados nas amostras e as colunas representam indiv�duos do grupo social estudado (1 se presente neste grupo, 0 se n�o presentes). A primeira coluna do dataframe deve conter as repeti��es/observa��es co respondente aos dados.
INDEX
escolha entre os tr�s tipo de �ndice de associa��o presentes na literatura � �sri�(simple ratio index), �hwi� (half weight index), �twi�(twice weighted index): cheque �Detalhes�.



Detalhes
A fun��o exclui Nas dos dados antes de come�ar as an�lises.
Use �sri� em INDEX para associa��es em que o observador � capaz de localizar todos os indiv�duos em cada repeti��o/observa��o.
Use �hwi� em INDEX se existe algum vi�s em localizar indiv�duos em grupos diferentes.
Use �twi� em INDEX se existe algum vi�s em localizar indiv�duos quando est�o juntos formando um grupo.

Valor
A fun��o retorna um objeto de sa�da do tipo lista contendo: 
uma matriz com os valores dos �ndices de associa��o para cada par de indiv�duos presentes no dataframe;
uma matriz de mesmo tamanho da anterior contendo a probabilidade de cada valor de associa��o estar inclu�do em uma distribui��o rand�mica de intera��es;
um histograma com a distribui��o da frequ�ncia das associa��es observadas;

Refer�ncias
Bejder, L., Fletcher, D., & Br�ger, S. (1998). A method for testing association patterns of social animals. Animal Behaviour, 56(3), 719-725.
Croft, D.P., James, R. and Krause, J., 2008. Exploring animal social networks. Princeton University Press.

Exemplo
##Dados de associa��o de indiv�duos com 5 observa��es, 7 ind�viduos e 10 grupos no total
file=matrix(c(1,1,0,0,0,1,1,0,0,1,1,1,0,0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,1,0,1,1,0,0,1,1,0,0,0,0,1,0,1,0,1,1,0,0,1,0,1,0,1,1,1,0,0,0,0,0,1,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1), ncol=7,nrow= 10)
file = cbind( c(1,1,2,2,2,3,3,4,5,5), file)
file = data.frame(file)
assoc(file = file , INDEX = �sri�)