genpop{}                     Package: unknown                     R Documentation

Função didática para estudo do Princípio de HArdy-Weinberg


Description:

genpop simula e grafica a frequência do alelo p ao longo de gerações em diferentes 
cenários. Se s=0, a flutuaçao nas frequêcias se dará apenas por deriva genética 
(processo estocástico), mas, se s>0, as frequências flutuarão devido à deriva 
genética e seleção natural (processo de terminístico).


Usage:

genpop(n, npop, freqi, ntime, s=0, sel.dom="no")


Arguments:

n           numérico; número de populações que serão simuladas.

npop        numérico; número de indivíduos em cada população.

freqi       numérico; frequência inicial do alelo p nas populações. Valor deve             
            estar entre 0 e 1.

ntime       numérico; número de gerações simuladas.

s           numérico; coeficiente de seleção natural. Valor deve estar entre zero              
            e 1, sendo que, quanto maior o valor, mais intensa será a seleção. O               
            valor default é 0.

sel.dom     lógico; se for TRUE a seleção recairá sobre os fenótipos dominantes,
            se for FALSE a seleção recairá sobre o fenótipo recessivo. O valor
            defaut é "no", apenas para situações em que s=0.


Details:

A função genpop baseia-se nas premissas de que o gene em questão possui apenas dois 
alelos, p e q, e se expressa por dominância completa. Por ser bi-alélico, isso 
significa que ao inserir freqi=0.2, teremos p=0.2 e q=0.8. E relação à dominância 
completa temos os genótipos (p^2) e (2*p*q) que expressam o fenótipo dominante e o 
genótipo (q^2) que expressa o fenótipo recessivo. Além disso, outras premissas são 
que o número de indivíduos na população é igual ao tamanho efetivo populacional e os 
organismos se reproduzem de forma pan-mítica.


Value:

A função genpop retorna um gráfico com a frequência do alelo p no eixo y e o número de 
gerações no eixo x. 
O ponto em preto marca o valor inicial de p e a linha preta tracejada é a trajetória 
determinística (sem deriva) esperada. 
Cada uma das linhas coloridas representa a flutuação na frequência do alelo p em uma 
população. 
Na parte superior da janela gráfica está reportado os valores que foram inseridos nos 
argumentos, e também o número de populações em que alelos foram fixados. Populações com 
valores de p=1 fixaram o alelo p, enquanto que populações com valores de p=0 fixaram o 
alelo q. 
 

Warnings:

Caso seja escolhido valores muito grandes para os argumentos n, npop e ntime, a função 
pode demorar para retornar o gráfico. Se for simular a trajetória da frequência do alelo 
por muitas gerações, esteja ciente de que os alelos podem ser fixados em períodos curtos 
de tempo. Se isso acontecer, as linhas ficarão aglutinadas no início do gráfico.


Notes:

Ao selecionar um valor para o coeficiente de seleção maior que zero, s>0, é necessário 
indicar o fenótipo que sofrerá a selação no argumento sel.dom. Caso contrário, se s=0, 
o argumento sel.dom estar com o valor default.


Author(s):

Função desenvolvida por Louise M. Alissa (2016).
louisem.alissa@gmail.com


References:

Ridley, M. (2006) Evolução. Artmed, 3ªed.


See also:

package:HardyWeinberg.
Enquanto a função genpop é apenas uma simplificação para fins didáticos, esse pacote 
possui testes estatísticos e gráficos para análise de equilíbrio de Hardy-Weinberg.


Examples:

## Vendo efeito de deriva: 
# populações pequenas fixam alelos em menor número de gerações
genpop(n=20, npop=200, freqi=0.5, ntime=300, s=0, sel.dom="no")
genpop(n=20, npop=20, freqi=0.5, ntime=300) # não precisa especificar se s=O

## Vendo efeito se seleção no dominante: 
# p selecionado negativamente; veja as diferentes intensidades
genpop(n=20, npop=100, freqi=0.5, ntime=100, s=0.1, sel.dom=TRUE)
genpop(n=20, npop=100, freqi=0.5, ntime=100, s=0.2, sel.dom=TRUE) 

## Vendo efeito de seleção no recessivo: 
# p selecionado positivamente; veja as diferentes intensidades
genpop(n=20, npop=100, freqi=0.5, ntime=100, s=0.1, sel.dom=FALSE)
genpop(n=20, npop=100, freqi=0.5, ntime=100, s=0.2, sel.dom=FALSE) 

## Vendo efeito do tempo: 
# dado o tempo necessário há fixação
genpop(n=20, npop=200, freqi=0.5, ntime=100, s=0, sel.dom="no")
genpop(n=20, npop=200, freqi=0.5, ntime=1000, s=0, sel.dom="no")